CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 8월 월간뉴스를 발표하였습니다.
더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.
News
Discover the new features in Genomics Workbench 6.5
8월 21일, CLC Genomics Workbench 6.5 버전이 새로 release 되었으며 웹세미나를 통해 새로운 특징들을 소개할 예정입니다.
Introduction to CLC Phylogeny Module
CLC Phylogeny Module이 현재의 phylogeny tools으로 업그레이드 되었습니다.
이 플러그인은 Phylogenetic trees와 associated metadata의 visualization과 creation을 위한 viewer 부분이 더욱더 강화되었습니다.
또한, 새로운 2개의 tools가 추가 되었습니다
• The k-mer based whole genome phylogenetic reconstruction
• Model testing tool for statistics evaluation
> Watch the introductory video
Science
Somatic Mutation, Allele Loss, and DNA Methylation of the Cub and Sushi Multiple Domains 1 (CSMD1) Gene Reveals Association with Early Age of Diagnosis in Colorectal Cancer Patients
PLoS ONE8(3): e58731 (2013)
Shull AY, Clendenning ML, Ghoshal-Gupta S, Farrell CL, Vangapandu HV, et al.
54 colorectal tumors 안의 454FLX CSMD1 coding regions의 pyrosequencing은 colorectal cancer 환자에서 CSMD1 somatic mutations, allele imbalance, DNA methylation, clinical characteristics의 상호관계의 특징을 찾아내기 위하여 사용되었습니다.
CLC Genomics Workbench를 이용하여 human reference genome에 sequencing reads를 mapping 하였습니다. 더 나아가, colorectal tumors와 normal samples에서의 calling variants를 위해 Probalilistic Variant Detection tool을 사용하였습니다.
Tutorial
New features in Molegro Data Modeller
이번 튜토리얼에서는 Molegro Data Modeller에서 Dataset dimensionality을 줄이고 descriptors를 축소하는 방법을 확인할 수 있습니다.