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유전자 전사조절 메커니즘 연구의 Gold standard 솔루션
TRANSFAC
Transcription factor는 특정 자극에 대한 반응, 질병에 대한 약물 반응 등과
같은 각종 세포 내 과정을 분석하고 확인하는 데 중요한 요소로 생물학 관련
연구 진행을 위한 필수적인 정보입니다.
TRANSFAC은 유전자 전사 조절에 관련된 다양한 정보를 포함하고 있는
데이터베이스로 human, mouse, rat 등 9종에 대한 정보를 제공합니다.
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- Interlinked reports
- Enhancer reports
- Site reports
- Transcription factor reports
- Transcription factor–site interactions
- TFBS ChIP-seq reports
- Positional weight matrices (PWMs)
- Promoter reports
- Transcription factor binding sites
- Pathway visualization tool
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주요 기능 소개
TRANSFAC은 유전자 전사 조절에 관련된 다양한 정보를 포함하고 있는
데이터베이스로 human, mouse, rat 등 9종에 대한 정보를 제공합니다.
알려진 진핵생물의 transcription factor, binding site 정보, 이들로 조절되는
유전자 등의 정보들과 각종 레포트, 분석을 제공하는
TRANSFAC으로 생물학 연구에 인사이트를 발견해 보세요.
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진핵생물의 전사 인자 결합 부위 예측
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진핵생물의 알려진 transcription factor, 실험적으로 증명된
binding site 정보, 이들에 의해 조절되는 유전자 등의 정보 제공
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Report
- Site report
- Promoter report
- ChIP-Seq experiment report
- Matrix report
- Factor report
- miRNA report
- MATCH Suite gene set report
- MATCH Suite single set report
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MATCH Suite
- Gene set analysis
- Single gene analysis
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식별된 TFs 및 각 matrices (binding models)의 필터링 가능한 table
제공
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Input gene의 promoters에서 식별된 site의 Genome browser 제공
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특정 찾고자 하는 transcription factor만을 대상으로 프로파일 제작
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Combines promoter & pathway analysis
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프로모터 분석 및 pathway 분석이 가능한 GeneXplain™과의 연계
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RNA-Seq 및 microarray 실험 데이터로부터의 유전자 발현 조절 TF
정의
- 동일한 발현 패턴의 유전자 그룹의 상관 관계 규명
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** RESEARCH-Ex **
적용 사례
TRANSFAC이 연구에서 어떤 역할을 하는지 확인해보세요.
[Article]
-
Wingender, E., Schoeps, T., Haubrock, M., Krull, M., & Dönitz, J.
(2018). TFClass: expanding the classification of human transcription
factors to their mammalian orthologs. Nucleic acids
research, 46(D1), D343-D347.
-
Kaplun, A., Krull, M., Lakshman, K., Matys, V., Lewicki, B., &
Hogan, J. D. (2016). Establishing and validating regulatory regions.
for variant annotation and expression analysis. BMC
genomics, 17(2), 219-227.
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찾고 있는 솔루션이 아닌가요?
다양한 서비스가 준비되어 있습니다.
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