Ingenuity® Variant Analysis™ (IVA)

  • Ingenuity® Variant Analysis는 Ingenuity Knowledge Base의 정보가 강력한 분석툴과 통합된 새로운 분석툴 입니다. Human 시퀀싱 데이터에서 질병에 가장 관련 있는 변이를 빠르게 찾아줍니다.

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Variant calling 결과를 IVA에 업로드 하여 분석을 해야합니다. 여러개의 파일을 가지고 있다면 control과 case결과끼리 그룹핑을 할 수 있습니다. 다양한 필터 기능을 통하여 수많은 변이를 시작으로 특정한 변이를 찾아 낼 수 있습니다. 이 결과를 다른 사람들과 공유할 수 있어 협업에 편리합니다.

Ingenuity® Knowledge Base

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다양한 분야의 문헌들을 박사급 이상의 전문가들이 직접 읽고 수 백만개의 단백질, 유전자, 복합체, 세포, 조직, 약물, 질병 사이 각각의 관계를 만들어 생물학적 상호작용과 기능적 주석을 전문적으로 큐레이션 하였습니다. 이 정보를 QC과정을 통해 검증과정을 거쳐 Ingenuity Knowledge Base를 만듭니다. 만들어진 모든 정보를 구조화시키고 유기적으로 연결을 해서 Ingenuity ontology가 만들어 졌습니다.

Features

  • 빠르게 콘텐츠에 접근하는 하나의 응용프로그램을 활용하여 SNV, indels, structure, 그리고 CNVs와 같은 다양한 소스들의 variant를 분석합니다.
  • Common, non-deleterious variant는 제거하고, 중요한 variant만을 남기는 강력한 필터링 기능을 갖고 있습니다.
  • Ingenuity Knowledge Base가 제공하는 큐레이션된 pathway에서 drug, toxicity, metabloism 그리고 disease에 이르기까지 최신 데이터들이 포함되어 있어 관련문헌 찾는 시간을 줄여줍니다.
  • 연구원들의 연구과정을 반영하고 보다 빠른 변이 발견을 위한 가설의 빠른 적용, 그에 대한 평가와 가설의 반복 평가로 결과를 도출합니다.
  • Multiple variant에 따른 약물 반응에 맞는 타깃을 선정하여 약물 처방에 필요한 정보를 제공합니다.
  • 유전자의 upstream/downstream의 1~2단계 내에서 변이를 식별하여 variant 유전자와 연관된 유전자를 보여줍니다.
  • 시각화된 데이터와 그래픽을 받아서 보고서를 쓰거나 논문을 준비하는데 유용합니다.

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Intuitive, user-friendly interface
생물정보학적 기술이 없어도 됩니다. 배우기 쉽고 여러분의 작업에 바로 적용이 가능합니다.

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Interactive Filter Cascade
보편적이고 무해한 변이들은 기본필터로 제거되어 상당히 빨리 변이의 개수를 줄일 수 있습니다. 여러분의 질병에 관한 지식을 바탕으로 추가적인 필터링이 가능합니다. 연구를 위해 수백만 개의 변이로부터 수백 개로 줄일 수 있습니다.

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Iterative analysis
IVA는 조사과정을 반영하고 보다 빠른 발견을 위한 가설의 빠른 적용, 시각화와 결과의 평가와 가설의 반복으로 결과를 도출합니다.

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Sharing and Publication Tools
동료와 쉽게 공동작업을 수행할 수 있습니다. 데이터와 그래픽을 내보내기 하여 출판물이나 논문을 준비하는데 편리합니다.

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Causal Network Analytics
유전자의 upstream/downstream의 1~2단계 내에서 변이를 식별합니다. 이미 알려진 정보와 유전자 내에서 관련 있거나 상호작용을 한다고 알려진 유전자와의 변이의 관계를 그래픽으로 이해할 수 있습니다.

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