TRANSFAC® 2021.1 릴리즈:
- New human ChIP-Seq experiments from ENCODE:
ENCODE 4단계 프로젝트에서 발표된 415개의 새로운 human transcription factor binding site ChIP-Seq 실험이 통합되었습니다. 세트 중 336개에 대해 각각의 transcription factor에 대한 existing positional weight matrix를 MATCH tool과 함께 사용하여 fragments 내부의 총 3,652,932 개의 best binding sites를 예측했습니다.
- New matrices derived from ENCODE ChIP-Seq data:
새로운 ENCODE 4단계 ChIP-Seq 데이터에서 128개의 새로운 position weight matrices가 생성되어 TRANSFAC® matrix library에 통합되었습니다.
- JASPAR 2020 matrix library integration:
JASPAR 2020 릴리즈의 새로운 position frequency matrix는matrix entries(200개)으로 추가되거나 기존 TRANSFAC® matrix library에 대응되는 곳에 하이퍼 링크됩니다.
더 자세한 사항은 TRANSFAC® 2021.1 new features 와 database statistics을 참고해주세요.
TRANSPATH® 2021.1 릴리즈:
- New pathway visualization: pathway visualization tool이 geneXplain bioinformatics platform의 새로운 PathFinder 방식으로 재개발되었습니다. SBGN 및 SBML 표준을 지원하고 크게 향상된 성능으로 주요 세포 내 구획에서 분자의 위치를 자세히 설명합니다. PathFinder introductory video를 참고해주세요.
- Increase in number of reactions:
Human proteins 사이에 3,881 개의 새로운 binding 반응이 추가되었습니다. 예로 MAP4K interactome과 Ras interactome이 있습니다.
- Update of links to pathway databases:
genes/proteins에서 pathway database인 Reactome (버전 75) 및 Wikipathways (20201110) 의 링크가 업데이트되었습니다.
자세한 사항은 TRANSPATH® 2021.1 new features를 참고해주세요.
HumanPSD™ 2021.1 릴리즈:
- New locus report structure:
특정 genomic locus와 관련된 gene protein 정보를 포함된 report의 내용은 보다 접근이 용이하고 직관적인 구조로 제공됩니다.
- More clinical trial and biomarker data:
Clinicaltrials.gov, AACT database 및 전문가의 큐레이션 작업으로 진행된 질병 바이오 마커로부터 나온 새로운 데이터는 CT-Disease-Drug 할당 수를 706,055 개로, 질병 주석 수를 348,831 개로 늘렸습니다.
자세한 사항은 HumanPSD™ 2021.1 new features 와 database statistics 참고해주세요.