Spring 2013
New Pathfinder network and pathway visualization features
Protein-protein간의 상호작용을 다루는 콘텐츠의 주기적인 확장, directed signaling events (phosphorylation, dephosphorylation, acetylation 등과 같은 enzymatic events를 포함), transcription factor-mediated gene-regulation networks 뿐 아니라 BIOBASE사는 canonical pathways, 네트워크의 visualization을 위한 Pathfinder tool의 기능을 계속해서 확장하여 왔습니다.
The enhancements include :
• Persistent node information panel의 소개
• Node의 선택에 따른 canvas의 gene/protein/miRNA에 대한 요약 설명
• 선택된 node에 대한 interacting partner의 전체 list를 한번의 클릭을 통한 이동
• Gene/protein/miRNA name, interaction type, effect 등과 같은 내용으로 interacting partner의 list를 검 색하고 필터링 할 수
있는 기능
• Network를 그를 때 고려되어지는 node에 대한 literature-curated location에 대한 새로운 layout option 이 생겨남
Miscellaneous improvements for ease of use
수 많은 유용한 기능들이 추가되어 원하는 분석을 실행하고 검색하는데 필요한 정보를 보다 용이하게 찾을 수 있게 되었습니다.
The features include :
• 'Click here for more search options' link를 통해 이동이 가능한 gene과 proteins, miRNA, diseases, drugs, pathway and
transcription factors 'Name' search에 대한 자동완성 suggestions
• Match profile generation tool에서의 향상된 filtering capacity (TRANSFAC만 가능)
View the complete PROTEOME statistics
View thd complete TRANSFAC statistics
HGMD
이번 release는 2,900개 이상의 mutations가 추가되었을 뿐 아니라 online interface에 대한 새롭게 업데이트된 화면을 제공합니다.
View the complete HGMD statistics
Genome Trax
ClinVar
BIOBASE사는 NCBI의 CliVar resource에서 임상적으로 중요한 variants를 new track으로 통합하였습니다. 이러한 phenotype-variant maps는 다양한 연구를 통해 만들어 졌으며 전문가들에 의해 검토되었습니다.
Asynchronous exports
사용자가 genomic region과 같은 low-level annotation으로 이미 알려져서 문헌에 나와 있는 것이 아니라 결과 값을 통한 예상으로 variants에 annotate를 입힐 때, 수많은 variants annotation이 나타나게 됩니다. 따라서 이러한 결과를 Excel 또는 다른 download files로 exporting 하는데 시간이 오래 오래 걸리기 때문에 export가 준비되는 동안 tool을 사용하여 업무를 수행하는 것을 가능하도록 하기 위해 이제 비동기적으로 진행되도록 변경되었습니다.
Aggregated results for gene-based variants
BIOBASE사는 이제 특히 coding sequence의 exonic variants(known disease annotations for the gene)에 대한 gene-based matches annotation만을 제공합니다. 그리고 모든 카테고리(pathway, gene, disease)에 대한 annotation을 하나의 single result로 합쳐서 제공하며 variants에 matching되는 결과 값을 report합니다. 이는 관찰된 첫 번째 variant에 대한 annotations가 보고되는 것과 같은 오류를 수정할 수 있습니다.
Data update
이번 release는 major tracks에 대한 새로운 콘텐츠를 포함 합니다.
View the complete Genome Trax statistics
ANNOVAR
ANNOVAR는 human을 포함하여 다양한 종의 genomic variants annotation이 가능합니다. Genome-wide level에서 next-generation sequencing 결과 값에서 관찰되는 genetic variants를 annotation하고 빠르게 screening하는 효율적인 tool입니다.