GeneCodes Corp. Sequencher March 2015 Newsletter
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Sequencher의 강력한 새로운 기능 중 하나는 Sequencher Connections내에서의 multi-channel BLAST검색기능입니다. (Channel이라는 것은 각각의 분석을 의미하는 용어) 이 기능을 사용한다면, 여러분은 병렬로 다중 Blast나 Primer-BLAST 검색을 수행할 수 있습니다. 이러한 검색은 다른 시퀀스를 같은 데이터베이스에서 검색이 가능하도록 해줍니다. 또한 같은 시퀀스로 다른 데이터베이스나 다른 검색 파라미터로도 검색이 가능합니다. 심지어 다중 데이터베이스에서 동시에 다중 시퀀스 검색도 가능합니다. 한 번에 많은 검색을 설정할 수 있도록 하여 Sequencher Connections은 여러분의 워크플로우를 키울 수 있도록 도와줍니다. GeneCodes사는 이러한 것들을 어떻게 수행할지 모색할 것입니다.
Getting Started
Sequencher Connections을 통한 BLAST검색 수행의 첫 번째 단계는 Connection에 시퀀스를 추가하는 것입니다. Sequencher Connections에 시퀀스를 추가하는 주된 방법은 Sequencher 프로젝트 창에서 import하는 방법입니다. 간단히 프로젝트 창에 있는 시퀀스를 선택한 다음 Window에서 Add to Connection Session...을 선택합니다. 새로운 Connection Session을 만들거나 존재하고 있는 Connection Session에 시퀀스를 추가하거나 선택하실 수 있습니다. 여러분은 프로젝트 창에서 각각의 시퀀스를 가져오거나 Sequencher Connections에서 consensus 시퀀스를 가져올 수 있습니다. 간단하게 GenBank Accession만 입력해서 버튼하나만 클릭하면 Connections에 시퀀스를 추가할 수 있습니다.
What are "Channels"? a.k.a. How to set up your BLAST searches in Sequencher Connections.
Sequencher Connections을 통해 BLAST 검색을 위한 두 번째 단계는 여러분의 Channel 옵션을 설정하는 것입니다. Channel은 Connections창에서 각 열을 일컫는 용어입니다. NCBI 데이터베이스와 local BLAST를 통한 local 데이터베이스 중 어떤 것으로 검색할지 선택할 수 있습니다. 다음 검색하고자 하는 데이터베이스를 선택하고 검색을 위한 파라미터 설정을 해줍니다. 이러한 다양한 채널들을 설정함으로써 다양한 비교가 가능합니다. Expressed Sequence Tags(EST)과 Genomic Survey Sequences(GSS) 데이터베이스 같이 서로 다른 두 데이터베이스의 검색 결과를 비교할 수 있습니다. 또한 같은 데이터베이스에서 다른 파라미터들로 검색을 할 수도 있습니다. 예를 들어, 마스킹을 사용한 경우와 안한 경우를 비교 검색하거나 blastn과 megablast를 사용하였을 때의 차이점을 알 수 있습니다. Sequencher는 BLAST검색 결과를 저장하기 때문에 두 다른 시기에 같은 파라미터와 같은 데이터베이스로 검색을 할 수 있습니다. 물론 여러분이 원하는 것이 하나의 데이터베이스에서 많은 시퀀스를 검색하는 것 이라면 Sequencher 역시 가능합니다. Sequencher는 여러분의 검색을 NCBI의 공개 서버에서 네트워크 로드 제한에 관대하기에 한 번에 모든 시퀀스를 보내고 나면 Sequencher가 각 시퀀스 전송을 관리하게 됩니다.
Viewing the results
Sequencher Connections에서 여러분의 결과를 보는데 몇 가지 옵션이 있습니다. 이 옵션들은 NCBI 웹사이트와 비슷한 결과 페이지를 보여줍니다. 검색이 완료되었을 때 여러분은 “Web View”라는 탭을 클릭해서 NCBI 웹사이트에서의 당신의 결과를 볼 수 있습니다. 여기서 Graphic Summary, Descriptions, 그리고 Alignment까지 볼 수 있습니다. NCBI 검색 결과는 검색 이후 36시간 내에 다시 불러올 수 있습니다. 그 이후로는 접근이 불가능합니다. 다음 옵션으로 “Text” 보기입니다. NCBI 결과 페이지의 텍스트버전에 보면 “Text”라는 탭이 있습니다. Connections의 Text보기는 여러분의 프로젝트 파일 안에 한 파트로 저장이 되며 NCBI 웹페이지가 만료된 후에도 오랫동안 BLAST 결과를 검색할 수 있습니다. 다른 특징으로는 Sequencher Schematic이 있습니다. NCBI의 그래픽보기와는 다르게 Schematic은 하나의 통합 디스플레이에서 각 채널의 시퀀스의 검색결과를 보여줍니다. 하나의 창에서 하나의 시퀀스에 대한 모든 분석의 결과를 보고 비교할 수 있습니다. Channel 요악테이블에 링크를 클릭하면 새로운 브라우저 창에서 시퀀스를 보기위한 페이지를 열거나 Connections에 시퀀스를 추가할 수 있습니다. Text보기처럼 schematic도 NCBI 웹사이트 만료 후에도 결과를 볼 수 있습니다. Connections은 여러분의 데이터에 관한 지식을 개선하여 검색을 비교하고 추적할 수 있도록 해줍니다.