CLC Genomics Workbench는 최근 Next Generation Sequencing 기술의 발달로 기존보다 수십 배, 수백 배 많이 생산되고 있는 NGS 데이터를 분석할 수 있는 데스크탑용 소프트웨어입니다. 기존의 sequencing 데이터 뿐만 아니라 다양한 NGS 포맷(Roche, Illumina, Ion torrent, Helicos data)의 분석을 지원하며, SIMD 기술의 적용으로 막대한 양의 NGS 시퀀싱 데이터를 고속으로 분석하고 scaffolding 기능이 새롭게 탑재되어 연구자에게 최상의 분석결과를 제시합니다. 또한 RNA-seq, ChIP-seq 분석 툴이 추가되어 Genomics, Transcriptomics, Epigenomics 분야까지도 응용 가능합니다. 그 밖에 Main Workbench(DNA, RNA, Protein 통합 분석 툴)의 기능을 모두 포함하고, Genomics gateway 같은 최신의 분석 기법들을 Plug-In 모듈로 제공함으로써 다양한 생물 정보 분석을 편리하게 수행할 수 있습니다.




Main Features

{i} Genomics


Sanger, 454, Solexa, SOLiD, Helicos
* De novo / Reference assembly 수행
* 다른 데이터 포맷의 reference assembly 수행
* Standard read, paired-end read, mate pair read 지원
* Large scale Genome의 assembly 수행
* EST 및 cDNA 서열 assembly 수행
* Large scale의 mutation과 rearrangement 그래픽 툴
* 향상된 SNP 검출 및 보고서 제공
* DIP 검출 및 보고서 제공


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{i} Transcriptomics


* mRNA sequencing 데이터의 유전자 발현 calculation
* 일반적인 RNA-seq 분석 (Gene expression profile)
* 새로운 transcript와 exon 검색 및 mapping
* Expression array와 RNA-seq 결과 함께 분석 작업
* Microarray 분석 지원
* Heat map, table, scatter plot view를 통한 시각화
* Transformation과 normalization 툴
* MA-와 boxplots으로 구성된 분석 Quality control 툴
* Clustering 알고리즘 지원
- Hierarchical clustering, K-mean과 PAM


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{i} Epigenomics


* Chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) 분석
* Peak finding과 peak refinement
* Peak table과 annotation


chipseq.png

{i} Genomics Gateway Plug-in


* Map reads to genome
* SNP detection
* DIP detection
* Find common variation in group
* Fisher Exact Test
* Filter against control reads
* GO Enrichment Analysis
* Annotation with Conservation Scores


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Next Generation Sequencing Solutions

(!) CLC Genomics Workbench

  • Sanger, Roche, Applied Biosystems, Illumina, Helicos BioSciences, Ion Torrent 등에서 생성된 멀티 포맷 데이터의 분석을 할 수 있습니다.

  • 데스크탑에서 대량의 NGS 시퀀싱 데이터를 고속으로 분석하여 시각화함으로써 최상의 분석결과를 제시합니다..

(!) CLC Assembly Cell

  • NGS 시퀀싱 데이터의 10~20배 이상의 고속 assembly 분석을 위한 High-performance computing 솔루션입니다.
  • SIMD 기술을 이용하여 굉장히 빠르고 정확한 assembly 알고리즘을 구현하며, 모든 genome size에 대하여 assemble이 가능합니다.

(!) CLC Genomics Server
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  • 사용자 편리성, 안전성 등의 장점을 가진 Bioinformatics computing Server로서, 3계층(Server, Client, Data Backend)의 시스템 구조로 디자인된 Enterprise 솔루션입니다.
  • Database, Client와의 원활한 커뮤니케이션으로 분석 데이터의 공유와 통합이 가능하여 파워풀한 생물정보학 분석을 할 수 있습니다.


Benchmark tests

  • Benchmarking hardware
    • Processors : 2 x 6 CPU core Intel Xeon
    • RAM : 48 Gigabytes
    • Storage : 8 Terabytes (Optional: up to 900 TB storage)
    • Operating Systems : 64bit Linux
  • The results of benchmarks on Human data sets

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1.34 billion paired-end Illumina reads mapping : 17 hours

2.8 million 454-Titanium reads mapping : 13 minutes


More Features

  • CLC Genomics Workbench는 NGS 데이터 분석기능 외에도 CLC Main Workbench의 모든 기능을 포함하고 있습니다.
  • 다음을 클릭하시면 아래 기능에 대한 자세한 내용을 보실 수 있습니다. CLC Main Workbench

{i} Assembly


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{i} Primer design


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{i} Molecular cloning


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{i} SNP detection


snp.png

{i} Multiple alignment


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{i} Digital gene expression


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{i} RNA structure prediction


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{i} Pattern search


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{i} Blast search


blast.png


Application Note

Cancer Genomics

Plant & Animal Genomics

Medical genomics

Microbial & Metagenomics


System Requirement

  • Windows Vista, Windows 7, Windows 8, Windows 10 or Windows Server 2008
  • Mac OS X 10.7 or later.
  • Linux: RHEL 5.0 or later. SUSE 10.2 or later. Fedora 6 or later. Minimum linux versions needed for the SRA download functionality: Red Hat 6, Fedora 12, and SUSE 11.
  • 64 bit operating system
  • 2 GB RAM required
  • 4 GB RAM recommended
  • 1024 x 768 display required
  • 1600 x 1200 display recommended
  • Intel or AMD CPU required

Special requirements for the 3D Molecule Viewer

  • A graphics card capable of supporting OpenGL 2.0.
  • Updated graphics drivers. Please make sure the latest driver for the graphics card is installed
  • A discrete graphics card from either Nvidia or AMD/ATI. Modern integrated graphics cards (such as the Intel HD Graphics series) may also be used, but these are usually slower than the discrete cards.
    • Indirect rendering (such as x11 forwarding through ssh), remote desktop connection/VNC, and running in virtual machines is not supported.

Special requirements for read mapping

  • E. coli K12 ( 4.6 megabases)
    • Minimum: 2Gb RAM
    • Recommended: 4Gb RAM
    • C. elegans ( 100 megabases) and Arabidopsis thaliana ( 120 megabases)
      • Minimum: 4Gb RAM
      • Recommended: 8Gb RAM
    • Zebrafish ( 1.5 gigabases)
      • Minimum: 8Gb RAM
      • Recommended: 16Gb RAM
    • Human ( 3.2 gigabases) and Mouse ( 2.7 gigabases)
      • Minimum: 24Gb RAM
      • Recommended: 48Gb RAM


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UserGuide

Plug-in


관련 문의 : Marketing팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : marketing@insilicogen.com)






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