Pathway StudioTM는 pathway 분석소프트웨어로 연구자가 pathway, gene regulation network, protein interaction maps 같은 실험결과를 이해하는데 편리합니다. 또한 연구자의 microarray 데이터와 proteomics 데이터를 해석하고 단백질을 분류하며 pathway diagram을 그릴 수 있습니다. Pathway Studio는 다음 3가지 product로 구성되어 있습니다.

  • ResNet : Mammalian 또는 Plant 연구의 생물학적 관계, ontology와 pathway들의 데이터베이스

    • KEGG, BIND, GO, PathArt, STKE Connections Maps, Prolexys HyNet

  • MedScan : NLP(Natural Language Processing)를 응용한 과학문헌 자동 읽기, 단백질 중심의 생물학적 관계 추출

  • Pathway Studio : 시각적인 실험데이터로부터 생물학자에게 친숙한 인터페이스를 제공

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Features

  • 단백질, small molecules, cell processes 사이의 관계를 동정
  • 문헌정보에서 자동으로 생물학적 상호작용에 대한 정보를 추출
  • 연구자의 마이크로어레이데이터 와 실험데이터를 이용하여 pathway를 재구성

Applications

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{i} Pathway Visualization


* Pathway를 보고, 그리고, 색칠하고, 편집하고 주석을 달 수 있습니다.
* Pathway 구성을 자동으로 표현할 수 있는 automatic layout algorithm을 이용합니다.
* Pathway를 HTML 이나 XML files와 같은 포맷으로 export 할 수 있습니다.

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{i} Microarray/RNA-Seq Data Analysis


* Microarray/RNA-Seq분석 소프트웨어의 패키지로 사용할 수 있습니다.
* 유전자 발현과 단백질 발현 데이터를 이용하여 분자 네트워크를 재현합니다.
* 여러가지 생물학적인 상황에서관심 유전자가 pathway 내에서 어떻게 조절되는지 확인할 수 있습니다.

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{i} Data Mining and Search


* 단백질 또는 생물학적으로 존재하는 모든 분자들의 상호 작용을 찾을 수 있습니다.
* 관심 있는 단백질의 모든 네트워크/pathway를 모두 찾을 수 있습니다.
* 앞 뒤 문맥을 이용하여 특정한 분야의 데이터베이스를 검색할 수 있습니다.
* 특정한 타입의 단백질, 복합체, 작은 분자들, 세포 전달 과정 등을 filtering 하여 볼 수 있습니다.
* 특정 타입의 binding interaction, post-translational regulation, 발현조절, 효소활성, 분자 생합성, 수송 등과 같은 생물학적 상호작용만을 filtering 하여 볼 수 있습니다.
* PubMed의 abstract와 추출된 문장이 바로 링크되어 pathway를 경유하는 모든 관계들에 대하여 최초 문헌을 확인할 수 있습니다.

Pathway Studio를 활용한 연구분야

  • Analysis of proteomics data
  • Biomarkers
  • Disease mechanisms
  • Drug and target discovery
  • Human genetics
  • Microarray gene expression data
  • Model organisms
  • Pathway analysis
  • Text mining
  • Toxicology and toxicogenomics

상세 연구 분야

Gene Expression Analysis

  • Determine differential gene expression
  • Map expression data on to protein relationship networks and pathways
  • Interpret expression data through "guilt by association" methodologies
  • Find common regulators
  • Map signaling processes

Protein-Protein Interactions Analysis

  • High throughput protein and peptide assays data
  • Protein arrays
  • Interactions analysis

Pathways Analysis

  • Find direct interactions
  • Find shortest paths
  • Group according to function
  • Find shortest pathway between selected entities
  • Primary, secondary, tertiary relationships
  • Canonical pathways
  • Encyclopedia of protein relationships

Text Mining & Information Harvesting

  • MedScan Natural Language Processing technology

  • Computational and automated literature extraction
  • Point MedScan to all your online journal subscriptions

  • Assign MedScan to specific text mining tasks

Benefits of Pathway Studio

  • Increase the depth of analysis of high-throughput data generation experiments: microarray gene expression; proteomics; metabolomics
  • Enables data sharing in a common analysis environment
  • Simplifies keeping up-to-date with the literature and brings this knowledge into an analysis environment
  • Provides for strong testable hypothesis generation
  • Enables visualization of gene expression values and status in the context of protein interaction networks and pathways

System Requirement

  • Desktop
    • OPERATING SYSTEM
      • Windows XP Professional with Service Pack 3 이상
      • Windows Vista (Home Basic, Home Premium, Business or Ultimate edition)
      • Windows 7 (Home Basic, Home Premium, Ultimate, Professional or Enterprise edition)
      • 32-bit 또는 64-bit Edition 지원, 64-bit Edition 추천
    • RAM
      • 최소 2 GB
      • Windows XP 3 GB추천
      • Windows Vista 또는 Windows 7 4 GB 이상 추천
    • MEDIA DRIVES
      • DVD-ROM drive (for execution of Pathway Studio® installation media)

    • HARD DISK SPACE USAGE
      • ResNet® 9 Mammalian database - 15GB

      • ResNet® 4 Plant database - 3GB

      • Pathway Studio® application, including MedScan Reader - 1GB

      • MS SQL Server 2008, Workgroup Edition - 1GB
    • OTHER REQUIREMENTS
      • NTFS file system
      • Microsoft Internet Explorer 7 또는 그 이상
      • Microsoft .NET 3.5 SP1 (3.5.1 이상) is required, and provided on the Pathway Studio® installation media or downloaded from Microsoft during installation.

  • Web Browser
    • Microsoft Internet Explorer 6 이상
    • Mozilla FireFox 2 이상

    • Safari 3.1 이상


관련 문의 : Marketing팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : marketing@insilicogen.com)






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