CLC Main WorkbenchCLC bio사에서 제공하는 분자생물학 데이터 분석 및 관리를 위한 생물정보 분석 소프트웨어 입니다. 사용자들에게 DNA, RNA, Protein 및 유전자 발현 등의 최신 분석기법과 효과적인 데이터 관리, 최적화된 그래픽을 제공합니다. 또한 DNA assembly, primer 디자인, SNP 분석, RNA 2차 구조 분석, Multiple alignment, 디지털 유전자 발현분석 등 생물 정보 분석을 통합한 툴로 편리하게 사용할 수 있으며, Plug-In 모듈 등을 제공함으로써 최상의 맞춤형 분석이 가능합니다.



Main Features

CLC Main Workbench는 'CLC DNA Workbench', 'CLC RNA Workbench', 'CLC Protein Workbench' 에서 분석이 가능하였던 모든 툴을 통합한 소프트웨어이며, 아래와 같은 분석에 적용하실 수 있습니다.

assembly.png

{i} DNA 서열 분석


* 그래픽과 알고리즘을 통한 Primer design
* DNA 서열 Assembly
* 제한효소 분석 및 클로닝
* SNP 분석 및 자동적인 annotation 표시
* Translation, Reverse translation 기능
* Local complexity region 분석
* NCBI sequence data 검색 기능

RNA.png

{i} RNA 구조 분석


* RNA 서열 이차 구조 예측
* 이차 구조의 그래픽 viewer 기능 및 편집
* RNA 레벨에서의 통합적인 분석
* RNA pattern 검색
* RNA 구조와 각 종 분석 내용 Table Report

alignment.png

{i} Protein 서열 분석


* Multiple Alignment 분석
* Phylogenetic tree
* Protein 3차 구조 3D viewer
* Transmembrane helix 예측
* Protein 2차 구조 예측
* PFAM domain 검색
* Signal peptide와 Cleavage site 예측
* Hydrophobicity, Protein charge 분석

/wiki/CLC_Main_Workbench?action=AttachFile&do=get&target=expression.jpg

{i} 디지털 유전자 발현 분석


* Microarray와 Sequencing(RNA-seq) 발현 데이터 분석
* Heat map, Scatter plot view
* Transformation과 normalization 분석 툴
* MA-와 boxplot으로 구성된 Quality control 툴
* 반복 실험을 위한 T-test와 ANOVA 분석 지원
* Bonferroni 또는 FDR을 이용한 정확한 p-value
* Hierarchical clustering 분석

/wiki/CLC_Main_Workbench?action=AttachFile&do=get&target=pattern.jpg

{i} Pattern 검색


* Sequence match를 위한 검색
* 기본적인 pattern을 위한 Motif 검색
* 발현 조절을 이용한 Motif 검색
* ProSite pattern Motif 검색
* 알려지지 않은 pattern의 발굴

blast.png

{i} Database 검색


* Web 기반을 이용한 BLAST 검색
* 로컬 데이터베이스 제작 및 BLAST 기능
* GenBank Entrez 검색
* UniProt 검색 (SwissProt/TrEMBL)
* PubMed 검색
* BLAST를 이용한 SNP annotation


Case Studies

CLC Main Workbench를 이용한 실제 연구 사례입니다.


System Requirement

  • Windows XP 이상
  • Mac OS X 10.6 이상 (Mac OS X 10.5.8은 64bit에서 지원됨)
  • Linux : RHEL 5.0 or later. SUSE 10.2 or later. Fedora 6 or later
  • 32 bit or 64 bit
  • 1 GB RAM required
  • 2 GB RAM recommended
  • 1024 x 768 display required
  • 1600 x 1200 display recommended
  • Special requirements for the 3D Molecular Viewer
    • System requirements
      • A graphics card capable of supporting OpenGL 2.0
      • Updated graphics drivers. Please make sure the latest driver for the graphics card is installed
    • System recommendations
    • A discrete graphics card from either Nvidia or AMD/ATI
    • A 64-bit workbench version is recommended for working with large complexes


Download




















CLCMainWorkbench_6_0.exe CLCMainWorkbench_5_7.exe CLCMainWorkbench_5_6.exe



관련 문의 : Marketing팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : marketing@insilicogen.com)






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