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CLC Assembly Cell는 NGS 데이터의 신속하고 효율적인 분석을 위한 커맨드라인 기반의 high-performance computing 솔루션입니다. SIMD(Single Instruction Multiple Data) 기술을 이용한 병렬연산의 수행으로 기존 assembler에 비해 월등히 빠른 분석 속도와 효율적인 메모리 및 CPU 활용성이 보장되어 전문화된 생물정보 분석을 위해 최적화된 분석 솔루션입니다. 분석된 결과는 CLC Genomics Workbench와 연계하여 GUI 기반으로 다양하게 확인하실 수 있습니다.
Main Features
* Illumina Genome Analyzer, SOLiD, 454 sequencing 데이터의 reference/de novo assembly * Native color space assembly 지원 * 454/Titanium 데이터를 포함한 short read와 long read assembly * Short read assembly를 위한 gap alignment 지원 * Paired-end reads assembly 지원 |
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* Sequence 데이터들을 paired-ends 프로토콜을 이용하여 single read보다 더 많은 정보를 제공 * 서로 다른 종류의 sequencing 포맷으로부터 데이터 join * Assemble 분석된 contig 내에서 필요한 부분만 데이터 추출 가능 * Variation 검색으로 간단한 SNP 검출 가능 * CLC Genomics Workbench와 통합되어 이 후 다양한 분석에 유연한 워크플로우를 지원 * 다양한 input 파일 지원 : Fasta, Sff, GenBank, csfasta scarf * 표와 assembly 정보를 포함한 다양한 output 옵션들 |
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* 기본적인 viewer가 포함되어 raw 데이터의 alignment 확인 * Coverage, paired ends matching, match 또는 match되지 않은 read들의 통계에 대한 세부적인 정보 제공 * 서로 다른 종류의 sequencing 포맷으로부터 데이터 join * Assemble 분석된 contig 내에서 필요한 부분만 데이터 추출 가능 |
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Reference/De novo assembly 분석
- Reference Assembly
- Reference assembly of Illumina Genome Analyzer, SOLiD, and 454 sequencing data
- Support for native Color Space assembly
- Support for both short read and long read assembly, including 454/Titanium data
- Support for both gapped and ungapped alignments when doing short read assemblies
- Support for assembly of paired end reads
- De novo Assembly
- De novo assembly of Illumina Genome Analyzer and 454 sequencing data
- Support for both short read and long read assembly, including 454/Titanium
- Support for de novo assembly of paired end data
- Other analyses
- Fast analysis of raw data, including reporting
- Option of joining data from different sources into the same analysis (including data generated by different kinds of sequencing technologies)
- Extraction of data from part(s) of an assembly. Examples are extraction of contig and reads from an area of interest, or extraction (exclusion) of data from a specific sequencing lane that is suspected not to be of acceptable quality.
- Find variations (simple SNP detection)
Support for input file formats Fasta, Sff, GenBank, csfasta, and scarf
- A number of output options, including tables with assembly info
A "graphical" (ASCII art :-) assembly viewer to get quick overview
- Full integration with CLC Genomics Workbench. Output data from CLC NGS Cell can be imported and further analyzed in CLC Genomics Workbench.
Benchmark tests
Human genome de novo assembly benchmarks
System Requirement
- Windows XP 이상
- Mac OS X 10.6 이상 (Mac OS X 10.5.8은 64bit에서 지원됨)
- Linux : Red Hat 5.0 or later. SUSE 10.2 or later. Fedora 6 or later
- 1024 x 768 display recommended
- Intel or AMD CPU required
- Special requirements for read mapping
- E. coli K12 ( 4.6 megabases)
- Minimum: 500Mb RAM
- Recommended: 1Gb RAM
- C. elegans ( 100 megabases) and Arabidopsis thaliana ( 120 megabases)
- Minimum: 1Gb RAM
- Recommended: 2Gb RAM
- Zebrafish ( 1.5 gigabases)
- Minimum: 5Gb RAM
- Recommended: 8Gb RAM
- Human ( 3.2 gigabases) and Mouse ( 2.7 gigabases)
- Minimum: 16Gb RAM
- Recommended: 24Gb RAM
- E. coli K12 ( 4.6 megabases)
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관련 문의 : Marketing팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : marketing@insilicogen.com)
