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[뉴스레터] NEBION, Genevestigator의 인기있는 3개 tool이 무료! 조회 1110 2016. 12. 29 - Free tools for October 2016 2016년 10월 31일까지, GENEVESTIGATOR Professional의 3가지 인기 tool을 무료로 이용할 수 있습니다! 이 3가지 tool을 이용하여 관심있는 유전자와 함께 조절되는 유전자들을 찾습니다.워크플로우는 아래와 같습니다. Perturbations tool 관심있는 유전자가 조절되는 특정 조건 검색 Co-Expression tool 특정 조건에서 유사한 발현 패턴을 갖는 유전자 탐색Hierarchical Clustering tool 조직, 세포타입에 따라 동시에 발현되는 유전자들 그룹핑새로운 비디오 튜토리얼을 보시면서 관심 유전자와 같은 "Perturbations"에 반응하는 유전자들, 또는 같은 조직에서 발현되는 유전자들을 찾아보세요. Video Tutorial 보러가기
[뉴스레터] NEBION, Genevestigator, Human RNA-seq 데이터 릴리즈 소식 조회 915 2016. 12. 29 - Release of Human RNA-seq !GENEVESTIGATOR에 Human RNA-seq 데이터가 업로드 되었습니다. 업로드된 Human RNA-seq 데이터로 어떤 툴과도 함께 분석하실 수 있습니다. Human RNA-seq 데이터업로드된 데이터세트는 36개 실험(2,443개의 샘플)을 담고 있으며, 다음과 같은 연구 분야의 실험 결과들을 포함합니다. • Oncology• Neurology and Psycology/Psychiatry• Pneumology• Cardiology• Dermatology• Endorcinology and Metabolism• Immunology and Rheumatology• Gastroenterology새롭게 큐레이션된 RNA-seq 데이터는 정기적으로 업데이트 되고 있습니다.2016년 8월, 한 달간 Anatomy 툴이 무료이번 달, Anatomy 툴 (Gene Search toolset)을 한번 이용해보세요. 이 툴은 다양한 조직 또는 cell type에서 특이적인 발현을 보이는 유전자들을 쉽게 찾을 수 있도록 도와줍니다. 새롭게 업데이트된 Video Tutorial을 시청해보세요.
[뉴스레터] NEBION, Genevestigator, 6월 이벤트 소식 조회 1027 2016. 12. 29 - Perturbations tool is now Free Tool of the Month인기툴인 'Perturbations'이 6월 한달간 무료6월 한달간, 가장 인기있는 Perturbations tool을 무료로 체험해 보실 수 있는 기회가 제공됩니다. Condition search toolset의 Perturbations tool은 특정 질병, 약물, 변이 같은 Perturbations이 관심유전자의 발현에 어떤 영향을 주는지 볼 수 있습니다. 수천개의 큐레이션된 실험셋과 그에 관련된 특정 조건들을 fold-change, p-value을 기반으로 선택할 수 있습니다. 연구하고 있는 유전자들을 더 깊이 알고싶다면, 오늘 Perturbations tool을 활용해 보세요. 지금 바로 Video Tutorial 을 확인해보세요. 조직, 세포 타입별의 새로운 분류 Genevestigator에서 선택할 수 있는 기관, 조직, 세포 타입 등이 최근 릴리즈된 CALOHA ontology에 의해 구조화 되었습니다. CALOHA ontology는 스위스 제네바에 위치한 생물정보회사 CALIPHO 그룹에 의해 개발되었으며 CALOHA는 기존의 anatomical ontologies를 개선하여 많은 조직과 세포타입들이 엄격하게 큐레이션되고 구조화하였습니다. 반면에 휴먼에 맞춰 개발된 분류방식을 mouse와 rat에도 적용시켰습니다. 이 새로운 분류는 anatomical 부분에서 특이적으로 구조화할 수 있으며 시각적인 효과를 높였습니다. 기존의 CALOHA ontology를 NexProt FTP sever 에서 볼 수 있습니다.
[뉴스레터] NEBION, GENEVESTIGATOR, 3월 업데이트 소식 조회 965 2016. 12. 29 - Analysis across multiple platforms made easier 업데이트 소식 안내지난 10년간 수천개의 전사체 연구들이 다양한 기술의 플랫폼에 의해 실현되고 있습니다. 가장 대표적으로 Affymetirx, Illumina 또는 Agilent expression array와 RNA-Seq 플랫폼이 있습니다. GENEVESTIGATOR는 다양한 플랫폼으로부터 Public & Private expression 데이터를 직접 큐레이션하여 발현데이터들을 통합하였습니다. Cross-Platform 검색과 분석 능력을 갖춘 새로운 버전이 출시되었음을 알려드리게 되어 매우 기쁩니다. 개선된 Cross-Platform 워크플로우다른 플랫폼의 발현 데이터들을 동시에 비교, 분석하여 시각화시킬 수 있습니다. 이는 데이터의 의미를 쉽고 명확하게 보여줍니다. GENEVESTIGATOR는 현재 관심있는 타겟 유전자에 맞는 가장 특이적인 probe를 자동으로 선택해줍니다. 게다가 각각의 Probe들은 주어진 종에서 모든 플랫폼에 대해 자동으로 교차분석이 가능합니다. Probe들을 직접 선택하여 분석하길 원하는 연구자분들은 수동 선택 모드를 이용할 수 있습니다. 새롭게 출시된 CONTENTSArabidopsis, 13개의 새로운 RNA-Seq 실험이 다음 분야에서 업데이트 되었습니다. 조직 타입생물학적 스트레스 (Botrytis cinerea)비생물학적 스트레스 (cold, treatments with various chemicals)식물 호르몬 (ABA, brassinolide)유전자형 비교 계속적으로 툴 기능을 개선하고 있으며 데이터를 큐레이션하여 업로드하는데 많은 노력을 기울이고 있습니다. 새롭게 업데이트된 Introduction Video Tutorial 를 확인해보세요.
[릴리즈] NEBION, 2015.8 latest update 조회 878 2016. 12. 29 - 연구자들의 필요에 의해 특별한 영역의 발현데이터를 큐레이션하였습니다. Human, Mouse, Rat 데이터들이 새롭게 업데이트 되었고, 새롭게 큐레이션 된 실험 샘플은 모두 3,215개입니다. 데이터 특성은 아래 리스트를 참고하세요. Nephrology (Kidney transplantation, nephritis, uremia, and others) 신장학 (신장 이식, 신염, 요독증 등의 기타 질병) Respiratory diseases (COPD, smoking) 호흡기 질환 Rheumatology (systemic sclerosis, Kawasaki disease) 류머티즘학 Infectious diseases (septic shock) 전염성 질환 (패혈증) Rare diseases (Werner syndrome, Conn's disease, Turner syndrome, Fanconi anemia, Myopathy, and others) 희귀 질병 GENEVESTIGATOR 에 로그인하여 새로운 실험 데이터셋에서 관심 있는 유전자들이 어떻게 영향을 받는지 살펴보세요.

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