OmicsBox 3.2 RELEASE

OmicsBox 3.2의 새로운 기능 및 개선 사항

Single Cell Transcriptomics

  • 새로운 기능
  • SingleR을 사용한 세포 유형 식별
  • Monocle3를 통한 Autocorrelation 분석
  • 업데이트
  • Interactive Single-Cell Visualization 과 Annotation Tool
  • Seurat v.5
  • Monocle을 통한 향상된 Trajectory 분석

Long Read Transcriptomics

  • 새로운 기능
  • IsoQuant를 사용한 Isoform 정의 및 정량화
  • IsoN pipeline을 사용한 Reference-Free Long-Read 전사체
  • 업데이트
  • 정량화를 포함한 FLAIR v.2
  • SQANTI3 v.5를 사용한 Long-Read Transcriptomes

Transcriptomics

  • 업데이트
  • Busco DB 업데이트(EdgeR v.4)
  • HTseq 카운트로 향상된 유전자 수준에서의 정량화(현재는 cloud 기반)

Genetic Variation

  • 새로운 기능
  • VCF 파일 합치기 및 추출
  • ADMIXTURE를 사용한 Population Structure 분석
  • Beagle을 사용한 Imputation과 Phasing
  • dDocent pipeline을 통한 GBS data 필터링

Genome Analysis

  • 업데이트
  • Augustus를 이용한 증거 기반 진핵생물 유전자 예측

Functional Analysis

  • 새로운 기능
  • Annotation을 통해 Pathway 찾기

General

  • 향상된 Trimmomatic Wizard(현재 클라우드 기반)
  • 향상된 Application 메시지
  • 이제 macOS ARM 아키텍처에서 OmicsBox를 사용할 수 있습니다.