OmicsBox 3.0 Release Notes

Genetic Variation: all you need to know about our new module

Genetic Variation Module은 variant calling 및 filtering을 위한 두 가지 분석 전략을 제공합니다. 예를 들어 GBS vs WGS와 같은 특정 방법론이나 ploidy level, genome coverage 및 repetitive regions의 존재 등, 다양한 목적에 맞게 분석을 수행 할 수 있는 많은 옵션이 존재합니다. 이 Module 은 또한 GWAS(Guided Genome-Wide Association Studies)를 실행하여 특정적인 특성과 관련된 genetic variation을 식별할 수 있도록 합니다.

Genetic Variation Module

• Fast Variant Calling with BCFtools and FreeBayes
• Variant Filtering
• Variant Annotation with Variant Effect Predictor (VEP)
• Guided Genome-Wide Association Study

Genome Analysis

• Genome Assemblies Comparison & Quality Assesment with QUAST

Transcriptomics

• Long Read based Isoform Definition & Correction with FLAIR

Functional Analysis

• Faster Functional Annotation with Diamond Blast
• KEGG Pathways Analysis available for commercial customers

General Tools

• Barcode Demultiplexing with Cutadapt