제품 특징

미생물 16s rRNA 시퀀싱 데이터를 이용하여 metagenome 분석이 가능하며, shot gun데이터를 이용하여 whole metagenome과 functional profiling이 가능합니다. 또한, NGS 데이터를 이용한 MLST 분석까지 하나의 플러그인에서 해결하실 수 있습니다. 
※ 본 플러그인은 CLC Genomics Workbench를 모체로 이용하기 때문에 반드시 CLC Genomics Workbench의 라이선스를 보유하셔야 합니다.

주요 기능

Whole metagenome

• Metagenome에 최적화된 de-novo assembly 가능
• Gene ontology 및 Pfam DB를 활용하여 샘플의 프로파일링 가능
• 다수의 결과를 통합하는 기능이 있어 데이터 활용 용이

16s rRNA analysis

• SILVA, Greenegenes, UNITE DB를 제공하여 16s rRNA 분석 가능
• Alpha/beta diversity 분석 제공
• 설정 조건에 바로 반응하는 sunburst 차트 제공
• Metadata를 활용하여 샘플을 다양한 그룹으로 나누어 비교 가능 
• PERMANOVA 통계분석 제공

MLST

• Resistance gene, bacteria genome DB 다운로드 가능
• Pathogen reference, 다양한 MLST scheme 제공
• SNP와 K-mer tree를 그리기
• Metadata를 추가하여 다양한 정보 제공

연구대상

Microbe

연구분야

Genome 분석

• 전자유전체 어셈블리
• Metagenome

특이사항

Plugin으로 모프로그램인 CLC Genomics Workbench/Biomedical Genomics Workbench가 있어야 함

시스템 요구사항

• Windows Vista, Windows 7, Windows 8, Windows 10, Windows Server 2008, or Windows Server 2012
• Mac OS X 10.7 or later
• Linux: RHEL 6 or later. SUSE 12.2 or later. Fedora 16 or later
• 2 GB RAM required
• 4 GB RAM recommended
• 1024 x 768 display required
• 1600 x 1200 display recommended
• Intel or AMD CPU required

PCoA 3D viewer 를 보기위한 시스템 요구사항

최소사양

• A graphics card capable of supporting OpenGL 2.0.
• Updated graphics drivers. Please make sure the latest driver for the graphics card is installed.
• Indirect rendering (such as x11 forwarding through ssh), remote desktop connection/VNC, and running in virtual machines are not supported.

추천사양

• A discrete graphics card from either Nvidia or AMD/ATI. Modern integrated graphics cards (such as the Intel HD Graphics series) may also be used, but these are usually slower than the discrete cards.
• A 64-bit workbench version.

라이선스 정책 및 설명