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CLC Genomics Server 는 CLC bio사에서 제공하는 server, data backend, client의 3계층 시스템 구조로 공동 프로젝트 수행에 최적화된 엔터프라이즈 솔루션입니다. 다수의 연구자 그룹 간의 데이터 관리 및 공유를 통해 효율적인 생물정보 분석을 지원하며 CLC Genomics Workbench와 연계한 고속 NGS 데이터 분석 처리에 효과적으로 사용할 수 있습니다. 또한 external application 기능을 제공하여 ClustalW 등과 같은 public한 커맨드라인 방식의 프로그램들의 GUI를 지원합니다.
Overview
* CLC Genomics Workbench : GUI 버전의 클라이언트 툴 (생물정보 분석 통합 툴) * CLC Server Command Line Tools : 커맨드라인 버전의 클라이언트 툴 * Web interface : Thin client access의 강력한 관리 인터페이스 |
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* CLC Genomics Server : 아키텍쳐 코어를 제공, NGS 데이터의 분석 지원 * DRMAAs Support : Oracle Grid Engine 지원 * Scalability : Job Node 지원 및 설정 |
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* Plugin Development : 고급의 API로 플러그인 개발 가능 * Integration of External Applications : External Command Line Applications 지원 |
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* The file System : 간편한 데이터 관리 * CLC Bioinformatics Database : DBMS를 이용한 유연한 데이터 관리 * Custom Database Schemas : 데이터 관리 API의 사용으로 연구자의 custom Database Schemas 통합 가능 |
The Client Layer
Main Features
Three main components
- Server : 모든 주요 운영체제(Windows, Mac OS X, Linux) 지원
- Data backend : CLC Bioinformatics database (MSSQL, Oracle, mySQL, PostgreSQL, H2)와의 연결로 데이터 관리
- Client : CLC Workbench와 Web browser를 제공
NGS data 분석
- NGS data의 Reference assembly, De novo assembly 분석
SNP & DIP 분석
- ChIP-Seq 분석
- RNA-Seq 분석
- 분석 프로세스 진행 사항 체크 가능
- 효율적인 분석을 위한 Jop Node 제공
External application module
- Clustal W, EMBOSS 등과 같은 커맨드라인 방식 프로그램의 GUI 지원
- 알고리즘 API를 통한 새로운 또는 기존의 알고리즘의 통합
사용자 관리
- 사용자마다의 User name과 Password 설정
- 그룹 생성하여 사용자 그룹으로 관리 가능
- 사용자의 로그인 정보 통계 기능
- 시스템 로그인 히스토리 정보 제공
데이터 관리
- 다양한 포맷의 데이터 업로드, 다운로드 가능
- 데이터에 대한 그룹별 읽기, 쓰기 권한 부여 가능
- 데이터에 대한 다양한 정보를 추가할 수 있는 기능 제공
- 추가된 데이터 정보의 Local search, Quick search
- 데이터 히스토리 정보 제공
Server Core
- CLC Genomics Server Core는 High-Throughput Sequencing data의 생물정보학 분석 서비스를 가능하게 하는 unique하고 안정된 소프트웨어 architecture core를 제공합니다.
- 이용가능한 생물정보학 분석
- Sanger의 read mapping과 High-Throughput Sequencing data
- Sanger의 De novo assembly와 High-Throughput Sequencing data
- SNP detection
- DIP detection
- ChIP-seq 분석
- RNA-seq 분석
- Small RNA 분석
- Trim Sequences
Main reasons to invest in CLC Genomics Server
Compute Recource Managemnet
- Central execution platform with flexible queuing system,designed for your bioinformatics analysis and services.
Flexible
- Based on a 3 tier system architecture to offer maximumsecurity and intractability within fields of biology andbioinformatic computing.
Premium System-Clients
- Offers maximum client-flexibility with support for ouruser-friendly and award winning CLC Genomics Workbenchas a premium system-client.
Customizable
- Highly customizable on both client-side and server-sideusing our SDK or various Command Line Tools.
Scalable
- Highly scalable with support for CLC Server Nodes.
Advanced Data I/O
- Offers an advanced and customizable data-import/exportframework, that also can be used for data conversion.
Shared Data
- Store your data on central storage. This can be either a File System, the CLC Bioinformatics Database or on acustom designed database scheme.
System Requirement
- Windows XP, Vista, 7
- Mac OS X 10.6 이상 (Mac OS X 10.5.8은 64bit에서 지원됨)
- Linux: Red Hat 5 or later. SUSE 10.2 or later
- Intel or AMD CPU required
- Memory
- E. coli K12 ( 4.6 megabases)
- Minimum: 2Gb RAM
- Recommended: 4Gb RAM
- C. elegans ( 100 megabases) and Arabidopsis thaliana ( 120 megabases)
- Minimum: 4Gb RAM
- Recommended: 8Gb RAM
- Zebrafish ( 1.5 gigabases)
- Minimum: 8Gb RAM
- Recommended: 16Gb RAM
- Human ( 3.2 gigabases) and Mouse ( 2.7 gigabases)
- Minimum: 24Gb RAM
- Recommended: 48Gb RAM
- E. coli K12 ( 4.6 megabases)
Download
- CLC Genomics Server 22.0.2 version
- CLC Genomics Server 22 version
- CLC Genomics Server 10.0.1 version
- Manual
- CLC Genomics Server 9.1.1 version
- Manual
- CLC Genomics Server 9.0 version
- Manual
- CLC Genomics Server 6.0.3 version
Manual : 다운로드하기
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