geneXplain사에서 2017년 1월 뉴스레터를 발행하였습니다.

TRANSFAC 릴리즈 2017.1

- 242개의 ENCODE ChIP-Seq experiments, 196개의 다른 transcription factors에 대한 4,532,674개의 bindong fragments가 포함되어 있으며, 이 factors 중 139개는 이전에  ChIP-Seq 데이터로는 다루지 않음
- SMiLI-Seq(Selective Microfluidics-based Ligand Enrichment followsed by sequencing)을 기반으로 한 105개의 positional weight matrices가 포함
- Human, mouse, rat, macaque, Arabidopsis의 gene, promoter, ChIP fragment의 genomics 정보는 Ensembl release 86 정보를 기반으로 함

HumanPSD+TRANSPATH(PROTEOME) 릴리즈 2017.1

- 109,738 (human) gene-disease assignments
- 2,551 human disease
- 1,308 disease models in mice
- 14,237 drug-protein 상호작용
- 146,605 clinical trials

이 데이터는 Locus, Disease and Drug Reports로 구성되어 있으며 Ontology Search 툴을 사용하여 복잡한 생물학적 질문에 응답 가능

geneXplain 플랫폼 릴리즈 4.4

- Search for self-regulating transcription factors : 
   * 전사인자에 포커싱을 맞춘 upstream 분석 워크플로우
   * 차등발현된  전사인자 리스트는 상이하게 발현되는 유전자의 프로모터에 과발현되는 사이트 확인
- Upstream analysis with feedback loop
   * Upstream 분석 워크플로우의 차등발현된 master regulator 분석을 위한 추가 옵션
- Identify enriched motifs in tissue specific promoters
   * 세포 특이적인 또는 조직 특이적인 유전자 프로모터 내에 과발현 전사조절인자 바인딩 사이트 검색 설계

New integrated databases :

 - HMR2 : 8,000가지 이상의 reaction과 3,000가지 이상의 독특한 대사 산물과 관련된 3,765개의 유전자를 포함함
 - Fantom5 : 조직 특이적인, 세포 특이적인 전사 시작 사이트들은 Functional annotation mammalian genome 5 (FANTOM5) 프로젝트를 기반으로 수집되고 있음. 171 가지 세포 유형과 121 가지 조직 유형이 포함

BRENDA 출시 2017.1

Data addition & update
 - 108 개의 새로운 효소 종류가 통합되어 현재 BRENDA는 7095 개의 EC 번호를 다루고 있음

Update of the organism-specific pathways
 - Pathway 카테고리가 아래와 리스트와 같이 7개로 개정됨
  * Central and energy metabolism
  * Lipid metabolism
  * Amino acid metabolism
  * Nucleotide and cofactor metabolism
  * Carbohydrate metabolism
  * Fermentation and other cataabolism
  * Xenobiotics and secondary metabolism

Update of Ligand Summary Pages
 - 리간드 요약 페이지는 경로에 직접 연결되는 아이콘을 제공

New search option
 - PDB 구조 정보는 구조 기반 쿼리 영역을 통해 검색 가능
 - 결과는 DoGSiteScorer 링크를 함께 제공