차세대 염기서열 분석법(NGS: Next Generation Sequencing)은 분석 속도와 비용에 있어 생명과학 분야에 새로운 패러다임을 창조해 내고 있습니다. (주)인실리코젠 Codes사업부는 NGS 데이터를 이용한 다양한 분석 전략을 제시함과 동시에 최적의 결과 도출을 위한 컨설팅을 제공합니다.


Inco_Chip2012.jpg

Inco Chip은 현재 상용화 또는 맞춤 제작된 DNA chip 데이터 분석을 위한 서비스입니다.

한 번의 실험으로 동시에 많은 수의 유전자들에 대한 발현 변이 양상을 탐색할 수 있는 장점을 가진 Microarray는 데이터 분석에 있어서 다양한 알고리즘 적용과 정확한 통계 분석이 필수 요소 입니다. 이에 (주)인실리코젠은 신뢰 높은 통계 분석을 수행하며, 발굴된 DEG는 Pathway 분석을 통한 상호 연관 관계를 제공합니다.


분석 방법

InCoChip_pipeline.jpg

분석 특징 및 내용

{i} Quality Inspection


* 대조군과 실험군 사이의 데이터 분포 확인
* 반복 실험에 대한 실험 일치율 조사
* Normalization 수행

MA_plot.jpg

{i} Clustering


1. 단일 실험 모델 (control-treatment)
* DEG selection : fold change에 의한 DEG 선별
* t-test : R / python을 이용한 분석
2. 다양한 실험 모델 (time-course, dose-dependant)
* Hierarchical clustering
* K-means clustering
* Etc

Clustering.jpg

{i} DEG Annotation


1. Gene annotation
* Uniprot annotation (gene definition)
* GO annotation
* MIPS annotation
* KEGG annotation (enzyme, pathway)
2. Group annotation
* Hypergeometric test
* Fisher's exact test
* FDR analysis

Annotation.jpg

{i} Transcription Factor Analysis


* Transcription factor 검색 : probe 유전자의 upstream region
* 모든 transcription factor 출현 빈도 수 매트릭스 작성
* Transcription factor의 combination 분석
* 전사수준에서의 발현 조절 인자 prediction

TF.jpg

{i} Pathway Analysis


* Pathway Studio를 이용한 DEG list의 signaling 분석
* DEG list의 target disease 분석
* upstream의 transcription factor와의 연관성 분석

Pathway.jpg


분석 결과

  • LabKM을 이용한 고객과의 결과 데이터 공유 및 커뮤니케이션
  • 분석 보고서 제공
  • 자세한 분석 결과 및 내용 방문 브리핑 서비스


분석 의뢰






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