Sequencher 5.4.1은 간편함과 함께 강력합니다. 

 RNA-Seq 기술의 발전은 더 디테일한 전사 발현 분석 결과를 생산할 수 있습니다.

 작은 RNA도 유전자 발현과 조절에 큰 영향을 끼칠 수 있기 때문에 새로운 준비과정은 기존의 방법과 세포에서 총 RNA가 차지하고 있는 비율이 적도록 RNA에 Pol(A) tail이 있다면 고려하지 않습니다.

전사체 데이터 양의 증가가 다량의 전사체들을 통계 분석을 통해 정확한 RNA-seq 분석을 제공할 수 있는 소프트웨어의 필요성을 증가시키고 있습니다.

  Cufflink는 광범위하고 다양한 통계 및 분석방법을 가지고 있어 가장 명성있는 RNA-Seq분석 프로그램 중 하나입니다. Broad Institute에서는 Plasmodium falciparum 말라리아 기생충의 생활사에서 조절인자와 연결되는 몇몇의 긴 non-coding RNA를 확인하는데 Cufflinks를 사용하였습니다. 연구자들은 cufflinks의 옵션들을 활용하여 52시간 성장주기를 통해서 조절되는 인자의 흔적들을 찾아 분석할 수 있도록 하였습니다.

  모든 강력한 기능들은 Cufflinks가 Gene Codes사의 Sequencher DNA 분석 소프트웨어에 통합되면서 만들어졌습니다. Sequencher의 가장 큰 강점으로 Command line의 툴들을 사용자가 쉽게 사용할 수 있도록 GUI Interface를 제공하여 연구자들이 직접 몇번의 클릭만으로 좋은 퀄리티의 결과를 빠르게 얻을 수 있습니다.

   적절한 예는 Cuffdiff 메뉴에 있는 ‘Conditions’와 ‘Replicates editor’입니다. 이 편집기는 Cufflinks workflow에 있어 하나의 가장 도전적인 점입니다. 이것은 쉽게 메뉴바를 하나의 단락의 명령어들 대신의 가치를 대신하여 사용할 수 있습니다. 사용자는 이러한 간단한 오류로 분석을 망치는 것에 대한 걱정을 하지 않고 replicates와 conditions을 조정할 수 있습니다.

  Sequencher은 거기서 멈추지 않습니다. Workflow의 끝으로 데이터 테이블을 보여주고 사용자에게 분류 및 필터링 할수 있게 원하는 결과만 선택한 후 이들을 출판물로 사용할 수 있는 퀄리티의 그래픽을 몇분만에 제공합니다. 보통은 이러한 결과를 얻기 위해서는 R 프로그래밍언어에 대한 정확한 이해와 시간이 필요합니다. 그러나 Sequencher는 간단하게 고객의 요구에 맞춘 bar chart, Volcano plot, scatter plot들을 만들 수 있습니다. 이러한 시각적인 데이터는 관심있는 유전자에 대한 데이터의 표에 접근이 빨라지고 쉬워집니다.