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[뉴스레터] CLCbio, Assembling the ash tree genome with UK scientists 조회 1306 2016. 12. 28 - CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 9월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsAssembling the ash tree genome with UK scientists CLC bio사와 Queen Mary University of London의 공동연구자들은 CLC bio사의 de novo assembler를 이용한 European ash tree (Fraxinus excelsior) 의 genome assembly 결과를 발표했습니다.해당 연구자들이 구축한 reference genome은 ash dieback 질병연구의 기초자료가 될 것입니다. > More info in the official press release Integrated workflow in collaboration with BioBam 새 롭게 선보이는 통합 워크플로우는 신규 시퀀스 데이터의 기능정보 맵핑을 가능하게 하며, CLC Genomics Workbench의 Blast2GO PRO 플러그인을 이용하면 NGS 생물정보학 데이터 분석을 하나의 플랫폼에서 실시할 수 있습니다. > Read the official press release ScienceAnaerobic oxidation of methane coupled to nitrate reduction in a novel archael lineageNature 500, 567–570 (2013) doi:10.1038/nature12375 Haroon MF et al. single-cell genomic, metatranscriptomic 통합 분석 및 bioreactor 수행, 13C- 와 15N- 라벨링 실험결과는 신규 무산소 메탄친화성 계통의 ANME-2d가 독립적인 메탄의 무산소 호흡이 가능함을 밝혔습니다.이 연구에 CLC Genomics Workbench의 필터링과 어셈블리, 맵핑 기능이 사용되었습니다. 해당 결과는 ANME-2d 계통의 멤버들이 무산소 환경에서 전체 탄소 및 질소 사이클에 중요한 연결자임을 예측했습니다. > Read the interesting paper TutorialNew data modelling features in Molegro Data Modeller 이번 튜토리얼에서는 Molegro Data Modeller를 이용하여 고차원 데이터 시각화와 아웃라이어 탐지를 어떻게 하는지 확인할 수 있습니다. > Wath it here

[뉴스레터] CLCbio, Final release of Genomics Workbench 6.5 조회 1244 2016. 12. 28 - CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 9월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsUser group meetings in October10월에 전 세계적으로 User group meetings을 개최할 예정입니다. 이를 통해 CLC Genomics Workbench 6.5에 대한 소개를 들을 수 있으며, bioinformatics community의 전문가들과 네트워크를 형성할 수 있는 기회입니다. 더 자세한 내용은 여기로 이동하시고 아래의 링크를 통하여 등록하세요. > Oct 7, Boston, MA> Oct 9, New York, NY> Oct 10, Bethesda, MD> Oct 15, Houston, Texas> Oct 16, San Diego, CA> Oct 21, Munich, Germany Final release of Genomics Workbench 6.58월 21일, CLCbio사는 CLC Genomcis Workbench 6.5 버전을 릴리즈 하였습니다. 이번 릴리즈에서는 local realignment와 detecting structural variants read mappings을 이용하여 read mappings을 조절하는 새로운 툴이 추가되었습니다. > For more information Molecular docking in Molegro Virtual Docker9월 25일에 진행 될 Molegro Virtual Docker 소개에 관한 Webinar에 참여하세요.Molegro Virtual Docker는 protein ligand interactions를 예측하기 위해 통합된 플랫폼입니다. 이번 Webinar에서는 molecules의 preparation에서부터 target protein의 potential binding sites의 determination과 ligands의 binding modes의 prediction에 대한 내용을 집중적으로 다룰 예정입니다. > Read more and sign up ScienceGenome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomesNature Biotechnology 31, 533-538 (2013) doi:10.1038/nbt.2579Albertsen et al.Deeply sequenced metagenomes에서 high-quality microbial genomes를 복구하기 위한 sequence composition-independent 접근법이 새로 소개되었습니다. 이 새로운 접근법은 uncultured microorganism의 genomes에 대한 접근성을 증대시켰으며 이는 metagenomics에 중요한 기여를 할 것입니다. 여 기서 trimming, de novo metagenome assembly, mapping reads to scaffolds, re-assembly, finishing을 수행하기 위하여 CLC Genomics Workbench와 Plugins를 사용하였습니다. > Read the interesting paper TutorialWebinar : Introduction to CLC Genomics Workbench 6.5Product Development의 director인 Søren Mønsted의 최근 webinar가 업데이트 되었습니다. > Watch it here Scientific papersCLCbio사 소프트웨어를 인용한 논문들의 리스트입니다. > Find them here Last improvementsNew releases > CLC Assembly 4.2> CLC Genomics Workbench 6.5> CLC Genomics Server> CLC Main Workbench 6.9

[뉴스레터] BIOBASE, Introducing PGMD: The PharmacoGenomic Mutation Database 조회 1277 2016. 12. 28 - BIOBASE NewsletterFall 2013 In this Issue • Introducing PGMD: The PharmacoGenomic Mutation Database • Online Training in September • HGMD: An Independent Comparison vs. Other Variant Resources • Presentation: Enriching protein interaction networks with transcription factor-gene interactions Introducing PGMD: The PharmacoGenomic Mutation Database맞춤의학 시대에 따른 약물유전체 돌연변이 데이터베이스(PGMD)가 완성되었습니다.BIOBASE사의 전문적인 큐레이터들은 직접 논문에서 유전형과 약물 반응 상의 유의한 상관관계가 있는 in vivo 환자연구들을 모았습니다.PGMD는 유전적 변이들이 약물에 대한 환자의 반응에 미치는 영향과 그러한 반응의 원인이 되는 변이들을 보다 정확하게 규명, 예측할 수 있도록 도와줍니다. PGMD는 연구자들이 직접 PubMed를 검색하면서 소모되는 시간과 어려움을 덜어드립니다.Linkage disequilibrium 위치, 집단 기반의 allele frequency 등의 유전형-표현형 관계 정보를 HGMD mutation과 함께 제공합니다.PGMD는 세부적인 변이정보 리포트를 쉽게 확인가능한 온라인 형태로 제공하며 개별 분석 파이프라인과 통합을 위한 다운로드 및 GenomeTrax 의 일부분으로 제공되어 직접적으로 관심 유전체에 주석정보로 활용가능합니다. PGMD는 오는 10월 보스턴(메사추세츠주)에서 열리는 ASHG 학술대회에서 공식적으로 출시될 예정입니다.BIOBASE사의 약물유전체 팀장이 현장 발표 및 시현을 보여드릴 예정입니다. 이곳을 클릭하면 ASHG 관련된 추가 정보를 얻으실 수 있습니다. Register for Online Trainings!• PROTEOME™ 9월 20일 오전 12시 > 등록하기 • TRANSFAC® 9월 27일 오전 12시 > 등록하기 HGMD: An Independent Comparison vs. Other Variant Resources 대용량 parallel 시퀀싱 기술은 정보가 넘쳐흐르게 하였습니다. 따라서 이러한 대용량 데이터를 분석하는데 있어서 보다 정확하게 유전변이-질병 사이의 관계를 정리하는 것이 중요한 이슈입니다.최근 두 개의 리뷰논문에서 이용가능한 유전변이 자료들을 비교했습니다.Peterson 외 연구진, Johnston 외 연구진들(아래 링크 참조)은 각각 HGMD와 다른 유전변이 데이터베이스들(OMIM, ClinVar, LSDB, UniProt/SwissProt)을 비교했습니다. 그들은 만장일치로 인간질병변이에 있어서 HGMD를 현존하는 가장 완성도가 높은 자료라고 결정했습니다. 추 가적으로 Johnston 외 연구진은 HGMD 보다 띄어난 변이분석에 특화된 종합적인 자료원을 만들기 위해서는 질병특화 전문성의 LSDBs, 외부데이터의 적극적인 큐레이션 역량을 지닌 ClinVar, 1000 Genomes, ESP, dbSNP 를 HGMD 에 추가 통합해야할 것이라고 언급했습니다. 이는 BIOBASE사가 Genome Trax를 만든 이유인, HGMD와 여러 종합적인 질병변이 데이터를 통합하여 유전체 분석에 있어서 보다 빠르고 효과적인 정보를 제공하려는 방향과 정확히 일치합니다. HGMD를 포함한 위 리뷰는 PubMed를 통해서 보다 자세한 내용을 확인할 수 있습니다. • Databases of genomic variation and phenotypes: existing resources and future needs, Johnston et al. Hum Mol Genet, 2013 Aug 23 • Towards Precision Medicine: Advances in Computational Approaches for the Analysis of Human Variants, Peterson et al. J Mol Biol, 2013 Aug 17 Enriching protein interaction networks with transcription factor-gene interactions using TRANSFAC®최근 독일에서 열린 ISMB 학술대회에서 막스 플랑크 노화생물학연구소의 Bianca Habermann 박사는 아래와 같은 내용으로 발표하였습니다.단백질 상호작용 또는 유전적 네트워크는 대규모 연구들로부터 데이터를 통합하는 효과적인 도구입니다.단 백질 상호작용 네트워크에 발현 값을 즉각적으로 추가하면 차등적으로 조절받는 유전자(Differentially regulated genes)를 관련 신호전달경로 등의 추가적인 연결고리를 통해서 '질병' 또는 '상태'에 특화된 네트워크를 정의할 수 있습니다.단백질 상호작용, 유전적 상호작용, 대사반응 네트워크 등의 생물 네트워크는 기본적으로 유전자 발현조절에 대한 정보가 부재합니다.따라서 이러한 네트워크를 기반한 결과들은 한계를 가질 수밖에 없습니다. BIOBASE 사는 이러한 문제점을 해결하기 위해 TRANSFAC 의 전사인자-유전자 상호작용 데이터를 단백질 상호작용 네트워크와 통합하는 방법을 제안합니다. Pathway Explorer을 통해 본 연구소에서 개발한 viPEr을 이용하면, 대용량 데이터분석에서 신호전달경로를 통합하기 위한 특정 네트워크를 찾고 그에 따른 핵심 네트워크를 동정해낼 수 있습니다. New! Video Tutorials • Creating Custom Profiles • Network Analysis • Pathfinder Visualization Tool

[뉴스레터] GeneCodes, Sequencher is Used Globally for DNA Studies of Malaria and Mosquitos 조회 1108 2016. 12. 28 - GeneCodes Corp. Sequencher August 2013 Newsletter Sequencher is Used Globally for DNA Studies of Malaria and Mosquitos 모기에 물려 전염되는 기생병인 말라리아는 모기가 물었을 때, 혈액과 감각이 없는 animal senses로 효소들이 삽입되어 모기가 소화를 잘 할 수 있도록 도와줍니다. 이러한 효소들이 삽입되는 동안, malaria parasite가 모기의 혈액에서 새로운 host로 전달되어 사람간의 질병이 퍼지도록 만듭니다. International Medical Corps에 따르면, 말라리아로 인해 사망한 경우의 90%가 아프리카에서 일어나고 있으며 전 세계 인구의 절반에 다다르는 3.3백만의 인구가 말라리아에 전염될 위기에 처해있습니다. 이러한 통계 수치를 통해 예방과 치료 기술의 연구가 전 세계적으로 필요한 상황이며, 강력한 도구를 이용한 연구를 통해 시간이 절약될 수 있도록 하는 것이 중요합니다. Spain 의 Seville에 있는 과학자인 Josué Martínez-de la Puente와 Santiago Ruiz는 최근에 말라리아에 전염되는 과정을 알아내기 위해서는 모기의 종을 판별하는 것이 중요하다는 연구를 발표하였습니다. 그들은 DNA sequencing과 amplification을 통해 종의 판별을 위한 모기 혈분이 소화되는 과정과 DNA extraction 과정을 연구하였습니다. 모기 종의 sequence를 분석하고 GenBank sequences와 비교하는 분석들이 Sequencher DNA Analysis Software를 이용하여 진행되었습니다. Sequencher's tool을 통해, 이러한 과학자들이 host species identification을 성공적으로 찾아내는 것이 가능했습니다. Walter Reed Army Institute of Research의 Desmond Foley and Genelle Harrison는 모기의 침샘과 말라리아에 대하여 연구를 하였습니다. 이러한 연구자들은 PCR을 광학 현미경법 기술을 대신 이용하여 말라리아의 종충 비율(sporozoite rates)의 확인을 위한 새로운 방법을 만들었습니다. 광학 현미경법 기술은 말라리아에 대하여 false positive를 제공하는 것으로 생각되어 이를 PCR을 이용하여 제거하는 방법으로 시도하였습니다. 이러한 새로운 방법을 통해, 과학자들은 Sequencher를 이용하여 정확한 종 확인을 위해 알려진 BLAST sequence와 비교하여 align을 진행하였습니다. Videos> Installation of NGS tools

[뉴스레터] CLCbio, Discover the new features in Genomics Workbench 6.5 조회 1338 2016. 12. 28 - CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 8월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsDiscover the new features in Genomics Workbench 6.58월 21일, CLC Genomics Workbench 6.5 버전이 새로 release 되었으며 웹세미나를 통해 새로운 특징들을 소개할 예정입니다. > Sign up for the webinar Introduction to CLC Phylogeny ModuleCLC Phylogeny Module이 현재의 phylogeny tools으로 업그레이드 되었습니다. 이 플러그인은 Phylogenetic trees와 associated metadata의 visualization과 creation을 위한 viewer 부분이 더욱더 강화되었습니다. 또한, 새로운 2개의 tools가 추가 되었습니다 • The k-mer based whole genome phylogenetic reconstruction • Model testing tool for statistics evaluation > Watch the introductory video ScienceSomatic Mutation, Allele Loss, and DNA Methylation of the Cub and Sushi Multiple Domains 1 (CSMD1) Gene Reveals Association with Early Age of Diagnosis in Colorectal Cancer PatientsPLoS ONE8(3): e58731 (2013) Shull AY, Clendenning ML, Ghoshal-Gupta S, Farrell CL, Vangapandu HV, et al. 54 colorectal tumors 안의 454FLX CSMD1 coding regions의 pyrosequencing은 colorectal cancer 환자에서 CSMD1 somatic mutations, allele imbalance, DNA methylation, clinical characteristics의 상호관계의 특징을 찾아내기 위하여 사용되었습니다.CLC Genomics Workbench를 이용하여 human reference genome에 sequencing reads를 mapping 하였습니다. 더 나아가, colorectal tumors와 normal samples에서의 calling variants를 위해 Probalilistic Variant Detection tool을 사용하였습니다. > Read the interesting paper TutorialNew features in Molegro Data Modeller이번 튜토리얼에서는 Molegro Data Modeller에서 Dataset dimensionality을 줄이고 descriptors를 축소하는 방법을 확인할 수 있습니다. > Watch the video