CLC bio사에서는 아래 솔루션들의 업그레이드를 발표하였습니다.
• CLC Genomics Workbench 6.0
• CLC Genomics Server 5.0
• CLC Main Workbench 6.8
주요 업그레이드된 내용은 아래와 같습니다.
CLC Genomics Workbench 6.0 & CLC Genomics Server 5.0
• Workflow: there are several important new features for workflows
· Parameter 설정 시 lock, unlock 할 수 있는 기능
· Workflow editor의 기능 개선
· Workflow로 이용 가능한 생물정보 분석 툴 추가
- De novo assembly
- RNA-Seq
- Find Open Reading Frames
- Translate to Protein
- Convert to RNA
- Convert to DNA
• Variant detection and resequencing
· 하나의 allele당 하나의 entry와 함께 variants가 report - heterozygous variants는 reference allele에 대한 하나의 line이 추가되어 두 개의 line으로 나타남
· 새로운 data format으로 인한 Filter against Variant Database tool이 업데이트 되고 Filter against Known Variants로 이름 변경
· filtering에는 3개의 mode로 구성(더 자세한 내용을 확인하시려면 여기를 클릭하세요)
• De novo assembly
· 자동적으로 paired insert 사이즈를 측정하는 기능 포함 : Automatic paired distance estimation
Guidance only option은 paired reads 뿐 아니라 single reads도 사용 가능
· Mapping을 기반으로 하여 contig sequences를 업데이트 할 때, scaffold annotation이 제거되는 문제점 개선
· Overlapping contigs에 대한 scaffolding accuracy가 향상
• Mapping reads to circular chromosomes is now fully supported
· Sequence의 starting point를 가로질러 reads를 mapping하는 것에 대한 visualization이 다른 한쪽의 끝에서 alignment가 계속되는 것을 나타내는 표시(>>)와 함께 reference sequence의 처음과 끝에서 모두 보여줌
· 모든 알고리즘과 exporters는 circular mapping을 지원함
· Download Genome tool을 이용하여 genome 서열들을 다운 받을 때, circular chromosomes는 circular로 표시
• New tool for extracting consensus sequence from a read mapping or BLAST result
· 서열에 자체적으로 N을 넣거나 consensus sequence를 나누는 것을 포함하여 low-coverage regions를 다루는 수많은 옵션들이 추가됨
· Conflicts를 다룰 때, ambiguity 여부를 결정하는 능력 또는 quality scores를 계산하는 스키마와 ambiguity option에 noise threshold를 추가 가능
· Consensus 서열에 중요한 정보를 annotation 가능
• Tracks
· Scroll wheel 또는 track pad로 scrolling을 할 때, Alt버튼을 누르면 mapping tracks 안에서 scrolling이 가능
· Wheel 또는 track pad로 scrolling을 할 때, Graph tracks안에서 Alt버튼을 누르면 vertical zooming이 가능
· Pan tool을 사용할 때, graph tracks안에서 Alt버튼을 누르면 vertical panning이 가능
· VCF export of variant tracks: Export를 하기 전에 variant track과 reference genome sequence track을 모두 선택 필요
• Trim
· 멀티 코어를 가진 computer에서 trimming 분석 속도 향상
· Adapter trim을 위한 adapters의 definition이 preferences 에서 Navigation Area안으로 변경
• Target region statistics
· 최소한의 coverage value는 low coverage thresholds를 결정하기 위하여 coverage report와 tracks을 통해 사용 가능
· Low coverage threshold 보다 높은 값을 가지는 region에서 얼마나 많은 target region이 특정 퍼센트를 지니고 있는지를 보여주는 additional table과 plot 제공
• Detailed mapping report includes more information
· Read alignments에서 insertions과 deletions의 길이에 대한 plot을 확인
· Reads와 reference 사이에서 하나의 서열끼리 비교를 통하여 차이를 보여주는 plot 제공
· Match와 mismatch에 대한 quality score distribution에 대한 정보
· Read position에 대한 mismatches의 distribution
• Small RNA annotation
· miRBase의 데이터 파일 import 가능(이전에는 다운로드만 가능함)
· Annotation summary report에서 ambiguities에 관한 통계를 보여줌
• RNA-Seq:
· Fusion gene table 데이터는 gene combinations에서 list broken pairs로 변경
· 추가 분석을 하기 위하여 pairs를 sequence list로 분리 가능
• Plug-in releases:
· Structural variation plug-in이 Unaligned ends 기반의 알고리즘으로 업데이트됨
(더 자세한 내용을 확인하시려면 여기를 클릭하세요)
CLC Main Workbench 6.8
• Cloning editor 제한 변경 : 4,000,000 base에서 6,000,000 base로 증가
• Translation to Protein의 단축키 변경 : Ctrl + Shift + T에서 Ctrl + Shift + P 변경
• Gateway Cloning의 __EXPRESSION__ Clone(LR)을 통한 sequence생성
이외에 더 자세한 내용은 각 솔루션 별 웹 페이지를 참고하여 주십시오.
* CLC Genomics Workbench release 자세한 내용 보기
* CLC Genomics Server release 자세한 내용 보기
* CLC Main Workbench release 자세한 내용 보기