• [릴리즈] Blast2GO PRO Plugin for CLC bio Workbench 조회 1375 2016. 12. 29 -    Blast2GO PRO 플러그인의 새로운 버전이 출시되었습니다! CLC Workbench를 활용하여 사용할 수 있는 Blast2GO PRO 플러그인은 이전 버전에 비해 완전히 변화되어 더 빠르고, 더 강력하고, 더 나은 결과를 보여줍니다. 새로운 버전의 플러그인에는 standalone Blast2GO의 여러 가지 기능 중에서도 인기가 많았던 CloudBlast가 포함되었습니다. CloudBlast는 클라우드를 기반으로 한 Blast2GO PRO Community Resource로서 많은 시퀀스의 alignment를 빠르게 수행할 수 있으며, 클라우드 전용 컴퓨팅 환경에서 표준 NCBI Blast+를 직접 실행할 수 있습니다. CloudBlast에 대해 더 자세한 정보를 원하시면 이곳을 클릭해 주세요.데모버전을 사용해보고 싶으신 분은 이곳을 클릭해주세요. 
  • [뉴스레터] CLCbio, Analyze RNA-Seq data in CLC Cancer Research Workbench 조회 1559 2016. 12. 28 - CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 9월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  NewsCLC Cancer Research Workbench에서 RNA-Seq 데이터 분석하기최근 업데이트된 Cancer Research Workbench를 이용하여 DNA-Seq과 RNA-Seq 데이터를 분석 할 수 있습니다.새로운 기능과 개선된 기능을 사용하고 싶으신 분은 아래의 링크를 통해 다운로드 받으실 수 있습니다. › For more info and download New variant detection toolsGenomics Workbench와 Cancer Research Workbench에서 variant를 탐지하는 새로운 도구 Basic, Fixed Ploidy, Low Frequency Variant Detection을 추가하였습니다.Low Frequency Detection 도구는 암샘플 같은 여러 조직이 섞여있는 샘플의 분석에 적합합니다. > Read more about the three tools Making big data accessibleAyasdi와 함께 CLC bio사는 크고 복잡한 데이터를 간단하고 작은 데이터로 바꿀 때의 문제점을 풀기 위해 한걸음 나아갔습니다.CLC bio사는 지금 Ayadi Cure 응용프로그램과 생물정보학 솔루션의 완벽한 통합을 제공합니다. > More info and video  Science Rab25 Is a Tumor Suppressor Gene with Antiangiogenic and Anti-Invasive Activities in Esophageal Squamous Cell CarcinomaCancer Res November 15, 2012 72; 6024 doi: 10.1158/0008-5472.CAN-12-1269 Man Tong et al. 비암세포와 식도 편평세포 암(ESCC)의 임상샘플의 고처리용량(High-throughput) 전사체 시퀀스 프로파일링이 발현상 차이가 많이 나는 유전자들을 밝혔습니다. Sequencing reads은 CLC Genomics Workbench를 이용하여 human genome에 mapping 하였습니다. > Read the interesting paper  Tutorial Introduction to CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench 7.5 버전에 대한 소개자료입니다. > Watch the video
  • [뉴스레터] CLCbio, CLC Drug Discovery Workbench 1.5 beta release 조회 1702 2016. 12. 28 - CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 8월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  NewsCLC Drug Discovery Workbench 1.5 beta releaseCLC Drug Discovery Workbench는 Ligand Optimizer라는 새로운 기능이 추가되어 강력해졌습니다. 여러분이 리간드 그리고 결합부위에서 단백질타겟과 리간드의 상호작용에 대해 수정하고, 최적화시키고, 분석할 수 있습니다. > For more info and download CLC Cancer Research Workbench for tumor analysis8월 26일, 종양/정상 샘플에서 희귀한 subclonal 체세포 variant를 찾고 annotation하고, 순위를 매기기 위한 자동파이프라인에 대한 웹세미나가 개최됩니다.CLC Cancer Research Workbench를 이용하여 낮은 빈도의 체세포 variant를 어떻게 규명하는지 확인하시기 바랍니다. > More info and sign up GeneRead DNAseq Targeted Panels V2GeneRead DNAseq Targeted Panels V2는 최소 10ng의 DNA를 NGS에 앞서 유전자 셋에 더욱 집중할 수 있게 해줍니다. > Read more  Science Next-Generation Sequencing of RNA and DNA Isolated from Paired Fresh-Frozen and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples of Human Cancer and Normal TissuePLoS ONE 9(5): e98187. doi:10.1371/journal.pone.0098187 Hedegaard J.et al. 임상연구에 기초한 NGS에서 포르말린으로 고정시킨 파라핀 임베드 샘플의 사용 가능성을 확인해보고자 휴먼의 여섯 가지 조직의 시료를 가지고 냉동샘플과 포르말린 고정 파라핀 임베드 샘플과 혹은 둘다 이용하여 분석하였습니다. 이 분석은 CLC Assembly Cell과 Genomics Server, Command Line Tools 그리고 Genomics Workbench로 수행되었습니다. > Read the interesting paper  Tutorial New features in CLC Drug Discovery Workbench 1.5CLC Drug Discovery Workbench 1.5 베타버전의 새로운 기능과 개선된 기능에 대한 튜토리얼입니다. > Watch the video
  • [뉴스레터] CLCbio, Successful cancer software launch 조회 1578 2016. 12. 28 -  CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 5월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  NewsSuccessful cancer software launch at AACR지난 4월 8일, cancer에 포커싱된 CLC Cancer Research Workbench가 AACR(American Association for Cancer Research)에서 성공적으로 출시 되었습니다. > Read more and watch the video RNA-seq compared to whole exome sequencingCLC Cancer Research Workbench를 통해 transcriptome과 whole exome sequencing의 variant calling을 비교할 수 있습니다.Workbench는 mapping, variant calling, filtering, annotation을 위한 알고리즘이 포함된 유용한 workflow를 제공합니다. > Read more here   ScienceComparison of three next-generation sequencing platforms for metagenomic sequencing and identification of pathogens in bloodBMC Genomics 2014, 15:96 doi:10.1186/1471-2164-15-96 Frey et al. 최근 병원균을 동정할 수 있는 능력을 가진 세 가지 sequencer를 비교하는 연구가 진행되었습니다.Reche 454 Titanium, MiSeq, Ion Torrent platforms 모두 병원균을 탐지할 수 있지만 read length, depth, speed 면에서는 서로 다른 결과를 보여주었습니다. 이 연구에서 CLC Genomics Workbench가 read mapping을 위해 사용되었습니다. > Read the interesting paper  TutorialJoin Contigs in CLC Microbial Genome Finishing ModuleJoin Contigs tool에서 long reads scaffolding option에 대한 튜토리얼입니다. > Watch the video 
  • [뉴스레터] CLCbio, Introducing a new product for drug discovery - AACR sunset dinner reception 조회 1568 2016. 12. 28 -  CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 3월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  NewsLaunching CLC Drug Discovery WorkbenchCLC Drug Discovery Workbench는 drug design을 연구하는 화학 및 생화학자 분들에게 초점을 맞춰 개발된 솔루션으로 사용하기 편리한 인터페이스를 제공합니다. Drug design workflow에는 docking targets을 설정하고, 2D sketcher 소프트웨어에서 molecules를 복사하여 고성능으로 molecular docking을 분석하는 과정을 포함하고 있습니다.   > Find out more  AACR sunset dinner reception4월 8일, CLCbio사에서는 세계 최초로 cancer에 포커싱된 informatics solution인 CLC Cancer Research Workbench를 런칭 할 예정입니다. 함께 참석하여, CLC Cancer Research Workbench를 만나보세요. > Find the program and more here  ScienceSequencing, De Novo Assembly and Annotation of the Colorado Potato Beetle, Leptinotarsa decemlineata, TranscriptomePLoS ONE 9(1): e86012. doi:10.1371/journal.pone.0086012 Kumar A. et al. 콜로라도 감자잎벌레(Leptinotarsa decemlineata) transcriptome에 대한 assembly 및 annotation 분석이 진행되었습니다. 그 결과, 감자 수확을 위협하는 요인에 대한 분자생물학적 접근법을 제공하였습니다. 이 과정에서, CLC Genomics Workbench를 이용하여 SNP prediction 및 protein domains search 분석을 수행하였습니다. > Read the interesting paper  TutorialIntroduction to CLC Drug Discovery WorkbenchCLC Drug Discovery Workbench의 주요 세가지 applications에 대한 소개 영상입니다.  > Watch the video 
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