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[릴리즈] QIAGEN CLC Genomics version 21 새로운 업데이트 조회 1683 2021. 08. 24 - QIAGEN CLC Genomics version 21의 최신 업데이트 알아보기 QIAGEN CLC Genomics 버전 21(v21)에 대한 최근 플러그인 업데이트에는 QIAGEN CLC Genomics Workbench 내의 새로운 tools 및 데이터베이스 액세스가 포함됩니다. 새 업데이트를 통해 다음을 수행할 수 있습니다. 새 업데이트를 통해 다음을 수행할 수 있습니다: MGI/BGI 시퀀서에 read를 import 예를 들어 Agilent UMI 패널을 분석할 때 유용한 "i1" 인덱스 fastq 파일을 포함하여 Illumina 시퀀서에서 read를 import Illumina의 SARS-CoV-2 ARTIC V3 패널에 대한 새로운 workflow에 액세스 QCI Interpret에 variant call 업로드를 위한 tools 재설계 새로운 해당 tools를 사용하여 variant로부터 consensus sequence 생성 haplotype calling 수행 및 유전자형 genotype-aware tracks 활용 single cell 적용을 위한 TCR 레퍼토리 분석 수행 인간 게놈에서 바이러스 통합 사이트 식별 및 시각화 16S 또는 ITS 시퀀싱 데이터의 기능적 추론 또는 copy number normalization를 위한 PICRUSt2 기반 지원 활용 소프트웨어에서 직접 Reference Virus DataBase (RVDB) 액세스 그림1. 새로운 Identify Viral Integration Sites tool를 이용하여 host genome에 viral integration site 의 evidence를 보여준다. 신규 및 업데이트된 QIAGEN CLC 플러그인의 기능 Biomedical Genomics Analysis 플러그인 새로운 BGI/MGI Sequencing Import tool Agilent UMI 패널 데이터를 지원하기 위해 확장된 옵션: fastq 파일 import 이제 R1 앞에 i1이 추가된 쌍 읽기로 R1, R2 및 i1이 있는 세 개의 fastq 파일 import 이제 VDJ tools와 함께 클론 형 import/export를 사용 가능 Structural Variant Caller의 런타임 및 성능 개선 Upload to QCI Interpret 및 QCI Interpret Translational 완전히 rework 되어 브라우저 로그인을 통해 쉽게 인증 CNV, fusions, inversions, TMB 및 MSI를 포함하여 더 넓은 범위의 variants를 업로드 이 tools는 업로드를 쉽게 자동화할 수 있도록 서버 및 workflows를 지원 Create Consensus Sequences from Variants는 variant track과 관련 reference에서 consensus sequences를 생성 낮은 coverage 영역을 마스킹 Illumina 분석 workflows에 대한 새로운 SARS CoV-2 ARTICv3 패널 New Haplotype Calling plugin 새로운 플러그인은 phasing 정보가 있는 variants의 detection, import, export, validation 옵션과 variant locus, allele variants, haplotype alleles 그리고 microhaplotypes 정보를 전달합니다. QIAGEN CLC Single Cell Analysis Module T Cell repertoire analysis 은 new workflows와 tools에 완벽히 적용 Doublet detection 및 removal은 Single Cell tool에 QC에서 사용 가능 Create Expression Plot tool에서 violin plots 생성 가능 QIAGEN CLC Microbial Genomics Module Identify Viral Integration Sites tool은 hybrid capture panel database 이용해서 host genomes의 viral integration events를 감지할 수 있습니다. 원형의 interactive 그리고 확대/축소 가능한 host/virus genome viewer 이용하여 integration event를 자세히 조사 가능 coverage, unaligned-end coverage 그리고 CDS track overlays와 함께 broken-pair coverage의 visualization 제공 근접한 유전자는 synchronized table에서 확인 Analyze Viral Hybrid Capture Panel Data workflow는 hybrid capture 기술을 사용하여 분석된 샘플에 가장 널리 퍼진 viral species 와 그 variants를 식별 PICRUSt2는 16S 또는 ITS 시퀀싱 데이터의 기능적 추론 또는 CNV normalization의 사용 가능 FDA(Food and Drug Administration)의 RVDB(Reference Virus Data Base) 및 새로운 QIAGEN Microbial Insights – Prokaryotic Taxonomy Database(QMI-PTDB)는 이제 Download Curated Microbial Reference Database tool을 사용하여 다운로드 가능

[릴리즈] TRANSFAC 2.0 첫 릴리즈 예정 조회 1368 2021. 08. 06 - TRANSFAC® 2.0이 릴리즈 될 예정입니다. TRANSFAC® 2.0은 다양한 새로운 콘텐츠를 제공합니다. 특히, 새로운 유형의 보고서에서 enhancer와 해당 기능을 찾을 수 있습니다. TRANSFAC® 2.0은 새로운 toolbox인 MATCH Suite와 함께 번들로 제공됩니다. 이 소프트웨어 패키지는 transcription factor 및 특정 유전자를 조절하는 transcription factor 그룹을 확인하는 데 최적화되었습니다. MATCH Suite는 유전자 목록이든 TRANSFAC®, TRANSPATH® 또는 HumanPSD™ 데이터베이스에서 선택한 목록이든 이를 수락하고 완전히 자동화된 정교한 워크플로우를 생성합니다. 이 워크플로우 시스템은 데이터의 생물학적 내용(예: 기능 범주 또는 조직 특이성)을 고려합니다. 유전자 세트와 그 조합 모듈의 특정 regulators(transcription factor)가 식별됩니다. MATCH Suite는 자동으로 여러분의 유전자 셋을 조절하는 transcription factors(TF)를 필터링하여 종합보고서를 생성합니다. 대화형 표는 중간 단계와 최종적으로 식별된 TF를 나타내며 입력한 유전자가 TF에 의해 어떻게 조절되는지 보여줍니다. 여러분은 유전자의 프로모터에서 확인된 영역의 genome browser visualization 기능과 다양하게 적용할 수 있는 필터링 옵션을 만족하실 겁니다. 더 많은 정보가 제공될 예정이니 계속해서 뉴스를 확인하세요!

[릴리즈] HGMD Professional (2021.2) 조회 1394 2021. 07. 05 - Announcing the 2021.2 Release of HGMD® Professional 2021.06.28. 월요일 The Summer release of HGMD Professional 출시 323,661개 이상의 전문가 검증 disease-causing mutation을 보유한 HGMD는 가장 많고 신뢰할 수있는 germline mutation 소스입니다. 이번 새로운 릴리즈에는 이전 버전보다 8,954개 더 많은 mutation을 보유합니다. 다른 mutation database와 다르게, HGMD mutation은 peer-reviewed 논문을 기반으로 임상적 영향력을 검증합니다. New HGMD Pro Features 관련해서 자세한 사항은 퀴아젠 홈페이지에서 백서, webinar, Resources Section을 참고하세요. ANNOVAR 이제 ANNOVAR에서 International Cancer Genome Consortium version 28 (hg19, hg38)를 이용하실 수 있습니다. ANNOVAR annotation database는 새로운 호스팅 서버로 이동 중입니다, 구 S3-based server를 아시아 및 중동에 CDN으로서 계속 유지할 계획입니다. -downdb 명령어 www2 (default 인 www 대신) 이용할 수 있습니다. Clivar 20210123 버전은 ANNOVAR에서 hg19/hg38 제공됩니다. (파일 업데이트 20210204) Genome Trax™ Genome Trax™ 2021.1를 이용하실 수 있습니다. 업데이트된 track은 모든 HGMD 관련 track에서도 확인 가능합니다. 주 업데이트는 Genome Trax release 2021.1, PROTEOME™ release 2021.1. 도 포함합니다. 자세한 사항은 GeneXplain을 참고해주세요.

[뉴스레터] 2021년 6월 QDI Newsletter 조회 1376 2021. 06. 08 - 예정된 Webinar IPA Webinar : From data to biological insight using QIAGEN CLC Single Cell Module and QIAGEN IPA 일시 : 2021년 6월 10일 01:00 AM / 1시간 진행 주제 임신 중 조혈 과정의 복잡한 단계인 장기 발달에서 가계 혈통은 만능 조혈 모세포에서 최종 분화 세포 유형에 이르기까지 다양한 단계에서 관여합니다. 간 발달의 세포 및 분자 메커니즘을 분석하는 것은 이 중요한 장기를 구성하는 세포 유형과 그들이 하는 역할을 이해하는 데 핵심입니다. 이번 웨비나에서는 cell type clusters와 그들의 biology를 강조하기 위해 태아 간의 single-cell transcriptomes를 분석합니다. 참여 신청하기 COSMIC Webinar : COSMIC: Describing millions of somatic mutations at high resolution 일시 : 2021년 6월 15일 04:00 PM / 1시간 진행 주제 COSMIC의 소개와 hand-curated content 모든 유전자는 암에서 체세포 돌연변이의 패턴을 가지고 있으며, COSMIC은 암 유전자 인구조사에서 700개 이상의 병원성 유전자를 기능적으로 상세히 기술합니다. 표현형 및 유전형 주석은 접근 가능하고 통합 가능한 고해상도 형식으로 제공됩니다. COSMIC은 정밀 약물에 대한 저항성을 유발하는 돌연변이를 설명합니다. 암을 유발하는 돌연변이는 많은 유전적 메커니즘을 덮고 있으며, 모두 COSMIC에 설명되어 있습니다. The Cancer Mutation Census는 질병, 돌연변이 작용성에 대한 영향을 측정하기 위한 모든 돌연변이에 대한 지표를 상세히 나타냅니다. 동아시아 암 환자에게 존재하는 유도 및 활성 가능한 돌연변이를 식별하는 방법 참여 신청하기 예정된 교육 OmicSoft 및 IPA 교육 : Discovery from public oncological data using QIAGEN Omicsoft OncoLand and QIAGEN IPA 일시 : 2021년 6월 18일 03:00 AM / 1시간 30분 주제 이번 교육에서는 GEO, TCGA, CCLE 및 기타 출처의 공개 종양 데이터를 사용하여 약물 표적 및 주요 유전자뿐만 아니라 바이오 마커를 발견하고 검증하는 방법에 대해 논의합니다. QIAGEN Omicsoft OncoLand, QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis(IPA) 및 OmicSoft Land Explorer 웹 인터페이스를 사용합니다. 참여 신청하기 CLC 교육 : CLC teaching package: Incorporating NGS Analysis software into your curriculum 일시 : 2021년 6월 25일 01:00 AM / 1시간 주제 QIAGEN CLC Genomics Workbench 소프트웨어와 데이터 분석 응용 프로그램을 소개합니다. QIAGEN CLC Genomics Workbench는 RNA-seq, single-cell RNA-seq, variant calling, 후생유전학 분석, de novo assembly, genome finishing, phylogenic tree construction, metagenomic analysis, Sanger sequencing, molecular biology applications 등을 포함하여 다양한 파이프라인에 널리 사용됩니다. 참여 신청하기 Single Cell Land에 대한 새 블로그 콘텐츠를 통해 Harness the power of deeply-curated scRNA-seq data to accelerate discovery and validation을 알아보세요. 최신 결과를 검증하기 위해 고도로 선별된 single-cell(scRNA-seq) 데이터를 찾고 계신가요? 검출되지 않는 관심 있는 유전자를 찾기 위해 publication의 데이터를 처리하는 데 오랜 시간을 보낸 적이 있으신가요? single-cell portal을 사용해 보았지만 중요한 메타 데이터가 부족하다고 생각하시나요? QIAGEN OmicSoft DiseaseLand 및 OncoLand 프레임 워크를 확장하여 single-cell data를 빠르게 탐색하는 새로운 QIAGEN OmicSoft Single Cell Land가 출시되었습니다. >> 자세히 보기 SARS-CoV-2 게놈 감시 데이터 분석 확장에 대한 블로그 콘텐츠가 업데이트되었습니다. 최근, SARS-CoV-2의 돌연변이가 증가함에 따라 양성 COVID-19 샘플의 NGS를 사용하여 다양한 변종의 게놈 감시를 강화하는 것이 필수적이게 되었습니다. 이에 QIAGEN이 어떻게 도움을 줄 수 있는지 알아보세요. >> 자세히 보기 SARS-CoV-2 돌연변이 분석을 위한 워크플로우 구축에 대한 새 블로그 게시물이 있습니다. 현재 패널 데이터가 미리 구축된 솔루션에서 지원하지 않는 경우 QIAGEN CLC Genomics Workbench에서 간단한 워크 플로우를 생성하여 패널 데이터를 쉽게 분석할 수 있습니다. 자세한 내용을 보려면 여기를 클릭하세요. Clinical Insights QCI Interpret One Webinar : Advancing Personalized Oncology with Transcriptomic Profiling and Mechanistic Modeling 일시 : 2021년 6월 8일 11:00 PM 이 웨비나에서 알라크리스의 차세대 시퀀싱 데이터 분석 책임자인 모리츠 슈테는 정밀 종양학 워크플로우의 일환으로 RNA 시퀀싱 단독 또는 전체 엑솜 시퀀싱과 결합하는 이점을 이야기합니다. RNA-seq가 분자 변화를 식별하고 종양 미세 환경을 조명하는 방법에 대해 논의하는 것 외에도 Schütte 박사는 분자 데이터의 수학적 모델링이 약물 민감도를 예측할 수 있는 방법을 설명합니다. 참석하려면 여기를 클릭하세요. QIAGEN Solid Tumor Summit 2021 : 2021년 6월 29일, 30일 09:00 PM QIAGEN의 Solid Tumor Summit에 초대합니다. 이 이벤트에서는 solid tumor management 분야에 관련된 모든 사람들에게 독특한 경험을 제공할 것입니다. 여기를 클릭하여 등록하세요. 5 reasons why you should use COSMIC to identify cancer mutations 국가 기준 연구소가 HGMD Professional을 신뢰하는 이유에 대한 새로운 콘텐츠가 있습니다. HGMD가 Quality over Quantity에 초점을 맞추어 기계 학습 또는 인공 지능을 사용하는 다른 플랫폼보다 어떤 것이 뛰어난 지 확인하세요. 최근 개최했던 Every Lab Summit을 놓친 분들을 위해서 녹화 자료를 여기서 모두 볼 수 있게 해두었습니다. 이번 이벤트에서 전문가들은 소규모에서 중견 임상 진단 연구소가 대형 병원 네트워크 및 대학 센터의 동일한 속도, 전문 지식 및 신뢰를 가진 정밀 종양학을 위한 포괄적인 게놈 프로파일링 서비스를 제공하기 위해 얼마나 경쟁할 수 있는지를 보여줍니다.

[릴리즈] COSMIC V94 조회 1246 2021. 05. 31 - COSMIC V94, 추가된 새로운 검증된 유전자 및 그 이상의 업데이트로 릴리즈 성공적인 Actionability 릴리즈 후, COSMIC 개발팀은 COSMIC V94 업데이트를 가져왔습니다. COSMIC V94는 무엇이 있을까요? 새로운 두 유전자의 Highquality, expert, manual curation (MYCN and MAPK1) 희귀 Lung cancer 와 pancreatic cancer 관련 업데이트 12 hallmark apoptosis 유전자 (BLM, CHEK2, DDB2, ERCC2, ERCC3, ERCC5, RECQL4, POLG, FEN, ELF3, MAPK1, and FLT4)에 curated somatic mutation 데이터 9 Cancer Gene Census Tier 1 유전자 (GATA1, COL2A1, CEBPA, CDKN2C, PTPN11, PTPRB, FOXL2, ACVR2A, and ARHGAP26) 각각의 Cancer hallmark annotations 최신 drug resistance data 최신 Cancer Mutation Census data ACTIONABILITY 데이터 변경사항은 다음과 같습니다: 2000개 이상의 새로운 임상시험 정보, 54 이상의 약물, 38개 새로운 변이 추가 BTK 유전자 검증됨