OmicsBox 3.3 RELEASE

OmicsBox 3.3의 새로운 기능 및 개선 사항

Metagenomics

  • Silva, Greengene 및 GTDB를 통한 새로운 Taxonomic Classification

Single Cell Transcriptomics

  • 대규모 데이터 세트에 대한 향상된 UMAP 성능

Long Read Transcriptomics

  • TAMA Merge와 전사체를 결합하는 새로운 기능
  • PacBio IsoSeq 파이프라인의 재설계

Transcriptomics

  • Masigpro를 통한 시간 경과 데이터 분석 개선
  • 향상된 차등 발현 분석 유전자 필터링
  • 새로운 기능
  • Count Table 및 차등 발현 분석 결과에 대한 Feature ID의 일괄 이름 바꾸기 가능
  • Count Table의 샘플 이름의 변경 및 삭제 가능

Genome Analysis

  • 새로운 기능
  • Busco를 통한 Genome Assembly 완성도 평가

General

  • 모든 탭에 분석 세부 정보를 보기 위한 새로운 정보 아이콘 추가

COMBINING TRANSCRIPTOMES WITH TAMA MERGE

  • Long-read RNA 시퀀싱 진행 시, 다양하고 새로운 isoform을 식별하기 어려움.
  • 다양한 조건별 isoform을 식별하기 위해서는 단일 전사체를 구성해야 하며, 이를 도와주는 것이 OmicsBox의 TAMA Merge 도구임.
  • Input : 샘플 특이적 전사체, 참조 전사체
  • Output : BED, GTF, 다양한 보고서