What's new in the IPA Spring Release
QIAGEN은 아래와 같이 IPA의 새로운 기능을 릴리즈하였습니다.
데이터 업로드시 더 완성된 매핑을 얻으세요
IPA는 이제 하나 이상의 gene 또는 chemical ID 열을 평가하여 데이터셋의 identifier mapping 성공을 향상시킬 수 있습니다. 최대 5 개의 ID 열을 지정하면 IPA는 ID 열을 왼쪽에서 오른쪽으로 스캔하고, 해당 열의 ID를 성공적으로 매핑하면 멈추게 됩니다.
여러 ID 열에 매핑하는 것은 metabolite (chemical) ID의 경우 특히 유용합니다. Figure 1은 업로드 프로세스 중 4 개 컬럼의 metabolite ID를 가진 데이터셋을 보여주고, 하나의 identifier 열만 사용하는 경우보다 많은 행이 매핑됩니다.
Figure 1. 업로드하는 동안 ID의 여러 열을 지정하여 매핑 적용 범위를 늘립니다. 이 데이터셋에는 매핑에 할당된 4개의 ID 열이 있습니다. Dataset Summary 탭은 새 ID 열이 지정되고 소스가 선택될 때마다 자동으로 업데이트됩니다. 예시에서는 344개의 chemical (행)이 하나의 열(HMDB)을 사용하여 매핑되었지만, 모든 ID 열(HMDB, PubChem, CAS와 KEGG)을 함께 사용해서 IPA가 왼쪽에서 오른쪽으로 스캔하여 379개의 행에 매핑되었습니다.
Benjamini-Hochberg 통계로 통계적 엄격성이 증가합니다
IPA는 이제 Upstream Regulators 및 Causal Networks에 대한 Benjamini-Hochberg (B-H) 로 보정된 p-value를 계산하여 Core Analyses에서 결과의 통계적 엄격성을 높입니다. B-H p-value는 다중 검사를 보정합니다 -- 더 많은 통계 검사를 실시할수록 false positive 결과를 볼 가능성이 커집니다. Figure 2는 새로운 B-H 열이 있는 Core Analysis의 Upstream Regulator 탭을 보여줍니다. 새로운 p-value는 이 release 이전에 실행 한 분석에는 표시되지 않습니다. 이전 분석을 다시 실행하여 값을 계산하십시오.
Figure 2. Upstream Regulator 탭에는 이제 "B-H correct p-value column" 옵션이 있습니다. 열은 default에서 표시되지 않으며, Customize Table 버튼을 클릭하여 B-H corrected p-value 체크박스를 선택하여 열을 표시해야 합니다. 예시에서 Upstream regulator에 대한 B-H p-value는 통계적 유의성이 ~0.01이지만, standard p-value는 약 소수점 3자리 정도 더 유의성을 가집니다.
B-H p-value는 수년 동안 IPA의 Canonical Pathways와 Diseases and Functions에서 이용 가능했지만, 그 값에 대해서는 쉽게 접근할 수 없었습니다. 이제 B-H 열은 아래와 같이 Diseases & Functions 탭에서 선택적으로 이용할 수 있습니다.
Figure 3. 이제 Diseases & Functions 탭에는 table의 선택 사항으로 "B-H correct p-value column" 이 있습니다. Default일 때는 이 열이 표시되지 않으므로 Customize Table 버튼을 클릭하고 B-H p-value 체크박스를 선택하여 열을 표시해야 합니다.
Diseases & Functions TreeMap은 B-H 로 보정된 P-value를 사용하여 시각화 할 수 있습니다. 사각형은 Figure 4와 같이 B-H p-value의 -log 값을 통해 Colored by, Size by를 조정할 수 있습니다.
Figure 4. Diseases & Functions TreeMap은 B-H로 보정된 P-value를 사용하여 시각화 할 수 있습니다. Heatmap을 B-H p-value의 -log값으로 Color by/Size by를 조정하려면 (위에서 강조 표시된) 메뉴를 사용하십시오.
B-H 통계는 이 release 이후에 실행(또는 재실행)되는 분석에 대한 비교 분석에서도 사용할 수 있으며 모든 Analysis Match 분석에도 대해 계산됩니다.
비디오 튜토리얼에 쉽게 접근하세요
이제 IPA의 Help 메뉴에서 어떻게 IPA 사용을 시작하는지를 도와주는 일련의 Video Tutorials에 대한 빠른 링크를 제공합니다. 주제는 데이터 포맷을 어떻게 맞추고 업로드하는지, 분석을 어떻게 하는지, 그리고 어떻게 IPA에서 p-value가 계산되는지까지 다양합니다.
Figure 5. IPA의 Help 메뉴에 있는 새로운 Video Tutorial 링크. 이 링크는 IPA 사용에 도움이 되는 일련의 비디오가 있는 새로운 Help Portal 페이지로 연결됩니다.