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Spatial transcriptomics

Spatial Transcriptomics data를 시각화하고 Spatial Transcriptomics Plots를 생성할 수 있습니다.
Import Space Ranger는 Spatial Transcriptomics Plots을 생성합니다. 10x Visium Spatial Gene Expression으로 생성되고 Space Ranger를 사용하여 Spatial transcriptomics 데이터를 지원됩니다.

‘Import Expression Matrix in Parse Bio MTX format’은 MTX 및 Parse Biosciences에서 생성된 관련 파일을 가져옵니다.
Single cell data importers는 import | Single Cell Data 하위에서 사용할 수 있습니다.

Velocity Analysis가 선택적으로 수행될 수 있도록 새로운 branching element "Enable Velocity Analysis"가 도입되었습니다.
Template Workflows들에서 Velocity Analysis를 선택적으로 수행할 수 있으며, 기본적으로는 수행되지 않습니다.
Velocity와 관련된 결과는 Velocity 폴더에 저장됩니다.
영향을 받는 Template Workflows들은 아래와 같습니다. :
"Expression Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Reads", "Immune Repertoire and Expression Analysis from Reads (10xV(D)J)", "Expression Analysis from Matrix", "Immune Repertoire and Expression Analysis from Clonotypes and Matrix"
"Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Matrix" Template Workflows 에서는 Velocity Analysis를 수행할 수 있습니다.
"Single Cell Velocity Analysis"는 spliced와 unspliced counts를 포함하지 않는 expression matrix를 사용할 때는 분석이 수행되지 않습니다.

Ensembl v106 genes와 mRNA Reference 데이터를 사용하도록 Template Workflows들이 업데이트되었으며, "Expression Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Reads", "Immune Repertoire and Expression Analysis from Reads (10xV(D)J)"에 적용 됩니다.
RNA reads가 150bp로 trimming 되지 않습니다. 대부분의 RNA reads가 이보다 짧기 때문에 결과에 영향을 미치지 않을 것으로 예상되며 "Expression Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility Analysis from Reads", "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Reads", "Immune Repertoire and Expression Analysis from Reads (10xV(D)J)" Template Workflows에 적용 됩니다.
최소 peak count를 사용하여 barcodes 필터링 옵션을 구성할 수 있도록 "Chromatin Accessibility Analysis from Reads" , "Chromatin Accessibility and Expression Analysis from Reads" Template Workflows를 실행할 때 설정할 수 있습니다.
"Chromatin Accessibility Analysis from Reads"Template Workflows에서 "Automatically select number of dimensions" 옵션이 “false”로 설정되었습니다.

Single Cell QC는 Input행렬에 여러 샘플이 포함되어있을 때 각각의 보고서를 출력합니다. 이전에는 각 샘플에 대해 한 보고서를 생성했습니다.
Single cell QC에서 생성된 보고서의 Summary Table 캡션이 업데이트되었습니다.
Single Cell QC의 "Mitochondria filter"는 이제 "Features indicative of low quality filter"로 일반화되었으며, "Mitochondria name"은 "Chromosomes"로 대체되었습니다.
Dimensionality Reduction Plots 및 Phase Portrait Plots의 Tooltip은 Side Panel에서 비활성화할 수 있습니다.
이외 여러 가지 개선 사항이 있습니다.