차세대 염기서열 분석법(NGS: Next Generation Sequencing)은 분석 속도와 비용에 있어 생명과학 분야에 새로운 패러다임을 창조해 내고 있습니다. (주)인실리코젠 Codes사업부는 NGS 데이터를 이용한 다양한 분석 전략을 제시함과 동시에 최적의 결과 도출을 위한 컨설팅을 제공합니다.


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Inco Assembly는 high-performance computing 기술을 이용한 Next Generation Sequencing data의 assembly 서비스로 Reference assembly와 de novo assembly를 위한 파이프라인 구축을 통해 정확하고 빠른 서비스를 수행합니다.

SIMD의 분산처리 방식을 이용한 IncoAssembly는 대량의 NGS 데이터를 다루기 위한 최적의 방식으로 보다 빠른 분석 결과를 보장합니다. NGS data의 일차 분석이라할 수 있는 assembly 과정은 이후 다양한 이차분석을 위한 기초 데이터로서 정확하고 빠른 분석 결과를 보장 받아야 합니다. 따라서, 분석 결과에 대한 신뢰를 높이기 위해 (주)인실리코젠에서는 assembly viewer를 제공하고 있으며, 그외 보고서를 통해 서비스를 수행하고 있습니다.


분석 방법

  • assemblyPipeline.png

초기 sequencing 데이터의 특성을 고려한 pre-processing과 assembly 수행을 위해 시퀀싱 platform, paired-end 유무, reads length (35, 75, 100, >100), 유전체의 대략적인 size, 유전체 학명등이 assembly 분석 시 고려되며 이러한 분석 과정은 고객과의 모니터링으로 보다 낳은 결과를 도출합니다.



분석 특징 및 내용

Reference assembly

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  • 다양한 NGS platform지원: Illumina HiSeq, Roche 454, IonTorrent, SOLiD, ABI-3730의 다양한 sequencing 데이터를 분석.

  • Color Space assembly 지원 : SOLiD sequencing data(.csfasta)의 color space assembly를 지원.

  • short read와 long reads의 assembly 지원 : Roche454의 long reads와 short reads의 통합 assembly 지원.

  • paired-end/single reads assembly 지원 : paired-end reads와 single reads의 통합 assembly 지원


De novo assembly

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  • 다양한 NGS platform지원: Illumina HiSeq, Roche 454, IonTorrent, ABI-3730의 다양한 sequencing 데이터를 분석.

  • 10억개 reads를 한번에 분석 : de novo assembly의 경우 sequencing된 모든 reads를 대상으로 분석 하는것이 가장 올바르나 현재 assembler의 한계로 인해 여러번 분산하여 assembly를 수행했던 것을 개선하여 최대 10억개 reads를 한번에 분석하여assembly의 quality를 높임.

  • short read와 long reads의 assembly 지원 : long reads와 short reads의 상호 보완적인 assembly수행으로 assembly quality를 높임.

  • paired-end/single reads assembly 지원 : paired-end reads와 single reads의 통합 assembly 지원.

  • assembly quality check : assembled contig의 N50, 최소 contig 길이, 최대 contig 길이, 평균 contig 길이 등을 통해 assembled contig의 quality를 보고.


분석 결과

  • Assembly viewer 제공
  • LabKM을 이용한 고객과의 결과 데이터 공유 및 커뮤니케이션
  • 분석 보고서 제공
  • 자세한 분석 결과 및 내용 방문 브리핑 서비스


분석 의뢰






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