자주 묻는 질문 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

[릴리즈] BIOBAM, Blast2GO: New version 3.3 조회 848 2016. 12. 29 - 3.3 버전의 새로운 기능 Local database를 만들고 이 database로 blast를 수행하기 용이해졌습니다.Annotation 단계 진행 시 새로운 필터를 적용 할 수 있습니다. 이 필터는 “Top-Hit-with-GOs”의 annotation을 쉽게 수행할 수 있도록 해줍니다.새로운 feedback 포맷은 사용자의 다양한 요청을 통해 Blast2GO가 개선 될 수 있도록 해줍니다.Blast2GO App Manager에서 Blast2GO에 새로운 툴을 추가할 수 있게 되었습니다.PSORTb 3라는 app을 이용하여 박테리아의 단백질 subcellular localization annotation 예측이 가능합니다.“Translate longest ORF’기능에 더 많은 기능이 추가되어서 Top Blast Hit에서 ORF를 선택하는 기능 등을 할 수 있습니다.Generic table column의 어떤 distribution chart(dot, bar, line)를 만들 수 있습니다.BLAT 알고리즘을 이용하여 큰 데이터셋 내에 있는 유사하거나 불필요한 시퀀스를 찾고 삭제 할 수 있습니다.

[뉴스레터] Ingenuity, Ingenuity Pathway Analysis (IPA®), 2016년 Spring Release 소식 조회 947 2016. 12. 29 - What's new in the IPA Spring release4월의 봄을 맞이하여 IPA 릴리즈 소식을 전해드립니다. 패스웨이와 네트워크 오버레이를 통해 더 많은 것을 볼 수 있습니다. 네트워크와 패스웨이에 RNA-Seq, Metabolite, 다른 데이터셋과 같은 여러 분석 결과를 한번에 오버레이하여 특이적인 패턴을 살펴볼 수 있습니다. 유전자 발현의 원인 메카니즘을 밝힙니다. 변이에 의한 function gain, 또는 loss를 RNA-Seq 발현 결과와 통합해줍니다. 발현 변화를 통해 그 속에 숨겨진 메카니즘을 파악할 수 있도록 도와줍니다. IPA의 모든 업데이트 사항과 개선된 기능을 살펴보기 위해 Release Notes를 참고하세요.

[뉴스레터] GeneCodes, Sequencher 5.4.1 업데이트 소식 조회 1100 2016. 12. 29 - GeneCodes사에서는 아래와 같은 내용으로 Sequencher 5.4.1버전을 출시하였습니다. 2015년에 구매하신 분들은 Sequencher 5.4.1로 업그레이드가 가능합니다. 초기엔 Sequencher은 Sanger Sequence 분석을 진행하는데 아주 강력한 툴로 알려져있었습니다.그리고 나서 NGS와 RNA-Seq command-line tool을 쉽게 이용할 수 있도록 직관적인 interface를 제공하였습니다. Sequencher 5.4.1로는 Fasta 시퀀스 파일에서 영구적인 reference database와 인덱스를 생성할 수 있습니다. 이것은 reference sequence(최대 BWA-MEM은 10gb까지, GSNAP은 232bp까지) whole genome을 align이 가능하다는 것입니다. 한번 indexing 또는 database를 만들어놓으면 align을 여러 번 할수 있다는 장점에서 많은 시간을 단축시킬 수 있습니다. Sequencher Connections는 2개이상의 분석들을 쉽게 동시에 진행 할 수 있습니다. Sequencher Connection의 가장 인기있는 기능은 multiple BLAST search을 수행할 수 있다는 점입니다. 그리고 NCBI BLAST나 Local BLAST 뿐 아니라 본인의 sequence로 Primer-BLAST도 search가 가능합니다. 새로운 Primer Picker tab은 Sequencher Connection에서 Primer-BLAST를 이용할 때 primer을선택하게 해줍니다. 그리고 본인의 Sequencher project에서 선택된 primer로 primer-BLAST prediction을 해줍니다. selected primer sequence는 자동적으로 Primer 특징 key로 표시가 됩니다. > Sanger 와 NGS DNA sequence 분석해주는 소프트웨어, Sequencher 5.4.1 Trial 및 다운로드 >Sequencher version 5.4.1 관련 업데이트 더보기

[뉴스레터] NEBION, GENEVESTIGATOR, 3월 업데이트 소식 조회 948 2016. 12. 29 - Analysis across multiple platforms made easier 업데이트 소식 안내지난 10년간 수천개의 전사체 연구들이 다양한 기술의 플랫폼에 의해 실현되고 있습니다. 가장 대표적으로 Affymetirx, Illumina 또는 Agilent expression array와 RNA-Seq 플랫폼이 있습니다. GENEVESTIGATOR는 다양한 플랫폼으로부터 Public & Private expression 데이터를 직접 큐레이션하여 발현데이터들을 통합하였습니다. Cross-Platform 검색과 분석 능력을 갖춘 새로운 버전이 출시되었음을 알려드리게 되어 매우 기쁩니다. 개선된 Cross-Platform 워크플로우다른 플랫폼의 발현 데이터들을 동시에 비교, 분석하여 시각화시킬 수 있습니다. 이는 데이터의 의미를 쉽고 명확하게 보여줍니다. GENEVESTIGATOR는 현재 관심있는 타겟 유전자에 맞는 가장 특이적인 probe를 자동으로 선택해줍니다. 게다가 각각의 Probe들은 주어진 종에서 모든 플랫폼에 대해 자동으로 교차분석이 가능합니다. Probe들을 직접 선택하여 분석하길 원하는 연구자분들은 수동 선택 모드를 이용할 수 있습니다. 새롭게 출시된 CONTENTSArabidopsis, 13개의 새로운 RNA-Seq 실험이 다음 분야에서 업데이트 되었습니다. 조직 타입생물학적 스트레스 (Botrytis cinerea)비생물학적 스트레스 (cold, treatments with various chemicals)식물 호르몬 (ABA, brassinolide)유전자형 비교 계속적으로 툴 기능을 개선하고 있으며 데이터를 큐레이션하여 업로드하는데 많은 노력을 기울이고 있습니다. 새롭게 업데이트된 Introduction Video Tutorial 를 확인해보세요.