• [뉴스레터] NEBION, Genevestigator의 인기있는 3개 tool이 무료! 조회 1369 2016. 12. 29 - Free tools for October 2016​ 2016년 10월 31일까지, GENEVESTIGATOR Professional의 3가지 인기 tool을 무료로 이용할 수 있습니다! 이 3가지 tool을 이용하여 관심있는 유전자와 함께 조절되는 유전자들을 찾습니다.워크플로우는 아래와 같습니다. Perturbations tool 관심있는 유전자가 조절되는 특정 조건 검색 Co-Expression tool 특정 조건에서 유사한 발현 패턴을 갖는 유전자 탐색Hierarchical Clustering tool 조직, 세포타입에 따라 동시에 발현되는 유전자들 그룹핑새로운 비디오 튜토리얼을 보시면서 관심 유전자와 같은 "Perturbations"에 반응하는 유전자들, 또는 같은 조직에서 발현되는 유전자들을 찾아보세요. Video Tutorial 보러가기
  • [릴리즈] BIOBAM, Blast2GO: Major Release Version 4.0 조회 1411 2016. 12. 29 -  Blast2GO가 4.0버전으로 업그레이드 되면서 유용한 몇 가지의 기능들이 추가되어 여러분께 소개해드리고자 합니다.  Blast2GO 4.0Pairwise와 시간대별로 차등발현분석이 가능Eukaryote와 prokaryote에서 gene prediction이 가능(Glimmer와 Augustus 알고리즘 이용)Gene Set Enrichment Analysis 분석 기능 추가Blast와 Blast을 통해 시퀀스와 ID를 서로 변환해주는 기능Blast2GO의 새로운 앱이 App Manager에 추가 (COG.EggNOG)Load/Export 기능 추가 : GFF2, ID-Value List, Generic Table새로운 그래프 레이아웃 추가메뉴바 하단의 메인 아이콘추가 QBlast와 local blast 기능 개선ORF prediction 결과 이용한 InterProScan 사용에 관련된 버그 수정눈 여겨 보아야 할 추가기능은 차등발현분석, GSEA분석, gene prediction 기능이 추가되었다는 점 입니다. - 차등발현분석차등발현 분석은 두 가지의 옵션이 제공됩니다. Pairwise comparison은 EdgeR이라는 bioconductor를 기반으로 하여 만들어진 통계분석기능이며 그룹간의 시간대별 발현 분석을 하는 time course analysis는 maSigPro라는 bioconductor를 이용한 분석 방법입니다. Pairwise comparison은 그룹간의 비교하여 upregulation/downregulation이 된 유전자가 몇 개인지 time coursed analysis는 발현 정도를 보고 서열끼리 클러스터링을 해줍니다.- Enrichment AnalysisGO functional annotation을 가지고 Gene Set Enrichment Analysis를 해주는 기능이 추가되었습니다. 이 분석툴은 유전자와 통계 값이 있는 데이터로 진행되며, MIT/Broad Institute에서 개발한 툴입니다. - Gene Prediction박테리아, 고세균, 바이러스는 Glimmer를 통해 진핵생물들은 Augustus를 통해 유전자 부위를 예측해줍니다. RNA-seq 맵핑이 완료된 bam파일도 지원하며, prediction 후에는 GFF파일이 생성되어 다른 분석을 하실 때 annotation으로 활용할 수 있습니다.- 그 외 추가기능   · App 추가App manager의 app이 하나 추가되었습니다. Orthology group을 찾아주는 app인데 EggNOG 데이터베이스를 이용하여 orthologous group annotation을 수행합니다.    · RfamRNA family 데이터베이스인 Rfam을 이용하여 non-coding RNA gene, cis-regulatory elements, self-splicing RNA를 확인할 수 있습니다.
  • [뉴스레터] QIAGEN, Highlighted RNA-seq advances - Get into the details of IPA 조회 1730 2016. 12. 29 - Latest NewsRNA-seq의 눈부신 발전 QIAGEN의 RNA-seq 솔루션은 상당히 발전하고 있습니다. 최근 GEN news 에 게재된 특집 기사 “If ‘Overall’ Underwhelms, Try RNA-Seq” 에서는 이 솔루션을 사용할 수 밖에 없는 몇 가지 케이스들과 각 과학분야의 선구자들의 의견을 다루고 있습니다. 연구자들이 oncology와 embryo development 부터 co-expression과 microbiome까지 연구하기 위하여 어떻게 RNA-seq을 이용하는지 자세히 설명하고 있습니다. > 연구자들이 어떻게 RNA-seq을 이용하는지 알아보세요  IPA 자세히 알아보기 어떻게 데이터 포맷을 만들고 IPA에 업로드 하는지, 코어분석 결과를 어떻게 해석하는지 또는 IsoProfiler로 주요 isoforms를 어떻게 밝히는지에 대해 배워보세요. QIAGEN은 매달 IPA webinar를 지원하며 각각 다른 주제를 다룹니다. 매달 첫번째 webinar는 IPA 소개에 대한 것이며, 곧 다가오는 세션은 데이터를 업로드하고 결과를 해석하는데 포커스 되어있습니다. > Webinar를 들어보세요  InsightsQIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면..유방암 데이터 RNA-seq 분석 RNA-seq 데이터를 Biomedical Genomics Workbench와 IPA plugin을 이용해서 어떻게 분석하는지 배워보세요. 이 튜토리얼에서는 17개 유선종양 샘플의 mRNA profiles이 담긴 human RNA-seq 데이터 샘플을 이용하였습니다.> 튜토리얼 보기  Webinars Introduction to IPA – 9월 7일Introduction to CLC Genomics Workbench – 9월 12일 Formatting and uploading your RNA-seq data into IPA – 9월 14일Introduction to HGMD – 9월 19일 Interpreting the results of your Core Analysis in IPA – 9월 21일 Clinical genomic sequencing – 9월 22일 Getting started with Biomedical Genomics Workbench – 9월 26일Solving hereditary disease trios – 9월 27일 Identify key isoforms in your RNA-seq dataset with IsoProfiler – 9월 28일 Analysis and interpretation of cell free DNA – 9월 29일  Events AGBT Precision Health Scottsdale, AZ, USA – 9월 22-24일 European Society of Pathology Cologne, Germany – 9월 25-29일 e:Med Kiel, Germany – 10월 4-6일 Mayo Individualized Medicine Rochester, MN, USA – 10월 5-6일 ESMO Copenhagen, Denmark – 10월 7-11일 ASHG Vancouver, Canada – 10월 18-22일 TranSMART San Diego, CA, USA – 10월 25-27일 
  • [뉴스레터] Elsevier, Pathway Studio, 8월 뉴스레터 소식 조회 1349 2016. 12. 29 -  Elsevier R&D Solutions2016년 8월 Pathway Studio 뉴스레터 소식- Thought Leader MD Anderson의 Phil Lorenzi 박사가 Apoptosis Pathway Census를 발표합니다. - Hot Topic Illumina와 파트너쉽을 맺으면서 연결된 분자와 상호작용을 더 자세히 살펴볼 수 있게 되었습니다. - The Hive Hive에 대해서 들어보신 적이 있으신가요? 저희의 공동 연구자를 소개합니다.                                                                                                                                                                                             Hot Topic 1Apoptosis Pathway Census : Autophagy Pathway 모델을 Apoptosis Pathway에 적용 올해 6월에 열린 NIH Bioinformatics Symposium에서 MD Anderson의 Phil Lorenzi 박사는 Pathway Studio를 이용하여 거의 완벽한 카탈로그를 게재하는 방법에 대해 논의하였습니다. Phil Lorenzi 박사는 autophagy와 연관된 entities와 relationships을 완벽하게 목록화하였고, Autophagy pathway를 밝히기 위해 발전된 census 모델 방법론을 이용하면서 이 모델이 apoptosis pathway 를 설명하는데 얼마나 적절한지 설명했습니다. 그의 발견은 새로운 apoptosis 결과가 일반적인 결론들 즉, (1) siRNA screening은 매우 큰 false negative rate을 가지고 있음 (그만큼 진짜 ‘hits’을 못 찾는다는 것을 의미)  (2) 가장 포괄적인 pathway 범주를 제공하는 Pathway Studio를 활용한 텍스트-마이닝 기반의 pathway 분석을 지지합니다. White paper를 다운로드 하셔서 더 많은 내용을 알아보세요  >> Withe paper 다운로드  Hot Topic 2Illumina와 파트너쉽을 맺으면서 연결된 분자와 상호작용을 더 자세히 살펴볼 수 있게 되었습니다.Illumina Correlation Engine (CE) 플랫폼 사용자들은 연구 결과를 바로 Pathway Viewer나 Pathway Studio로 보내 해당 유전자에 대해 심도 있는 biological context를 얻을 수 있습니다.  Pathway Viewer를 통해 사용자들이 찾은 유전자들이 생물학적으로 연결되어있는지 볼 수 있고, 유전자에서 가장 잘 알려진 5개의 pathway 역시 보실 수 있습니다. Pathway Studio 사용자는 이 탭을 클릭하면, application이 열릴 때 바로 gene list를 뽑을 수 있습니다. 연구자들은 Pathway Studio를 이용하여 full network building과 functional annotation 툴을 이용할 수 있으며, 관심 유전자에 대해 더 심도 있는 생물학적 정보를 얻을 수 있습니다.Pathway Studio free trial은 Pathway Viewer나 Pathway Studio 탭에서 신청하실 수 있습니다.여기를 클릭하셔서 Pathway Studio free trial을 신청해보세요!  >> Trial 신청 파트너 페이지를 방문하셔서 더 많은 정보를 알아보세요 >> 파트너 페이지   Hot Topic 3Hive에 대해서 들어보셨나요?Hive는 초기단계의 약물을 개발하는 엄선된 생물공학 그룹과 약학 기업들과의 Elsevier R&D Solutions의 Collaboration입니다.Elsevier는 1년 동안 Pathway Studio를 포함한 R&D Solutions을 사용하는 Hive 참여자들을 관찰할 것 입니다. Hive는 주목받는 혁신 사업을 돕고 그들의 혁신을 촉진하기 위해 플랫폼을 제공하는 것 뿐만 아니라, 다른 것으로부터 더 배우고 산업에서 협동 관계의 파워를 보여주기 위해 넓은 커뮤니티를 위한 촉매제 역할을 할 것 입니다. Elsevier는 이런 일을 함으로써 그들의 스토리를 만들고 알릴 것입니다, 참여 회사에 대해 잘 나와있는 사이트를 통해 Elsevier R&D Solutions로써의 역할을 할 것입니다.  아래 링크를 클릭하셔서 Hive 스토리를 들어보세요.  >> 스토리 보기
  • [뉴스레터] Special Offer for PGx Variant Content 조회 1506 2016. 12. 29 - 약물 반응에 영향을 미치는 유전자 변이를 밝히다PGMD는 환자의 약물 반응에 영향을 미치는 것으로 보여지는 모든 공개된 유전자 변이들을 찾을 수 있는 데이터베이스입니다. QIAGEN은 환자의 in vivo 실험에서 유전형과 약물 반응간에 유의한 연관관계를 보여주는 논문을 찾고 의미를 찾아 큐레이션 합니다. 이렇게 큐레이션된 변이-질병-약물 관계에 대한 관찰과 그에 대한 표현형적 영향에 대한 정보는 다운로드 패키지를 통해 내부 분석 파이프라인과의 통합이 가능합니다.    PGMD 정보 페이지 다운로드다운로드 가능한 약물 반응 변이에 관한 데이터베이스이며 포괄적인 약물유전체 패널을 디자인할 수 있게 해주며 환자의 유전체에서 실용 가능한 변이들을 맵핑해줍니다. 여기를 클릭하여 PGMD 컨텐츠에 대해 더 알아보세요.   PGMD는 다음의 내용을 포함하고 있습니다. 139,000개 이상의 약물 반응 phenotype에 관련된 genotype, haplotype 연구17,000개 이상의 집단 대립인자 빈도, linkage disequilibrium, star allele nomenclature 등의 추가정보 제공.주요 ADME 유전자를 포함한 7,000개 이상의 유전자 정보를 포함암, 정신질환, 당뇨, 신경질환 등 525개 이상의 질병을 다룸
전체 217개 중 5개 표시
  • 이전 페이지
  • 1
  • ...
  • 23
  • 24
  • 25
  • ...
  • 44
  • 다음 페이지