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[릴리즈] geneXplain 제품 릴리즈 소식: TRANSFAC 2.0 소개 조회 1902 2021. 11. 03 - geneXplain팀은 TRANSFAC®, TRANSPATH® 및 HumanPSD™ 데이터베이스의 릴리스 2021.2와 geneXplain® 플랫폼의 릴리스 6.4 및 Genome Enhancer의 릴리스 2.4를 발표하게 된 것을 자랑스럽게 생각합니다! 새로운 릴리스는 유전자 조절 연구에 대한 새로운 시각인 TRANSFAC® 2.0을 소개합니다. Please welcome TRANSFAC® 2.0 transcription factors, genomic binding sites 및 DNA-binding motifs (PWM)에 대한 TRANSFAC® 데이터베이스는 2021.2 릴리스에서 transcription regulation 분야에 gold standard resource인 TRANSFAC® 2.0을 도입합니다. TRANSFAC® 2.0은 다양한 새로운 콘텐츠와 새로운 소프트웨어를 제공합니다. New tool - MATCH Suite MATCH Suite는 소프트웨어는 관심 유전자를 조절하는 transcription factors와 그 transcription factors의 조합을 식별하기 위해 개발되었습니다. MATCH Suite는 human gene 목록을 입력으로 받아들입니다. 입력 데이터의 생물학적 컨텍스트를 고려하고 유전자 세트의 가장 가능성 있는 조절자의 철저하게 선택된 목록을 반환하는 완전히 자동화된 정교한 워크플로를 초기화합니다. 자동으로 생성된 결과 보고서는 PDF 파일로 제공되며 식별된 요인과 결합 부위에 대한 대화형 테이블도 제공됩니다. 내장된 genome browser뿐만 아니라 다양한 기준에 따른 즉각적인 필터링은 인터페이스의 일부입니다. 여기에서 사용자 가이드를 탐색할 수 있습니다. New enhancer reports TRANSFAC 2.0의 새로운 유형의 report입니다. 199,183개의 human enhancer 서열이 FANTOM5 및 HACER 데이터베이스에서 가져와 GRCh38 게놈 어셈블리로 옮겨졌습니다. enhancer 보고서는 regulated genes, 조직 및 enhancer가 활성화된 세포 유형 및 enhancer와 겹치는 일부 기타 functional genomic 영역을 표시합니다. Additional transcription factor interactions 최근에 발표된 BIOPLEX 3 데이터 세트의 인간 transcription factor와 human reference interactome(HuRI) 간의 3,888개의 새로운 interaction이 포함되었습니다. Integration of new human ChIP-Seq experiments from ENCODE ENCODE phase 4 프로젝트에서 발표한 15개의 새로운 인간 전사 인자 결합 부위 ChIP-Seq 실험이 통합되었습니다. 데이터 세트는 13개 독특한 transcription factor에 의해 결합된 197,893개의 단편으로 구성되며, 그 중 5개 인자는 TRANSFAC의 ChIP-Seq 데이터에서 아직 다루지 않았습니다. 자세한 내용은 TRANSFAC® 2021.2의 새로운 기능 및 데이터베이스 통계를 살펴보십시오. TRANSPATH® 2021.2 comes with the following new features: BIOPLEX 1 and 3 interactome data imported 릴리스 1과 3의 BIOPLEX human interaction 데이터를 통합하여 131,566개의 새로운 reaction과 60,151개의 reaction이 추가 실험 기반으로 업데이트되었습니다. Human Reference Protein Interactome (HuRI) integrated HuRI 매핑 프로젝트에서 45,468개의 새로운 reaction을 가져왔습니다. 또한 6,371개의 기존 reaction이 HuRI의 실험적 증거와 같이 업데이트되었습니다. Additional increase in number of reactions 인간의 protein 사이에 29,622개의 새로운 결합 reaction이 추가되었습니다. Update of links to pathway database 유전자/단백질에서 경로 데이터베이스 Reactome(버전 77) 및 Wikipathways(20210610)로의 링크가 업데이트되었습니다. 자세한 내용은 TRANSPATH® 2021.2의 새로운 기능과 데이터베이스 통계를 살펴보십시오. HumanPSD™ 2021.2 comes with the following new features: Biomarker and drug data update 질병 관련 annotation 수는 358,353개로 증가했고, 고유한 질병 관련 gene/biomarker 수는 123,948 개로 증가했습니다. FDA 승인을 받은 새로운 약물이 추가되었으며 약물-표적 단백질 결합 수는 현재 47,504개입니다. 자세한 내용은 HumanPSD™ 2021.2 의 새로운 기능과 데이터베이스 통계를 살펴보십시오. The new 6.4 release of geneXplain® platform is available now! Orthologous and paralogous extension: Transfac 'Matrix to Ensembl' 매칭은 매트릭스 테이블에서 paralogous 및 orthologus Ensembl 식별자까지 링크로 확장되었습니다. 이 링크는 테이블을 앙상블 유전자로 변환하는 허브에서 사용됩니다. Support of hg19 build for genome variants analsis: 이제 hg19 및 hg38 빌드 모두에 대해 RNA-seq 데이터에서 genome variants 및 indel 검출할 수 있습니다. Databases update: TRANSFAC®, TRANSPATH® 및 HumanPSD™ 데이터베이스가 릴리스 2021.2로 업데이트됩니다. New example: Gene Expression Omnibus data (GSE66789)가 있는 새로운 proteomics 예시 추가. 예시의 extended description 이 추가되었습니다. 자세한 내용은 geneXplain® 플랫폼 릴리스 6.4의 전체 새로운 기능 목록을 참조하십시오. The new 2.4 release of Genome Enhancer is available now! Databases update: TRANSFAC®, TRANSPATH® , HumanPSD™ databases가 release 2021.2로 업데이트 됩니다. 데모 보고서 업데이트: 새로운 Genome Enhancer 데모 보고서는 여기에서 찾을 수 있습니다. 자세한 내용은 Genome Enhancer 릴리스 2.4의 전체 새로운 기능 목록을 살펴보십시오.

[릴리즈] TRANSFAC 2.0 첫 릴리즈 예정 조회 1435 2021. 08. 06 - TRANSFAC® 2.0이 릴리즈 될 예정입니다. TRANSFAC® 2.0은 다양한 새로운 콘텐츠를 제공합니다. 특히, 새로운 유형의 보고서에서 enhancer와 해당 기능을 찾을 수 있습니다. TRANSFAC® 2.0은 새로운 toolbox인 MATCH Suite와 함께 번들로 제공됩니다. 이 소프트웨어 패키지는 transcription factor 및 특정 유전자를 조절하는 transcription factor 그룹을 확인하는 데 최적화되었습니다. MATCH Suite는 유전자 목록이든 TRANSFAC®, TRANSPATH® 또는 HumanPSD™ 데이터베이스에서 선택한 목록이든 이를 수락하고 완전히 자동화된 정교한 워크플로우를 생성합니다. 이 워크플로우 시스템은 데이터의 생물학적 내용(예: 기능 범주 또는 조직 특이성)을 고려합니다. 유전자 세트와 그 조합 모듈의 특정 regulators(transcription factor)가 식별됩니다. MATCH Suite는 자동으로 여러분의 유전자 셋을 조절하는 transcription factors(TF)를 필터링하여 종합보고서를 생성합니다. 대화형 표는 중간 단계와 최종적으로 식별된 TF를 나타내며 입력한 유전자가 TF에 의해 어떻게 조절되는지 보여줍니다. 여러분은 유전자의 프로모터에서 확인된 영역의 genome browser visualization 기능과 다양하게 적용할 수 있는 필터링 옵션을 만족하실 겁니다. 더 많은 정보가 제공될 예정이니 계속해서 뉴스를 확인하세요!

[릴리즈] Genome Enhancer 2.3 릴리즈 조회 1206 2021. 02. 19 - 새로운 Genome Enhancer 2.3을 이제 이용해 보세요! Genome Enhancer 2.3 릴리즈: Databases update: TRANSFAC®, TRANSPATH® and HumanPSD™ databases 2021.1로 업데이트 되었습니다. Demo reports update: the new Genome Enhancer demo reports를 찾아보실 수 있습니다 자세한 내용은 Genome Enhancer release 2.3의 새로운 features list를 참고하세요. Genome Enhancer Expert 솔루션은 TRANSFAC®, TRANSPATH® 및 HumanPSD ™ database와 함께 geneXplain® platform과 Genome Enhancer 간의 강력한 시너지 효과를 제공합니다.

[릴리즈] geneXplain® platform 6.3 릴리즈 조회 1470 2021. 02. 19 - 새로운 geneXplain® platform 6.3을 이제 이용해보세요! geneXplain® platform 6.3 릴리즈: New workflow: cell specific promoter에서 enriched motifs 식별 (TRANSFAC(R)). Fantom5 database로부터 cell-type specific transcription start sites를 이용하여 enriched binding site 확인. New methods: MEALR classifier (tracks) Random forest prediction Train random forest t-SNE Databases update: TRANSFAC®, TRANSPATH® and HumanPSD™ databases는 2021.1 로 업데이트 되었습니다. New exercises: geneXplain® platform의 모든 application에서 여러분의 기술을 발전시키고 트레이닝 해보세요 자세한 사항은, geneXplain® platform release 6.3.의 new features를 참고하세요.

[릴리즈] TRNASFAC®, HumanPSD™, TRANSPATH® 2021.1 조회 1509 2021. 02. 19 - TRANSFAC® 2021.1 릴리즈: - New human ChIP-Seq experiments from ENCODE: ENCODE 4단계 프로젝트에서 발표된 415개의 새로운 human transcription factor binding site ChIP-Seq 실험이 통합되었습니다. 세트 중 336개에 대해 각각의 transcription factor에 대한 existing positional weight matrix를 MATCH tool과 함께 사용하여 fragments 내부의 총 3,652,932 개의 best binding sites를 예측했습니다. - New matrices derived from ENCODE ChIP-Seq data: 새로운 ENCODE 4단계 ChIP-Seq 데이터에서 128개의 새로운 position weight matrices가 생성되어 TRANSFAC® matrix library에 통합되었습니다. - JASPAR 2020 matrix library integration: JASPAR 2020 릴리즈의 새로운 position frequency matrix는matrix entries(200개)으로 추가되거나 기존 TRANSFAC® matrix library에 대응되는 곳에 하이퍼 링크됩니다. 더 자세한 사항은 TRANSFAC® 2021.1 new features 와 database statistics을 참고해주세요. TRANSPATH® 2021.1 릴리즈: - New pathway visualization: pathway visualization tool이 geneXplain bioinformatics platform의 새로운 PathFinder 방식으로 재개발되었습니다. SBGN 및 SBML 표준을 지원하고 크게 향상된 성능으로 주요 세포 내 구획에서 분자의 위치를 자세히 설명합니다. PathFinder introductory video를 참고해주세요. - Increase in number of reactions: Human proteins 사이에 3,881 개의 새로운 binding 반응이 추가되었습니다. 예로 MAP4K interactome과 Ras interactome이 있습니다. - Update of links to pathway databases: genes/proteins에서 pathway database인 Reactome (버전 75) 및 Wikipathways (20201110) 의 링크가 업데이트되었습니다. 자세한 사항은 TRANSPATH® 2021.1 new features를 참고해주세요. HumanPSD™ 2021.1 릴리즈: - New locus report structure: 특정 genomic locus와 관련된 gene protein 정보를 포함된 report의 내용은 보다 접근이 용이하고 직관적인 구조로 제공됩니다. - More clinical trial and biomarker data: Clinicaltrials.gov, AACT database 및 전문가의 큐레이션 작업으로 진행된 질병 바이오 마커로부터 나온 새로운 데이터는 CT-Disease-Drug 할당 수를 706,055 개로, 질병 주석 수를 348,831 개로 늘렸습니다. 자세한 사항은 HumanPSD™ 2021.1 new features 와 database statistics 참고해주세요.