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바이오 마커 및 타겟 발굴을 위한 고성능 ‘Omics Data Portal’

OmicSoft Lands

OmicSoft Lands는 질병 중심의 전사체 데이터 세트인 인간, 마우스, 쥐에 대한 access를 제공하는 데이터베이스입니다.

몇 분 안에 표현 정보에 대한 insight를 얻고 광범위한 omics 데이터 세트에대한 풍부한 분석을 GUI 환경에서 수행할 수 있습니다.

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  • 50개 이상의 질병 분야 및 1,900개 이상의 특정 질병 콘텐츠
  • 50명 이상의 박사 또는 M.D들이 수행한 신뢰도 높은 큐레이션
  • 30여개의 데이터베이스 소스 활용
  • 1,000여개의 메타데이터 속성 보유
  • 수십 가지의 시각화 Tool
  • 16가지 데이터 유형 분류
  • 맞춤형 데이터 처리

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** FUNCTION **

주요 기능 소개

OmicSoft Lands는 수천 건의 oncology 연구 데이터와 수백 가지의 disease 연구 데이터, single sell transcript 데이터 세트를

제공하는 DB로 인간, 마우스, 쥐 연구에 활용하여 인사이트를 얻을 수 있습니다.

맞춤형 분석 및 시각화 도구를 제공하여 public 게놈 데이터 세트를 탐색하고 omics 데이터 세트에 대한 풍부한 분석을 제공 합니다.

인실리코젠만의 교육 콘텐츠도 준비되어 있습니다.

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강의보기

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OncoLand

  • 혈액 및 고형암 등에 초점을 맞춘 수천 건의 oncology 연구 데이터
  • 맞춤형 visualization 및 analysis tool로 public 게놈 데이터 세트를 탐색
  • 맞춤형 Land를 구축하여 수천 개의 데이터 세트와 visualization
  • TCGA, BeatAML, ICGC, TARGET, CGCI 등 암 컨소시엄
  • CCLE, GSK 및 NCI와 같은 세포주 프로파일링 컬렉션·발현, 돌연변이, CNV, 임상 공변량, 생존 곡선 분석


DiseaseLand

  • 암을 제외한 수백 가지 의 disease에 대한 발현 연구
  • 맞춤형 visualization 및 analysis tool로 public 게놈 데이터 세트를 탐색
  • 맞춤형 Land를 구축하여 수천 개의 데이터 세트와 visualization
  • 질병 vs. 정상, 치료 군 vs. 대조군, 내성 vs. 민감성 및 기타 비교
  • 인간, 마우스, 쥐 모델 RNA-seq, Microarray, NIH LINCS


Single cell Land

  • 통합된 Single cell transcript 데이터 세트 탐색하여 특정 암세포 유형 또는 하위 집합에서 고유 패턴 확인
  • 맞춤형 visualization 및 analysis tool로 public 게놈 데이터 세트를 탐색
  • 맞춤형 Land를 구축하여 수천 개의 데이터 세트와 visualization
  • 개별 세포 간의 유전자 발현 차이 발견

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적용 사례

OmicSoft Lands가 연구에서 어떤 역할을 하는지 확인해보세요.

[Article]

[incoSEMINAR]

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** solution **

찾고 있는 솔루션이 아닌가요?

다양한 서비스가 준비되어 있습니다.


CLC Genomics Workbench

유전체학, 전사체학 및 후성 유전체학 분석 등 NGS 데이터 분석을 더욱 쉽게 작업해보세요.


OmicSoft Suite

OmicSoft Land를 이용하려면 Suite가 필요합니다. 표준화된 분석 파이프라인으로 서버 환경에서 데이터 분석을 수행해보세요.


IPA with Analysis Match

OmicSoft land DB와 연계된 Analysis Match 모듈을 이용하면 공개된 컨소시엄 정보들과 비교하고 분석하여 바이오마커 발굴에 활용될 수 있습니다.

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시스템 요구사항

지원 운영체제

Windows 운영체제

Windows 10(버전 1703 Creators Update 이상 권장). Windows 11 지원 불가

OmicSoft Studio v12.1 이상부터는 64비트 운영 체제를 지원 합니다.

Mac 운영체제

macOS(Intel 기반 장치의 경우 Catalina, Big Sur 또는 Monterey / Apple Silicon 장치의 경우 Big Sur 또는 Monterey).

OmicSoft Studio는 32비트 운영 체제에서 지원 불가

프로세서

2.0GHz, 64비트 프로세서

메모리

4GB RAM

ExonArray, SNP/Genotyping 및 CNV 분석에 추가 4GB RAM 필요

일부 집약적 클러스터링 모듈에 필요한 추가 4GB RAM

시각화 및 데이터를 위한 대규모 NGS 프로젝트에는 추가 4GB RAM이 필요

저장공간

100GB 이상 하드 드라이브

디스플레이

1920×1080 디스플레이 해상도(해상도 및 배율을 변경하면 디스플레이 문제가 발생할 수 있습니다.)

OmicSoft Server

Item

OncoLand and/ or Disease Land, or 2-4 analysis users

OncoLand/DiseaseLand and+ Single cell lands, or >4 analysis

AWS Cloud analysis add-on option

지원 운영체제

Windows or Linux

Windows or Linux

Linux (Ubuntu 20 or Amazon Linux 2 AMI required)

CPU

4-8 cores (2.3G+)

8-16 cores (2.3G+)

Memory (**1)

32G 이상

64G 이상 추천(128GB+ Recommended for users running very large AWS NGS jobs)

Storage type

File server recommended

File server recommended

EBS and S3

Storage space (Customer data)

1TB

3TB+

S3 buckets

Storage space (Customer data)

300GB

500GB

EBS storage dynamically specified by OmicSoft Server

Storage space (Lands)

300GB

500GB

EBS

Networking (**4)

1 GbE NIC

1 GbE NIC

Recommended AWS EC2 class

r5.xlarge

r5.2xlarge

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* OmicSoft Land를 이용하려면 OmicSoft Suite가 필요합니다.