QIAGEN CLC Genomics version 21의 최신 업데이트 알아보기

QIAGEN CLC Genomics 버전 21(v21)에 대한 최근 플러그인 업데이트에는 QIAGEN CLC Genomics Workbench 내의 새로운 tools 및 데이터베이스 액세스가 포함됩니다. 새 업데이트를 통해 다음을 수행할 수 있습니다. 새 업데이트를 통해 다음을 수행할 수 있습니다:

• MGI/BGI 시퀀서에 read를 import
• 예를 들어 Agilent UMI 패널을 분석할 때 유용한 "i1" 인덱스 fastq 파일을 포함하여 Illumina 시퀀서에서 read를 import
• Illumina의 SARS-CoV-2 ARTIC V3 패널에 대한 새로운 workflow에 액세스
• QCI Interpret에 variant call 업로드를 위한 tools 재설계
• 새로운 해당 tools를 사용하여 variant로부터 consensus sequence 생성
• haplotype calling 수행 및 유전자형 genotype-aware tracks 활용
• single cell 적용을 위한 TCR 레퍼토리 분석 수행
• 인간 게놈에서 바이러스 통합 사이트 식별 및 시각화
• 16S 또는 ITS 시퀀싱 데이터의 기능적 추론 또는 copy number normalization를 위한 PICRUSt2 기반 지원 활용
• 소프트웨어에서 직접 Reference Virus DataBase (RVDB) 액세스

그림1. 새로운 Identify Viral Integration Sites tool를 이용하여 host genome에 viral integration site 의 evidence를 보여준다.

 

신규 및 업데이트된 QIAGEN CLC 플러그인의 기능

Biomedical Genomics Analysis 플러그인

• 새로운 BGI/MGI Sequencing Import tool
• Agilent UMI 패널 데이터를 지원하기 위해 확장된 옵션: fastq 파일 import
  • 이제 R1 앞에 i1이 추가된 쌍 읽기로 R1, R2 및 i1이 있는 세 개의 fastq 파일 import
• 이제 VDJ tools와 함께 클론 형 import/export를 사용 가능
• Structural Variant Caller의 런타임 및 성능 개선
• Upload to QCI Interpret 및 QCI Interpret Translational 완전히 rework 되어 브라우저 로그인을 통해 쉽게 인증
  • CNV, fusions, inversions, TMB 및 MSI를 포함하여 더 넓은 범위의 variants를 업로드
  • 이 tools는 업로드를 쉽게 자동화할 수 있도록 서버 및 workflows를 지원
• Create Consensus Sequences from Variants는 variant track과 관련 reference에서 consensus sequences를 생성
  • 낮은 coverage 영역을 마스킹
• Illumina 분석 workflows에 대한 새로운 SARS CoV-2 ARTICv3 패널

New Haplotype Calling plugin

새로운 플러그인은 phasing 정보가 있는 variants의 detection, import, export, validation 옵션과 variant locus, allele variants, haplotype alleles 그리고 microhaplotypes 정보를 전달합니다.

QIAGEN CLC Single Cell Analysis Module

• T Cell repertoire analysis 은 new workflows와 tools에 완벽히 적용
• Doublet detection 및 removal은 Single Cell tool에 QC에서 사용 가능
• Create Expression Plot tool에서 violin plots 생성 가능

QIAGEN CLC Microbial Genomics Module

• Identify Viral Integration Sites tool은 hybrid capture panel database 이용해서 host genomes의 viral integration events를 감지할 수 있습니다.
  • 원형의 interactive 그리고 확대/축소 가능한 host/virus genome viewer 이용하여 integration event를 자세히 조사 가능
  • coverage, unaligned-end coverage 그리고 CDS track overlays와 함께 broken-pair coverage의 visualization 제공
  • 근접한 유전자는 synchronized table에서 확인
• Analyze Viral Hybrid Capture Panel Data workflow는 hybrid capture 기술을 사용하여 분석된 샘플에 가장 널리 퍼진 viral species 와 그 variants를 식별
• PICRUSt2는 16S 또는 ITS 시퀀싱 데이터의 기능적 추론 또는 CNV normalization의 사용 가능
• FDA(Food and Drug Administration)의 RVDB(Reference Virus Data Base) 및 새로운 QIAGEN Microbial Insights – Prokaryotic Taxonomy Database(QMI-PTDB)는 이제 Download Curated Microbial Reference Database tool을 사용하여 다운로드 가능