CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 7월 월간뉴스를 발표하였습니다.
더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.
News
Real-time alignment of NGS data
CLC bio사와 SciEngines사가 함께 Sequence Alignment Solution을 향상시켜 NGS데이터를 가지고 real-time exact alignment가 가능하도록 만들었습니다.
연구를 진행함에 있어 많은 과학자들이 높은 분석 퀄리티를 원했지만 대부분의 컴퓨터가 단순하고 느려서 어려움이 있었습니다. CLC bio사는 RIVYERA 아키텍쳐를 통해 새로운 가능성을 열었습니다. CLC bio사의 Smith-Waterman의 새로운 기능과 RIVYERA S6-LX150의 속도 그리고 CLC bio사의 편리한 가용성과 함께 정확한 Sequence Alignment를 실시간으로 실행할 수 있도록 만들었습니다.
이제, sequences 간의 exact matches를 찾는 것이 가능해졌으며 3.0 GHz CPU thread 보다 약 3000배가 빨라졌습니다.
Beta release of CLC Genomics Workbench 6.5
새로운 버전의 CLC Genomics Workbench의 설치파일이 다운로드가 가능합니다.
이 버전에는 variant calling과 structural variation detection과 같은 새로운 기능과 여러 보완점을 포함하고 있습니다.
CLC Genomics Workbench 6.5의 최종 릴리즈 날짜는 2013년 08월로 예상하고 있습니다.
주요 업데이트 내용 요약
• Local alignment for better variant calling
• InDel and structural variation detection
• Cool track visualization
• Workflow easier to use
• New 3D protein structure view
• Export can now be batched, part of workflows and run on CLC Genomics Server
> Download thd Beta version of CLC Genomics Workbench
> See a full list of improvements
Science
Interpretation, Stratification and Evidence for Sequence Variants Affecting mRNA Splicing in Complete Human Genome Sequences
Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Volume 11, Issue 2, April 2013
B.C. Shirley, E.J. Mucaki, T. Whitehead, P.I. Costea, P. Akan, P.K. Rogan
Shannon pipeline 소프트웨어는 genome-scale mutation analysis와 mRNA splicing에 영향을 끼치는 variants의 예측을 위한 소프트웨어입니다.
이 소프트웨어는 Information analysis를 이용하여 sequence의 변화를 평가하는 전략을 가지고 있습니다. 소프트웨어는 충분히 빠른 속도로 single nucleotide variants(SNVs)를 확인하고 putative splicing mutations에 대한 annotation을 진행합니다.
Tutorial
Beta release of CLC Genomics Workbench
Product Development의 director인 Søren Mønsted가 CLC Genomics Workbench 6.5 버전에서의 새로운 특징들을 설명하였습니다.
Did you know?
CLC bio사에서는 새로운 Phylogeny plugin(베타버전)을 릴리즈 하였습니다. Phylogeny plugin은 CLC Workbench에서 무료로 사용해보실 수 있습니다.
Phylogeny module은 phylogenetic trees에 대하여 visualizing 부분을 강화하였습니다. Viewer는 사용자가 보다 빠르게 고 퀄리티의 trees figures를 생성해 내어 논문에 사용할 수 있도록 지원해드립니다.
Last Improvements
New releases
New beta releases
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