제품 특징

Sequencher는 DNA 서열 분석을 위한 소프트웨어입니다. 심플한 인터페이스로 Sanger sequencing 데이터 뿐만 아니라 NGS, RNA-Seq 데이터들까지 쉽고 빠르게 분석이 가능합니다. Sanger sequencing 데이터는 기존의 Sequencher 안에서 분석이 가능하며, NGS 데이터들은 커맨드라인으로 이용하던 툴들을 생물학자들이 쉽게 분석할 수 있도록 GUI로 개발하여 분석할 수 있도록 하였습니다. Sequencher는 강력하면서도 간단하게 분석을 진행하며, 그래픽적이고 연구자가 논문에 정보를 실을 수 있도록 니즈에 맞는 visualization된 표와 그래프, 리포트 등을 제공합니다.

주요 기능

NGS data Analysis

• NGS data의 assembly를 우한 알고리즘을 플러그인으로 탑재하여 assembly 뷰어 제공
• Maq이나 GSNAP, BWA alignemnt 알고리즘으로 분석하여 Maqview 또는 Tablet을 통해 결과 뷰어
• Variant Calling : BWA-MEM 또는 GSNAP alignment의 결과를 SAMtools을 통해 변이를 찾아내고 VCF로 결과를 저장하거나 Tablet으로 확인 가능

RNA-Seq

• Cufflinks와 Cuffdiff를 통해 발현 분석 가능
• scatter plot, volcano plot, bar chart 결과 뷰어

Sequencher Connections Tool

• 다양한 분석 진행이 가능하며, 동일 데이터에 대한 다양한 옵션값의 분석을 한번에 진행 가능
• BLAST search
• Primer design
• MUSCLE alignment
• Phylogenetic trees

Sequencher Assembly

• Reference sequence와 gene variants 비교
• cDNA libraries로부터 수천개의 서열들을 cluster
• Genome 서열과 cDNA 서열의 assembly
• 다양한 assembly 알고리즘 제공 : Dirty Data, Clean Data, Large Gap Algorithm

Variance Table & Translated Variance Table

• Reference sequence와 contig를 비교하여 서로 다른 염기를 찾아내어 하나의 테이블로 결과 제공
• 같은 reference sequence로 만들어진 여러 개의 contig를 비교하여 테이블로 제공
• 하나의 contig를 만든 여러 개의 서열들을 각각 reference sequence와 비교한 테이블 제공
• Translated Variance Table은 reference sequence와 contig 사이에 서로 다른 아미노산 서열을 테이블 제공

Reports

• Population report : Variance table에서 보여지는 데이터를 요약하여 보여주는 report
• Variance Detain report : Variance table에서 보여지는 데이터의 모든 내용을 제공하는 report

연구대상

Human, Animal, Plant, Fungi, Algae, Bacteria

연구분야

Genome 분석

• 전장유전체 어셈블리

Transcriptome 분석

• RNA-seq 기반 발현 분석

Variation 분석

• SNPs 분석

Epigenome 분석

• 일반 분자생물학 분석(Primer design, Blast 등)

특이사항

라이선스 옵션 구분

• Machine Locked : 라이선스 넘버로 1대의 PC에 적용하여 사용 -
• Hardware Key : 동글키 형태로 hardware key를 꽂아 여러대의 PC에서 사용 가능 (Hardware key가 꽂혀야만 프로그램 실행 가능)

시스템 요구사항

Macintosh

• 10.7 and higher
• 3 GB RAM
  • For BWA, Cufflinks suite, Velvet : 14 GB RAM 이상
  • For GSNAP : 16 GB RAM 이상
  • Large dataset : 16 GB 이상
• 355 MB 하드디스크 공간
  • DNA-Seq & RNA-Seq : 320 MB 하드디스크 공간 필요
• RNA-Seq Tools & GSNAP : 64-bit 시스템만 지원

Windows

• Windows 7 or later
• 3 GB RAM
  • For BWA, Cufflinks suite, Velvet : 8 GB RAM 이상
  • For GSNAP : 16 GB RAM 이상
  • Large dataset : 16 GB 이상
• 280 MB 하드디스크 공간
  • DNA-Seq & RNA-Seq : 580 MB 추가 하드디스크 공간 필요
• RNA-Seq Tools & GSNAP : 64-bit 시스템만 지원

라이선스 정책 및 설명