자주 묻는 질문 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

[뉴스레터] QIAGEN IPA User Group Meeting 조회 1319 2021. 05. 13 - Transform proteomic data into pristine results 연구자들이 MS 및 SWATH 데이터에서 새로운 발견을 놓치지 않도록 보장하는 방법을 찾을 수 있습니다. 프로테오믹 데이터 분석 및 해석을 위한 bioinformatics 솔루션에 대한 제품 업데이트 및 교육 뿐만 아니라 전문가와의 Q & A 세션을 제공하는 2시간짜리 온라인 이벤트에 참여하세요. Why attend? QIAGEN IPA에서 기능 훈련 세션을 통해 흥미로운 새로운 기능과 데이터를 사용하는 방법을 배울 수 있습니다. QIAGEN 전문가가 답변하는 기술, 과학 및 지원에 대한 질의응답을 할 수 있습니다. 현재 QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis(IPA)를 사용하고 있든 없든, 이 회의는 여러분의 실험에서 이전보다 더 깊은 통찰력을 얻을 수 있는지에 대해 생각하도록 하는 것을 목표로 합니다. 진행 날짜 : 2021년 5월 26일 오후 2시 등록하기 : 링크

[릴리즈] What's new in the QIAGEN OmicSoft 2021R1 release 조회 1727 2021. 04. 28 - 새로운 QIAGEN OmicSoft 2021R1 릴리즈 R1 릴리즈의 핵심 사항 이번 콘텐츠 릴리즈에서, QIAGEN OncoLand와 QIAGEN DiseaseLand는 수백 개의 새로운 프로젝트를 추가하였습니다. Select Land의 리스트에서 관심있는 Land가 보이지 않는다면, QIAGEN OmicSoft Server 관리자에게 “Cloud Land Publishing function”을 체크하여 사용가능한 데이터 체크를 요청하세요. 모든 QIAGEN OmicSoft human Land들은 Human.B38 유전체와 OmicsoftGenCode.V33 모델로 재생산되었습니다. 이렇게 재생산된 Land들은 human Land의 최신 업데이트 버전이며, B38_GC33 접미사를 통해 식별할 수 있습니다. QIAGEN OncoLand 2021R1 업데이트 핵심 사항 이제 TCGA는 GenCodeV33에 대한 alignment를 기반으로 사용할 수 있습니다. 이 Land에서 CCLE, GTEx, TCGA VirtualLands와 같은 최신 VirtualLand를 구축할 수 있습니다. 올해 말 OmicSoft는 광범위한 TCGA 메타데이터를 TCGA_B38_GC33으로 확장하고, 종양 샘플 중 oncogene 및 종양 억제 유전자에 핵심 돌연변이가 있는 샘플 vs 없는 샘플의 비교에 대한 업데이트를 진행할 예정입니다. 그림 1. 최신 Human.B38/GenCode.V33 릴리즈를 이용한 CCLE, GTEx 및 TCGA의 조직 샘플에서 BMP2 발현량. Y축은 조직 범주, SourceLand 및 종양 혹은 정상에서 프로파일링됩니다. OncoGEO: 이번 릴리즈에서는 위장관, 생식계 및 남성 비뇨기의 암에 중점을 두고, 99개의 프로젝트에서 6,591개의 샘플과 618개의 비교를 추가하였습니다. 여기에는 전이성 병변의 유전자 발현 특성화(일부는 primary tumor과 짝을 이루는 경우), 시술 전/후의 샘플 쌍, 특정 gene signature의 예측 값 탐색, 기존 약물의 효과, 대체 치료 전략과 약물 내성의 비교 등의 연구에 대한 샘플들이 포함됩니다. 그림 2. 새로운 종양 중심의 샘플 분포, Y축은 조직으로 그룹화되었고, DiseaseState에 따라 색을 입힘. Hematology(혈액학): 이번 릴리즈에서는 호지킨 및 비호지킨 림프종, 백혈병민 골수종 샘플이 추가되며, 특정 약물의 작용 메커니즘, 잠재적인 바이오 마커 발견 및 환자 결과를 예측할 수 있는 gene signatures를 탐구하는 실험과 함께 54개의 프로젝트, 1,303개의 샘플, 250개의 비교가 추가되었습니다. 그림 3. Hematology 2021R1에서 새로운 혈액암 중심의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, CellType에 따라 색을 입힘. QIAGEN DiseaseLand 2021R1 업데이트 핵심 사항 다음 예시를 탐색하는 새로운 데이터 세트: 비만, 당뇨병, 면역 매개 질환, 백신 및 백신 보조제(vaccine adjuvants), 바이러스 및 박테리아 질환, 세포 스트레스 반응 및 화합물 프로파일링 눈에 대한 새로운 프로파일링 연구 HumanDisease: 지카바이러스에 대한 연구 모음과 eye expression에 대한 상세한 프로파일링, 심혈관, 근골격계 및 신경계 질환에 대한 새로운 연구를 포함하여 108개 프로젝트에서 3,969개의 새로운 샘플과 949개의 비교가 추가되었습니다. 그림 4. HumanDisease 2021R1에서 새로운 질병 초점의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐. MouseDisease: 정상 조직과 세포에서의 세포 스트레스에 중점을 둔 52개 프로젝트에서 1,559개의 새로운 샘플과 543개의 비교가 추가되었습니다. (GSE118660, GSE35681, GSE49598, GSE700, GSE84450, GSE90070, GSE54581, GSE29929, GSE11496, GSE11684, GSE122507) 그림 5. MouseDisease 2021R1에서 새로운 질병 모델 샘플의 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐. RatDisease: 이번 릴리즈에서는 in vivo 및 in compound 프로파일링과 독성 연구에 초점을 맞춘 14개 프로젝트에서 2,617개의 새로운 샘플과 2,329개의 비교가 추가되었습니다. 그림 6. 새로운 In vivo compound 프로파일링 또는 독성 샘플 분포의 하위 집합, Y축은 SubjectTreatment로 그룹화됨. 여기에서 2021R1 릴리즈의 전체 세부 정보를 확인하세요.

[뉴스레터] COSMIC - Catalogue of Somatic Mutations in Cancer 조회 1267 2021. 04. 28 - Catalog of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) COSMIC을 통해서 Human cancer에서 somatic mutation의 임팩트(the impact)를 탐색해보세요. What is the impact? Cancer 연구에 있어서 cancer 관련 변이를 잘못 판단하는 것에 대한 임팩트(the impact)를 상상해보신 적 있습니까? 이미 확인된 변이를 놓치면 연구에 어떤 임팩트를 줄 수 있을까요? 위와 같이 곤란한 질문이 생기는 것을 피하기 위한 가장 좋은 해결책은 바로 종합적 human cancer mutation database를 사용하는 것입니다. 7100 만 개 이상의 somatic mutation 있는 COSMIC은 세계에서 가장 큰 expert-curated somatic mutation database입니다. 20,000 이상의 사용자가 신뢰하는 이 제품은 somatic mutation의 다양한 clinical 정보를 통합하였습니다. 여러분의 NGS pipeline에 COSMIC을 더하면 cancer driver mutation의 우선순위 정하기, VUSes 구별, 변이가 common 인지 rare인지 관심 cancer type에 따라서 구별하는 일을 빠르게 수행하여 cancer sample 분석을 가속화합니다. Discover the impact of mutations in Human Cancers 20,000 이상의 사용자와 10,000회 이상 인용한 세계 최대의 human cancer mutations database로 연구 및 진단의 역량을 강화하세요. 1. curated coded mutations 2. human samples studied 3. Peer-reviewed papers 1. COSMIC 3,700만개 이상의 coding mutations의 annotation과 그 밖에 모든 oncogenic non-coding region에 annotation을 제공. 2. Post-doctoral 과학자팀의 peer-reviewed 논문으로 정확성을 갖춘 데이터 3. 매 분기 업데이트하는 COSMIC 자료와 특성(Features) COSMIC은 끊임없이 Cancer mutation의 최신 정보들로 업데이트됩니다. 2019년부터 2020년까지 5,000,000개 이상의 Legacy COSM mutation가 추가되어 지난 15년 동안 수집된 coding mutation의 대략 두 배입니다.

What’s new in the QIAGEN IPA Spring 2021 Release 조회 1540 2021. 04. 16 - 90,000개 이상의 Analysis Match 데이터세트 컬렉션에서 관련 분석을 쉽게 찾을 수 있습니다. 이제는 필터링 및 사용자 지정 가능한 메타데이터 열을 사용하여 보거나 오버레이 할 분석 및 데이터세트를 검색하는 것이 훨씬 쉽고 정확합니다. 프로젝트 검색에서 관심있는 키워드를 단순히 입력하신 후, 메타데이터 열 위의 필터를 사용하여 원하는 대로 결과를 좁히실 수 있습니다. Figure 1. 데이터 검색 및 분석에는 검색 및 필터링을 위한 새로운 옵션이 있습니다. 예시는 NASH의 마우스 간의 연구를 찾기 위한 검색을 보여줍니다. 강화된 세포 내 위치 찾기를 통해 생물학을 설명하세요. 단백질의 세포 내 위치는 세포에서 기능과 역할에 대한 단서를 제공할 수 있습니다. 예를 들어, 미토콘드리아에서 발견되는 단백질은 라이소좀에서 발견되는 것과는 다른 역할을 합니다. 이제 모든 네트워크 또는 경로에서 분자의 상세한 세포 내 위치를 자동으로 발견하고 주석을 달 수 있습니다. Figure 2. 세포 내 위치 정보를 표시하도록 구성된 경로 Figure 3. Figure 2의 경루에서 골지체에 국한된 단백질을 보여주는 세부 사항. 다른 애플리케이션 개선 사항 Genes and chemicals에 대한 자동 완성 기능이 개선되었습니다. Gene Views, Chem Views, Canonical Pathway Reports 등이 새로운 모양과 느낌으로 업데이트 되었습니다. Figure 4. Gene View의 새로운 모습 콘텐츠 업데이트 새로운 QIAGEN OmicSoft Single Cell Land 및 SARS-CoV-2 데이터세트는 현재 Analysis Match에서 사용할 수 있는 90,000개 이상의 데이터세트에 포함되어 있습니다. 새로운 2개의 Canonical Signaling Pathways 확장성 심근병증 신호 전달 경로 (Dilated Cardiomyopathy Signaling Pathway) NAD 신호 전달 경로(NAD Signaling Pathway) 4개의 기존 Canonical Signaling Pathways에 활동 패턴 추가 자가포식(Autophagy) T 세포 수용체 신호(T Cell Receptor Signaling) 활성 및 무반응 T 림프구에서 IL-2 발현의 조절(Regulation of IL-2 Expression in Activated and Anergic T Lymphocytes) 수지상세포 성숙(Dendritic Cell Maturation) 업데이트된 1개의 Canonical Signaling Pathway 코로나바이러스 발병기전 경로(Coronavirus Pathogenesis Pathway) 다음을 포함한 12만 개 이상의 새로운 발견 (IPA에서 총 780만 개 이상) >37,000 expert findings >39,000 protein-protein interaction findings from BioGRID >22,100 cancer mutation findings from ClinVar >12,700 findings from the Mouse Genome Database (MGD) >5600 findings from the Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) >2200 Gene Ontology findings >3600 drug-to-disease findings from ClinicalTrials.gov >3900 target-to-disease findings from ClinicalTrials.gov 273 newly mappable chemicals Figure 5. ‘Analysis Match’와 ‘Activity Plot’에서 사용할 수 있는 OmicSoft 분석 콘텐츠. QIAGEN IPA의 최신 개선사항을 더 확인하고 싶으시면 링크를 클릭하세요.