[업그레이드] CLC Genomics Workbench 6.0.2
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2016. 12. 28 - CLC bio사에서는 지난 3월 19일, 아래 솔루션들의 공식적인 버전 업그레이드를 발표하였습니다. · CLC Main Workbench 6.8.2· CLC Genomics Workbench 6.0.2· CLC Genomics Server 5.0.2· CLC Assembly Cell 4.1주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다. CLC Main Workbench 6.8.2 • Improvements 1. Restriction site analysis에서 만들어진 fragments를 한 번에 sequence list로 생성 가능 2. Alignment, mapping, BLAST results, sequence views에서 마우스 우클릭 옵션의‘Open Copy of Sequence’와 ‘Open This Sequence’가 ‘Open Sequence'의 메뉴로 통합됨 • Bug fixes 1. Workflow 확인 및 실행 관련 여러 가지 에러들을 수정 2. Workspaces 조정 과정에서 발생하였던 여러 가지 에러들을 수정 3. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations이 추가 되었던 에러 수정 4. Create Alignment tool에서 out-of-memory 에러 수정 * CLC Main Workbench release 자세한 내용 보기 CLC Genomics Workbench 6.0.2 • Improvements 1. Assembly 결과 ambiguities 영역의 Ns 표시는 줄이고 scaffolding 결과 contig 안에 Ns를 포함하도록 de novo assembly 알고리즘 업데이트 2. VCF export : VCF 파일로 export하면 header가 CLC URL과 연동되어 바로 확인가능 3. Restriction site analysis에서 만들어진 fragments를 한 번에 sequence list로 생성 가능 4. Alignment, mapping, BLAST results, sequence views에서 마우스 우클릭 옵션의 'Open Copy of Sequence'와 ‘Open This Sequence'가 ’Open Sequence'의 메뉴로 통합됨 • Bug fixes 1. UCSC variant tracks의 import와 다운로드의 경우 사용자에게 알림 없이 부분적으로 수행되어 Chr1에서만 variant의 annotation이 되었던 부분을 수정. CLC Genomics Workbench 6.0를 사용하여 UCSC에서 variant data를 다운로드하거나 import할 것 추천 2. 부모 모두 한 position에 variant alleles를 가지고 있어도 Trio analysis의 결과 de novo mutation으로 reference allele를 report하지 않았던 부분을 수정 3. Unmapped reads list를 single reads로 만들었던 부분을 수정 4. GO Enrichment Analysis tool for variant data에서 몇개의 columns이 사라졌던 에러가 수정 5. Paired data를 trimming할 때, report의 section4에서 input으로 사용된 reads의 number가 올바르게 나타나지 않았던 에러 수정 6. Workflow 확인 및 실행 관련 여러 가지 에러들을 수정 7. Workspaces를 조정하는 과정에서 발생하였던 여러 가지 에러들을 수정 8. Compare Variants tool에서 variant tracks을 사용할 때 발생했던 에러 수정 9. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations가 추가 되었던 에러 수정 10. Create Alignment tool에서 out-of-memory 문제를 수정 11. Target Regions Statistics tool의 결과 값이 input file의 이름으로 설정됨 * CLC Genomics Workbench release 자세한 내용 보기 CLC Genomics Server 5.0.2 • Improvements 1. Assembly 결과 ambiguities 영역의 Ns 표시는 줄이고 scaffolding 결과 contig 안에 Ns를 포함하도록 de novo assembly 알고리즘 업데이트 2. VCF export : VCF 파일로 export하면 header가 CLC URL과 연동되어 바로 확인가능 3. 서버에서 GVF export 가능 4. 서버에서 adapter trim list의 import 가능 • Bug fixes 1. Server computer의 local hostname이 IP-address로 해결이 되지 않을 경우, Workbench에서 Server로 연결이 불가능했던 에러 수정 2. 부모 모두 한 position에 variant alleles를 가지고 있어도 Trio analysis의 결과 de novo mutation으로 reference allele를 report하지 않았던 부분을 수정 3. Unmapped reads list에서 RNA-Seq Analysis의 경우 single reads만을 만들어 냈던 부분을 수정. RNA-Seq analysis를 다시 수행하기 위해 paired reads를 input으로 사용하고 unmapped reads의 downstream analysis를 수행 할 것을 추천 4. GO Enrichment Analysis tool for variant data에서 몇개의 columns이 사라졌던 부분 수정 5. Paired data를 trimming할 때, report의 section4에서 input으로 사용된 reads의 number가 올바르게 나타나지 않았던 에러 수정 6. Workflow를 확인하고 실행하는 것과 관련된 몇몇 에러 수정 7. Workspaces를 조절하는 것과 연관된 에러 수정 8. 이전 버전의 Compare Variants tool에서 variant tracks을 사용할 때 발생했던 에러 수정 9. Find Open Reading Frames tool에서 ‘add annotations' 옵션을 선택하지 않았음에도 불구하고 annotations가 추가 되었던 에러 수정 10. Create Alignment tool에서 out-of-memory 문제를 수정 11. Target Regions Statistics tool의 결과 값이 input file의 이름으로 설정됨 12. 그 외 다양한 에러 수정 * CLC Genomics Server release 자세한 내용 보기 CLC Assembly Cell 4.1 • New features 1. reads의 subset을 무작위로 뽑아내는 clc_sample_reads tool 생성 2. Datasets에서 복제된 reads를 제거하고 확인을 위한 clc_remove_duplicates tool이 beta 버전에서 정식적으로 바뀜 • Improvements 1. De novo assembler에 의해 생성된 Ns의 개수는 줄어들고, 주로 scaffolder 결과 생성됨 2. 조금 더 큰 datasets을 만들기 위해 Duplicate Removal tool의 수행능력이 향상됨 3. Mismatches의 types과 개수에 대한 clc_cas_to_sam의 outputs information이 향상됨 • Bug fixes 1.Paired reads를 input으로 사용하여 de novo assembler에서 contigs가 생성되었을 때, 충돌하던 에러를 수정 2. De novo assembler에서 circular contigs가 너무 많이 연장되는 에러 수정 3. clc_cas_to_sam에서 나타나던 에러 수정 4. 다양한 작은 오류 수정 * CLC Assembly Cell release 자세한 내용 보기 이외에 더 자세한 내용은 각 솔루션 별 웹 페이지를 참고하여 주십시오.