CLC GWB Premium V.23 Release Note

• Detect Amplicon Sequence Variants Tool은 샘플 Amplicon 데이터에 대한 Sequences Variants를 Single nucleotide resolution까지 추론합니다.
• Assign Taxonomies to Sequences in Abundance Table Tool은 Taxonomic index 수행을 통한 결과 Taxonomies를 Amplicon Sequence Variant Abundance Table과 같은 Abundance Table의 Sequence에 할당합니다.

• Detect Amplicon Sequence Variants and Assign Taxonomies - Read를 준비하고, Amplicon Sequence Data에서 Amplicon Sequence Variants를 감지하고 여기에 Taxonomies을 할당하기 위한 Workflow입니다.
• Standard import를 사용하여 Table 형식(.xls/.xlsx/.csv)의 Amplicon Sequence의 수를 포함하는 파일을 Abundance Table로 가져올 수 있습니다.
• Merge Abundance Table이 확장되어 Amplicon Sequence Variants Abundance Table을 지원합니다.


[그림 1] The Identified Pathways Table 예시 이미지

• Identified Pathways Table은 Excel 및 기타 표 형식으로 내보낼 수 있습니다.

• CLC Genomics Workbench 23 및 CLC Genomics Server 23과 호환되도록 업데이트가 되었습니다.

Immune Repertoire

• Import Immune Reference Segments - TCR 및 BCR Reference 데이터를 위한 새로운 Tool입니다. Single Cell V(D)J-Seq Analysis에 사용할 데이터를 가져오기 위한 것입니다.
• Single Cell TCR-Seq Analysis가 Single Cell V(D)J-Seq Analysis로 이름이 변경되었습니다.
• Immune Repertoire tools는 D 및 C segments 와 scBCR-Seq 데이터를 지원합니다. 이 변화는 아래의 것에 영향을 줍니다.
• Single Cell V(D)J-Seq Analysis (previously Single Cell TCR-Seq Analysis)
• Filter Cell Clonotypes
• Combine Cell Clonotypes
• Compare Cell Clonotypes
• Convert Cell Clonotypes to Cell Annotations
• Immune Repertoire workflows
• Additional improvements to Filter Cell Clonotypes
• New filters
• Clonotype을 유지하는데 필요한 Segment Types을 지정하기 위한 “Segment types to retain”.
• “CDR3 Sequence의 상태에 따라 필터링하기 위한 “Productive status to retain” : “Productive”, “Out of frame” 및/또는 “Premature stop codon”. 이들은 “Only productive” 필터를 대체합니다.
• Retained된 Cell에 필요한 Chain을 지정하기 위한 “Combined chains to retain” : 예를 들어 TCR Clonotypes의 경우 또는 TRA + TRB 또는 BCR Clonotypes 의 경우 IGH + IGH + IGK + IGL. 이는 ““Retain only paired clonotypes” 필터를 대체합니다.
• 이제 “Multiple Clonotypes”이 최종 필터링 단계입니다.
• Cell Clonotypes data elements have new and updated views
• Assembley된 Contig 와 Reference V, D, J 및 C segment 간의 Alignment를 포함하는 새로운 Alignment View
• Clonotypes의 구성과 빈도를 요약한 Sankey plot view
• Tables view 에 “Cell-level clonotype #” 열이 포함됩니다.
• Single Cell hg38 (Ensembl) and Single Cell Mouse (Ensembl) reference 데이터 세트에는 이제 D 및 C 참조 segment가 포함됩니다. 더 이상 C segments Trimming을 위한 Trim adapter list 을 포함하지 않습니다.

• QC for Single Cell, Predict Cell Types and Cluster Single Cell Data Tool의 분석 속도 향상
• Combine Cell Annotations 수행 시 사용되는 메모리 감소
• UMI로 Annotation read 가 Single Cell RNA-Seq Analysis에 대한 Input으로 제공
• Differential Expression for Single Cell, Single Cell에 대한 Differential Velocity 및 Single Cell에 대한 Differential Accessibility에 의해 생성된 통계 비교 Table 의 하위 집합은 다음과 같이 만들 수 있습니다.
• Filter on Custom Criteria를 사용하여 필터링합니다.
• Create Table from Selection 버튼을 사용하면 선택한 행에서 새 테이블이 생성됩니다.
• Annotate Reads with Cell 및 UMI에 의해 Demultiplexed Sequence 목록의 Table View에는 각 Sequence의 Cell barcode 및 UMI가 포함됩니다.
• QIAGEN Cell Ontology가 새로운 Cell 유형으로 업데이트되었으며 Ontology구조가 개선되었습니다.
• Single Cell Mouse (Ensembl) Reference 데이터 세트에는 234개의 Cell Type을 포함하는 새로운 Cell Type Classifier가 있습니다.
• 이외에 다양한 사소한 부분의 기능이 개선되었습니다.