What’s New in the IPA Summer Release (2025)

• IPA Interpret에서는 Canonical Pathways, Upstream Regulators, Diseases & Functions, 그리고 Tox Functions에 대해 버블 차트 형식의 결과를 확인할 수 있습니다.
• 결과는 점수나 조절자 이름, 또는 전체 범주 단위로 필터링할 수 있습니다.
• 각 항목 세부 페이지의 데이터 테이블에는 “Expected”라는 새로운 열이 추가되었습니다. 이 열은 해당 유전자나 단백질이 관련된 항목(예: Upstream Regulator, Canonical Pathway 등)이 활성화되었을 때 예상되는 발현 변화 방향(상향/하향)을 보여줍니다. 발현 변화 방향에 대한 정보는 해당 항목에 대한 문헌 근거를 기반으로 제공됩니다.

[그림 1] IPA Interpret에서 Upstream Regulators를 카테고리별로 구분한 Bubble chart 예시

[그림 2] IPA Interpret에 새롭게 추가된 “Bubble volcano chart” 형식의 시각화 예시

[그림 3] Interpret 결과에서 필터링 옵션 추가

[그림 4] 데이터셋 테이블에 새로 추가된 “Expected” 열

• 데이터 테이블의 “Expected” 열에 표시된 정보의 근거가 되는 연구 결과는 네트워크 뷰에서 관계선을 클릭하면 확인할 수 있습니다.

[그림 5] 네트워크 내 relationship을 클릭하면, Expected 열에 표시된 정보의 근거가 되는 세부 내용이 표시

• 이제 IPA Interpret에서는 막대 차트를 이미지로 내보낼 때, 다양한 스타일을 자유롭게 커스터마이징할 수 있습니다.

[그림 6] 막대 차트 커스터마이징 이미지 예시

• Summary에서 예측된 Upstream Regulator 유전자에 대한 데이터셋 세부 정보를 확인할 수 있습니다.

[그림 7] Graphical Summary에서 개별 항목 위에 마우스를 올리거나 클릭하여 추가 정보를 탐색

• Similar Analysis 플롯 탐색 기능이 향상되어, 새로운 메타데이터 테이블을 활용할 수 있습니다.

[그림 8] Similar Analysis plot의 세부 정보 페이지에서 메타데이터 테이블 필터링 가능

• 막대 차트에 툴팁 기능이 추가
• 데이터셋 테이블에 행 수 표시
• AI 기반 생성(LLM 활용)된 경우, “AI-Suggested” 배지가 UI에 표시
• 테이블에서 z-score에 대한 설명을 제공하는 팝업 정보 추가

Pathway 및 Network에서 실시간으로 인과 점수 예측 (Grow 도구)

• Build > Grow 도구가 새롭게 개선되어, 원하는 경로나 네트워크에 대해 관련된 Upstream Regulator, Canonical Pathway, Diseases/Functions, 또는 Tox Functions를 빠르게 예측하고 점수를 계산할 수 있습니다.
• 이 기능을 활용하려면 pathway 상의 노드에 방향성 정보가 있어야 z-score 계산이 가능합니다.
• 만약 노드에 색상 오버레이가 없다면, Grow 도구는 p-value만 제공하며 z-score는 계산하지 않습니다.

[그림 9] Grow 도구를 활용해 Upstream Regulator 네트워크에서 Canonical Pathways를 인과적으로 예측

[그림 10] Grow 도구를 사용하여 Upstream Expression Regulator를 예측

[그림 11] 특정 Canonical Pathway에 영향을 미치는 인과적 Upstream Expression Regulator를 Grow 도구로 확장

6개의 새로운 Ingenuity signaling pathways

• DYRK1A Signaling Pathway
• GAIT Translation Signaling Pathway
• Meiosis Initiation Signaling Pathway
• Membrane Repair Signaling Pathway
• NF1 RAS Signaling Pathway
• Stress Granule Signaling Pathway

380,000개 이상의 새로운 발견:

• 약 249,000개의 전문가 발견(문헌 큐레이션에서 발견)
• 약 10,000개의 BioGrid에서 발견한 단백질-단백질 상호작용
• 약 16,000개의 인간 전장 유전체 연관 분석(GWAS) 결과에서 발견한 유전자
• 약 109,000개의 ClinVar에서 발견한 암 변이
• 약 1,300개의 ClinicalTrials.gov에서 발견한 타겟-질병 관계
• 약 1,200개의 ClinicalTrials.gov에서 발견한 약물-질병 관계
• 약 2,100개의 Gene Ontology 발견

• Goat (Capra hircus)
• Three-spined stickleback (Gasterosteus aculeatus)

OmicSoft 데이터셋 총 246,776건 중 15,001건이 새롭게 추가되었습니다.