CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 1월 월간뉴스를 발표하였습니다.
더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.
News
KLAST plugins accelerates sequence similarity search
KLAST 플러그인은 서열 유사성 검색을 BLAST search 보다 25배 더 빠른 속도로 진행합니다.
2014년 1월에 CLC Genomics Workbench를 구매하시면 4코어 환경에서 사용하실 수 있는 KLAST 플러그인의 1년 라이선스를 제공해드립니다.
The annual 2013 NGS survey results are in...
NGS 시장에 관한 2013년도 설문조사를 진행한 결과, 231명의 응답자가 있었습니다.
설문조사는 NGS 시장의 주요 연구분야, application, open source 등에 관한 항목으로 진행을 하였습니다.
결과는 블로그 및 아래 링크 주소를 통해 확인하실 수 있습니다.
Beta release of significantly improved read mapper
CLC read mapper의 새로운 버전이 릴리즈 되어, 베타버전을 이용하실 수 있습니다. 새로운 버전으로 업데이트 되면서, 메모리 소비량이 줄어들어 4GB의 적은 메모리를 이용하여 human genome 대상으로 reads를 맵핑하는 것이 가능해졌습니다.
또한, read mapper의 속도가 향상되었습니다.
현재, CLC Genomics Workbench 프로그램의 7.0 베타버전을 통해 플러그인을 다운 받아 사용하실 수 있습니다.
Science
Identification of genetic markers linked to anthracnose resistance in sorghum using associated analysis
Hari D. Upadhyaya et al., Theoretical and Applied Genetics, Volume 126, Issue 6, pp 1649-1657.
탄저병 저항성과 관련 있는 마커를 확인하기 위해 242 accessions의 수수 mini-core collection을 가지고 association mapping을 수행하였습니다. CLC Genomics Workbench를 사용하여 raw sequences를 수수 지놈에 대하여 align하고 SNPs 분석을 수행하였습니다.
확인된 유전자와 마커는 수수의 탄저병 저항성을 향상시키기 위해 사용될 수 있을 것으로 예상됩니다.
Tutorial
Beta release of Genomics Workbench 7.0
새롭게 릴리즈 된 CLC Genomics Workbench 7.0 베타버전의 기능들을 소개한 동영상입니다.