GeneCodes사에서는 아래와 같은 내용으로 Sequencher 5.3 버전을 출시하였습니다.

Sequencher 5.3은 RNA-seq을 포함한 Sanger 데이터나 NGS 데이터의 DNA 분석을 위한 다양한 기능을 가지고 있습니다.

Cufflinks의 차등발현 파이프라인을 Sequencher의 GUI 방식과 통합했습니다.

표와 그래픽으로 연결된 중요한 발현 변이를 빠르게 찾기 위하여 Cufflinks와 Cuffmerge 그리고 Cuffdiff를 사용합니다.

> Sequencher의 RNA-Seq 도구에 대해서 자세히 보기

Cufflinks뿐 아니라 Sequencher에서 많은 NGS 도구들은 커맨드라인 없이 사용할 수 있습니다. BWA-MEM 혹은 GSNAP의 raw NGS데이터의 reference alignment를 수행합니다.

Velvet 알고리즘을 사용하여 De novo 어셈블리도 가능합니다.

Alignment결과를 시각화하여 SNP나 돌연변이를 찾을 수 있습니다.

Sequencher 5.3은 Sanger 데이터로 임상품질결과를 위한 SNP나 돌연변이를 확인하기 위한 trace chromatogram 데이터를 쉽게 볼 수 있습니다.

Fragment나 contig의 그룹을 reference 시퀀스와 비교하기 위해서 Variation Reports를 생성합니다.

클릭만으로 heterozygote를 불러올 수 있는 등 다양한 일을 할 수 있습니다.

다음 단계의 분석을 위해서는 Sequencher connection 을 사용합니다.

공용서버에서 네트워크 부하량 제한에 관대한 다중의 BLAST나 Primer Blast 검색을 예약할 수 있으며, MUSCLE 의 다중 시퀀스 alignment로부터 Phylogenetic tree를 보여줄 수도 있습니다.