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[뉴스레터] CLCbio, CLC Drug Discovery Workbench 1.5 beta release 조회 1050 CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 8월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. NewsCLC Drug Discovery Workbench 1.5 beta releaseCLC Drug Discovery Workbench는 Ligand Optimizer라는 새로운 기능이 추가되어 강력해졌습니다. 여러분이 리간드 그리고 결합부위에서 단백질타겟과 리간드의 상호작용에 대해 수정하고, 최적화시키고, 분석할 수 있습니다. > For more info and download CLC Cancer Research Workbench for tumor analysis8월 26일, 종양/정상 샘플에서 희귀한 subclonal 체세포 variant를 찾고 annotation하고, 순위를 매기기 위한 자동파이프라인에 대한 웹세미나가 개최됩니다.CLC Cancer Research Workbench를 이용하여 낮은 빈도의 체세포 variant를 어떻게 규명하는지 확인하시기 바랍니다. > More info and sign up GeneRead DNAseq Targeted Panels V2GeneRead DNAseq Targeted Panels V2는 최소 10ng의 DNA를 NGS에 앞서 유전자 셋에 더욱 집중할 수 있게 해줍니다. > Read more Science Next-Generation Sequencing of RNA and DNA Isolated from Paired Fresh-Frozen and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples of Human Cancer and Normal TissuePLoS ONE 9(5): e98187. doi:10.1371/journal.pone.0098187 Hedegaard J.et al. 임상연구에 기초한 NGS에서 포르말린으로 고정시킨 파라핀 임베드 샘플의 사용 가능성을 확인해보고자 휴먼의 여섯 가지 조직의 시료를 가지고 냉동샘플과 포르말린 고정 파라핀 임베드 샘플과 혹은 둘다 이용하여 분석하였습니다. 이 분석은 CLC Assembly Cell과 Genomics Server, Command Line Tools 그리고 Genomics Workbench로 수행되었습니다. > Read the interesting paper Tutorial New features in CLC Drug Discovery Workbench 1.5CLC Drug Discovery Workbench 1.5 베타버전의 새로운 기능과 개선된 기능에 대한 튜토리얼입니다. > Watch the video
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[릴리즈] BIOBASE, the Summer 2014.2 Product Release! 조회 728 BIOBASE 사에서는 아래와 같은 내용으로 릴리즈를 하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. HGMD 2014.2에서 4500개 이상의 새로운 mutation을 제공합니다.그 외에 추가기능들은 아래와 같습니다. - 파일업로드를 통한 batch search 가능. Batch 검색은 현재 한 줄에 하나의 term이나 identifier를 검색하던 기존의 방법과 함께 파일을 업로드 할 수 있는 기능이 추가되었고, 탭으로 구분된 파일은 VCF 포맷으로 사용하여야 합니다. > View the complete HGMD® statistics Genome Trax몇 개의 주요한 트랙들을 업데이트 하고, 분석결과 알람을 이메일로 알려주는 기능이 추가될 예정입니다.브라우저에 자동적으로 분석결과가 나올 때 까지 기다리지 않고, 이메일로 알람을 받고 분석결과가 준비되었을 때, Genome Trax로 들어가 확인하실 수 있으며, 결과는 일시적으로 5일 동안 저장됩니다. > View the complete Genome Trax statistics PGMD추가적인 pharmacogenomic variant가 포함되었습니다. > View the complete PGMD™ statistics ANNOVAR다운로드용으로 CLINVAR DB의 수정판이 만들어졌습니다.수정내용은 아래와 같습니다.2014/04/30CLINVAR DB(clinvar_20140303 / clinvar_20140211 / clinvar_20131105)는 하나의 mutation이 여러 번 중요하게 annotation될 때 한 번만 표시되는 버그를 해결했습니다.따라서 DB를 재 다운로드 받으시길 바랍니다. TRANSFAC/PROTEOME데이터가 업데이트 되었습니다. > View the complete PROTEOME™ statistics> View the complete TRANSFAC® statistics BRENDA데이터가 업데이트 되었습니다.
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[릴리즈] LabCollector New addon WORKFLOW Manager 조회 679 AgileBio사에서는 아래와 같은 내용으로 LabCollector의 새로운 Addon 기능을 릴리즈 하였습니다. New addon of LabCollector · Workflow 그래픽 디자이너와 Workflow templates 작업의 다양한 형태로 생성· Workflow template logic 에 기반한 작업 시작· 사용자들에게 단계 할당· 사용자에 의해 Filter 가능· 유효성 검사를 적용 가능· gantt view를 통해서 작업일정 관리· 단계별로 데이터를 저장하기 위해 모든 단계는 프로젝트 작업 관리 시스템 모듈에 연결· 복합적인 branche가 가능 > LabCollector 홈페이지로 이동
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[뉴스레터] BIOBASE, Access HGMD® Data via Ingenuity® Variant Analysis™ 조회 816 BIOBASE 사에서는 아래와 같은 내용으로 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. HGMD® is now integrated into QIAGEN's Ingenuity® Variant Analysis™Ingenuity의 Variant Analysis 어플리케이션이 BIOBASE사의 콘텐츠로 통합되었습니다. 이는 임상연구자들에게 유전자 variant와 질병의 표현형에 관련하여 매우 포괄적이고 고품질, 최신식 기술을 제공할 것입니다. HGMD users, welcome to Variant Analysis!Ingenuity Variant Analysis는 sequencing data에 대한 이해를 가능하게 해줄 종합적인 소스를 제공합니다.HGMD 사용자는 무료 Trio activation code를 등록할 수 있습니다. > Register for your free Trio activation code For Variant Analysis usersHGMD 사용자는 다음 주 일주일 동안 Variant Analysis를 사용해 볼 수 있습니다.이는 sequencing data를 이해하기 위한 통합적인 리소스를 제공합니다. > Preview Variant Analysis with HGMDHGMD users, welcome to Variant Analysis!
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[뉴스레터] Biomax Informatics AG 조회 765 Biomax 사에서는 아래와 같은 내용으로 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요. Applications Using KNIME to organize the next-generation sequencing data pipelineKNIME와 같은 워크플로우 관리시스템으로 NGS 데이터를 이용한 생물정보학 워크플로우가 가능해졌습니다. > Read more Biomax provides genome-wide sequence analysis of microbes with easy-access toolPedant™ Genome Analysis online service를 이용하여 몇 시간안에 새로운 분류, 분류학적 그룹을 식별하고 포괄적인 genome sequence 분석이 가능합니다. > Read more NewsSecond biannual Biomax symposium : Translating systems medicine into practiceCASyM과 함께 개최한 Biomax symposium의 도전과제는 'systems medicine'을 이해하고 실천하는 것입니다.2014년 9월 5일 개최되는 이 symposium에 참여하세요. > Learn more Customer KWS Saat extends software license agreement and explains whyKWS는 70개국에서 4400명 이상의 직원이 근무를 하고 있는 세계적으로 선두에 선 식물 재배 회사입니다.이들은 Pedant-Pro 소프트웨어를 사용하고 있으며, 이 소프트웨어는 cDNA sequence와 균류의 유전자, 식물의 structural annotation을 위한 생물정보 플랫폼의 중요한 요소 중 하나라고 언급했습니다. > Read the press release
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