최신 OmicSoft 릴리스에서 QIAGEN에서는 OncoLand 및 DiseaseLand에 수백 개의 새로운 프로젝트, GTEx_B38_GC33의 수천 개의 새로운 정상 조직 샘플 및 비소세포폐암(NSCLC)에 초점을 맞춘 새로운 Land에 추가했습니다.
이 새로운 데이터 세트를 탐색하여 정상 조직 및 질병 상태의 유전자 및 전사체 발현 패턴을 발견하세요.
관심 Land에 액세스할 수 없는 경우 QIAGEN OmicSoft 서버 관리자에게 Cloud Land Publishing 기능에서 사용 가능한 데이터를 확인하도록 요청하세요.
- GTEx_B38_GC33 : GenCode.V33의 첫 번째 Land
R2에서 정상적인 조직 발현을 프로파일링 하는 16,000개 이상의 RNA-seq 샘플을 사용하여 Human_B38/ OmicSoftGenCode.V33의 첫 번째 Land를 출시했습니다.
Figure. 1. Gene FPKM of ACE2 across 16,963 samples from GTEx_B38_GC33.
2020R2 및 R3의 DiseaseLand 업데이트
- 코로나 바이러스 관련 연구 콘텐츠 : 코로나 바이러스를 포함한 바이러스 감염 및 급성 호흡 곤란 증후군(ARDS)을 포함한 감염 반응에 대한 연구에서 얻은 수천 개의 새로운 샘플을 추가했습니다.
- 다양한 장기 및 시스템의 노화와 신경 퇴행성 질환에 대한 새로운 연구
- 비 알코올성 지방간 질환(NAFLD), 비 알코올성 지방 간염(NASH) 및 간 섬유증을 포함한 피부 질환, 면역 매개 질환 및 간 질환에 대한 새로운 연구
HumanDisease : R2에서는 118개 프로젝트의 7812개의 새 샘플을 추가했고 R3에서는 133개 프로젝트의 7021개 샘플을 추가했습니다. 특히 뇌, 눈, 면역 체계, 간, 근육, 피부 등의 노화 관련 유전자 발현 변화에 중점을 두었습니다.
MouseDisease : R2에서는 87개 프로젝트에서 1533개의 새 샘플을 추가했고 R3에서는 83개 프로젝트에서 2362개의 샘플을 추가했습니다. MouseDisease_B38은 이제 노화, 알츠하이머 및 파킨슨병 모델, 이식편대숙주질환 및 루푸스와 같은 면역 관련 질환 및 피부 질환에 대한 새로운 콘텐츠를 제공합니다.
RatDisease : RatDisease_B6에서 노화, 간경변, 알츠하이머 및 파킨슨병에 초점을 맞춘 연구를 통해 21개 프로젝트의 637개 샘플을 추가했습니다.
Figure 2. 코로나 바이러스 연구와 관련된 새로운 연구들이 HumanDisease (COVID-19, SARS, MERS, ARDS 및 기타 합병증) 뿐만 아니라 알츠하이머, 헌팅턴병, 파킨슨병, 관절염, 천식, 만성 폐쇄성 폐 질환 (COPD) 및 피부 질환에 추가되었습니다.
OncoLand updates in 2020R2 and R3
- 비소세포폐암(NSCLC)을 위한 새로운 TRACERx Land : 100명의 환자로부터 얻은 447개의 샘플을 포함하며, 체세포 돌연변이, copy number, 임상 공변량(covariate) 및 분석에 사용할 수 있는 생존 데이터가 있습니다.
- CCLE 및 Blueprint B38 Lands를 GenCode.V33으로 업데이트 : Lands는 이번 릴리스에 업데이트된 Blueprint (정상 혈액 세포 유형 발현) 및 CCLE와 함께 Human.B38 genome의 새로운 OmicsoftGenCode.V33 gene model로 계속 업데이트됩니다. CCLE_B38_GC33은 또한 DepMap CRISPR / RNAi 유전자 의존성 데이터와 함께 새로운 RNA-seq, 돌연변이, copy number 및 단백질 데이터를 포함합니다.
- OncoGEO 업데이트 : R3 릴리스에서 우리는 65개 프로젝트의 3314개 샘플을 OncoGEO에 추가했습니다. OncoGEO는 anti-PD1/PD-L1 및 CTLA4 agents를 포함하여 대장암 프로젝트 및 면역 요법에 중점을 두고 있습니다. R2 릴리스에서 우리는 전립선암, 방광암, 신장 암 및 폐암에 초점을 맞춘 112개 프로젝트의 4622개의 새로운 샘플과 832개의 비교점을 추가했습니다.
- Hematology_B37 : Hematology_B37에 109개 프로젝트의 6781개 샘플을 추가했습니다. 또한 다양한 백혈병 및 림프종에 대한 새로운 연구를 추가했습니다.
- OncoMouse_B38 : 우리는 anti-PD1 / PD-L1 및 anti-CTLA4 면역 요법, 유방암 및 난소의 여성 생식 암, 폐암, 신장 암 및 방광암과 관련된 새로운 연구와 함께 24개 프로젝트의 511개 샘플을 OncoMouse_B38에 추가했습니다.
Figure 3. Sample distribution of OncoGEO 2020R3 additions, filtering out disease control and normal control samples.
OmicSoft 서버 관리자 참고 사항
최근에 Land 서버를 다시 시작하지 않은 경우 사용량이 적은 기간에 이 작업을 수행하는 것이 좋습니다. 몇 가지 새로운 개선 사항을 출시했으며 이를 통해 최신 파일이 동기화되었습니다.
여기에서 2020R3 릴리스의 전체 세부 정보를 확인하세요.
2020R2 릴리스를 포함한 모든 이전 릴리스에 대한 릴리스 정보는 여기에서 찾을 수 있습니다.
QIAGEN IPA / OmicSoft 사용자 그룹 회의
4 월, 5 월, 9 월에 개최된 가상 QIAGEN IPA / OmicSoft 사용자 그룹 회의는 모두 큰 성공을 거두었습니다. 이 내용들을 함께 할 수 있기를 바랍니다!
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