자주 묻는 질문 | ㈜인실리코젠-데이터 바이오 기업

[릴리즈] OmicsBox v3.5 새로운 업데이트 조회 19 2025. 10. 31 - OmicsBox 3.5 RELEASE OmicsBox 3.5의 새로운 기능 및 개선 사항 General 테이블 내보내기 시, 열(column) 선택 및 순서 조정 가능 파일 열기/저장 시 마지막 사용 위치 기억 더 명확해진 작업 메시지 레이아웃 넓은 범위의 결과를 확인할 수 있는 수평 스크롤 지원 더 빠른 FASTA 추출 기능 안정적인 대용량 테이블 정렬 기능 Flye 어셈블러 성능 향상 FASTA 파일 인덱싱 전 자동 검증 기능 추가 Functional Analysis Pathway 다이어그램을 일괄적으로 내보내거나, 시퀀스를 pathway 테이블에서 추출 가능 명확한 Enrichment 분석 요약 및 메시지 태그 및 온톨로지 카테고리 기준으로 플롯 필터링 기능 추가 BLAST의 최신 업데이트 및 중복 식별자를 제거하여 간소화된 결과 제공 EggNOG-mapper 최신 버전 업데이트로 속도와 기능 향상 및 batch 단위 병렬 처리 기능 추가 InterProScan의 GFF 파일 자동 저장 기능 추가, GO annotation 도구 기능 개선 Transcriptomics ands Single-cell Analysis Single-cell RNA-seq 분석에서 그룹별 바이올린 플롯 지원 PCA, UMAP, t-SNE 좌표를 annotation 과 함께 내보내기 가능 클러스터 품질 평가 지표 추가 SingleR 기반으로 cell-type annotation 그룹 단위 수행 가능 FLAIR 기반 재정량화 옵션 추가 카운트 테이블 차등 발현 결과에서 원하는 부분 추출 가능 샘플 이름 변경 시 발생하는 오류 수정 Metagenomics 결과 테이블에 taxa-level 열을 추가하여 더 나은 미생물 군집 구성 정보 제공 고급 필터링 및 데이터 내보내기 기능 향상
[릴리즈] OmicsBox v3.3 새로운 업데이트 조회 1994 2024. 08. 29 - OmicsBox 3.3 RELEASE OmicsBox 3.3의 새로운 기능 및 개선 사항 Metagenomics Silva, Greengene 및 GTDB를 통한 새로운 Taxonomic Classification Single Cell Transcriptomics 대규모 데이터 세트에 대한 향상된 UMAP 성능 Long Read Transcriptomics TAMA Merge와 전사체를 결합하는 새로운 기능PacBio IsoSeq 파이프라인의 재설계 Transcriptomics Masigpro를 통한 시간 경과 데이터 분석 개선향상된 차등 발현 분석 유전자 필터링새로운 기능 Count Table 및 차등 발현 분석 결과에 대한 Feature ID의 일괄 이름 바꾸기 가능 Count Table의 샘플 이름의 변경 및 삭제 가능 Genome Analysis 새로운 기능 Busco를 통한 Genome Assembly 완성도 평가 General 모든 탭에 분석 세부 정보를 보기 위한 새로운 정보 아이콘 추가 COMBINING TRANSCRIPTOMES WITH TAMA MERGE Long-read RNA 시퀀싱 진행 시, 다양하고 새로운 isoform을 식별하기 어려움.다양한 조건별 isoform을 식별하기 위해서는 단일 전사체를 구성해야 하며, 이를 도와주는 것이 OmicsBox의 TAMA Merge 도구임.Input : 샘플 특이적 전사체, 참조 전사체Output : BED, GTF, 다양한 보고서
[릴리즈] OmicsBox의 Cloud Units 관련 변동사항 안내 조회 1338 2024. 05. 24 - OmicsBox에서 사용할 수 있는 많은 툴들은 클라우드를 통해 실행되며, CPU, 데이터 저장, 전송과 같은 클라우드 리소스를 사용하면 일정한 비용이 발생합니다.이러한 비용은 Cloud unit으로 변환되어 구매 시 제공받은 Cloud unit에서 차감될 수 있습니다.최신 버전의 OmicsBox에서 클라우드 사용은 Alignment와 Assembly와 관련된 기능에 요금이 부과됩니다.아래 각 모듈에서의 기능을 참고해 주세요.Functional Annotation ModuleAlignments : Blast, Custom Database Blast(KEGG를 통해서도 사용됨), Diamond, InterProScanGenome Analysis ModuleAssembly : Abyss, Spades, FlyeAlignments : BWA, BowtieTranscriptomics ModuleAssembly : TrinityAlignments : Star, BWAMetagenomics ModuleAssembly : MegaHit, Meta-SpadesOmicsBox를 사용한 분석이 완료되었을 때, 모든 실행이 끝날 때마다 사용자의 클라우드 리소소와 해당 분석이 무료인지 유료인지를 알려주는 대화창이 나타나며, 해당 정보를 확인할 수 있습니다.
[릴리즈] OmicsBox v3.2 새로운 업데이트 조회 1317 2024. 05. 13 - OmicsBox 3.2 RELEASE OmicsBox 3.2의 새로운 기능 및 개선 사항 Single Cell Transcriptomics 새로운 기능 SingleR을 사용한 세포 유형 식별 Monocle3를 통한 Autocorrelation 분석 업데이트 Interactive Single-Cell Visualization 과 Annotation Tool Seurat v.5 Monocle을 통한 향상된 Trajectory 분석 Long Read Transcriptomics 새로운 기능 IsoQuant를 사용한 Isoform 정의 및 정량화 IsoN pipeline을 사용한 Reference-Free Long-Read 전사체 업데이트 정량화를 포함한 FLAIR v.2 SQANTI3 v.5를 사용한 Long-Read Transcriptomes Transcriptomics 업데이트 Busco DB 업데이트(EdgeR v.4) HTseq 카운트로 향상된 유전자 수준에서의 정량화(현재는 cloud 기반) Genetic Variation 새로운 기능 VCF 파일 합치기 및 추출 ADMIXTURE를 사용한 Population Structure 분석 Beagle을 사용한 Imputation과 Phasing dDocent pipeline을 통한 GBS data 필터링 Genome Analysis 업데이트 Augustus를 이용한 증거 기반 진핵생물 유전자 예측 Functional Analysis 새로운 기능 Annotation을 통해 Pathway 찾기 General 향상된 Trimmomatic Wizard(현재 클라우드 기반) 향상된 Application 메시지 이제 macOS ARM 아키텍처에서 OmicsBox를 사용할 수 있습니다.
[릴리즈] OmicsBox v3.1 새로운 업데이트 조회 1297 2023. 10. 24 - OmicsBox 3.1 Release Notes OmicsBox 3,1이 새롭게 출시 되었습니다. 연구자를 위한 새로운 기능 및 개선 사항을 소개해 드립니다. New Single Cell Improvements StarSolo를 사용한 "Single Cell Quantification" "Cell Type Clustering"을 위한 대화형 UMAP 유전자의 동향 및 발현 UMAP를 포함한 "Trajectory analysis" New Genetic Variation Features GWAS에 대한 "Functional Enrichment Analysis" "Variant Annotation Manhattan Plot"의 특징 추출(Extraction Feature) Freebay를 활용한 변이 탐색 시 "Mixed-Ploidy" 샘플 분석 지원 Additional Highlights Minimap2를 활용한 "Long-Read Alignments" Cutadapt를 통한 향상된 "Barcode Demultiplexing" Diamond Blast 및 Kraken에 대한 "Custom Database Options"

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