Sequencher®Genecodes사에서 제공하는 DNA 서열의 분석을 위한 소프트웨어입니다. 편리한 인터페이스로 Sanger Sequencing 뿐아니라 NGS, RNA-Seq 데이터들까지 쉽고 빠르게 분석이 가능합니다. 대표적인 기능으로는 trimming reads, contig assembly, contig 편집, heterozygote & SNP 검색과 분석, cDNA 서열과 Genomic DNA 서열의 large gap alignment, 서열 비교, ORF 부위 예측, GenBank feature import, 제한효소사이트 분석 등 다양한 분석이 있습니다. NGS Sequencing Tool로는 reference guided alignments, de novo assembly, variant calling, SNP 분석 등을 진행할 수 있으며, Cufflinks 패키지를 통한 RNA-Seq data의 발현분석 또한 통합적으로 진행할 수 있습니다. Sequencher는 강력하면서도 간단하게 분석을 진행하며 그래픽적이고 연구자가 논문에 올릴 수 있도록 연구자 니즈에 맞는 visualization된 표와 그래프, 리포트 등을 제공합니다.







Main Features

{i} DNA Sequence Analysis - Sanger or NGS


* DNA 서열의 분석을 위한 소프트웨어로써, 일반적인 sanger 데이터, NGS 데이터와 RNA-Seq 데이터의 분석
* NGS 데이터의 assembly 및 SNP 분석
* Methylation 분석
* 낮은 quality 서열 및 vector 서열의 trimming
* Shotgun 또는 EST assembly, reference assembly
* cDNA 서열과 genomic DNA 서열의 large gap 분석
* ClustalW 알고리즘을 통한 alignment 수행
* SNP 검출 및 보고서 제공
* ORF 검색
* GenBank feature annotation
* Contig 편집기능

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Applications

Sequencher는 DNA 서열 및 NGS 데이터의 assembly 소프트웨어로서 아래와 같은 기능을 제공합니다.

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{i} NGS data Analysis


NGS data Assembly : NGS data의 assembly를 위한 알고리즘을 플러그인으로 탑재하여 assembly 뷰어를 제공합니다. Maq이나 GSNAP, BWA alignment 알고리즘으로 분석하고 Maqview나 Tablet을 통해 결과를 확인할 수 있습니다.
Variant Calling : BWA-MEM 또는 GSNAP alignments를 통하여 나온 결과를 SAMtool을 통하여 분석하여 변이를 찾아내고 VCF로 결과를 저장하거나 또는 Tablet으로 확인할 수 있습니다.

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{i} RNA-Seq


RNA-Seq : Cufflinks와 Cuffdiff와 같은 발현분석을 진행할 수 있는 패키지를 graphic interface를 통하여 이해하기 쉽고 클릭을 통하여 분석을 진행하고 결과로 연구자가 원하는 visualization tool을 이용하여 scatter plot, volcano plot, bar chart와 같은 결과물들을 나타낼 수 있습니다.

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{i} Sequencher Connections Tool


Sequencher Connections Tool을 통해 아래의 다양한 분석을 진행할 수 있으며, 동일 데이터에 대한 다양한 옵션값의 분석을 한번에 진행하실 수 있습니다.
* BLAST search
* Primer design
* MUSCLE alignment
* Phylogenetic trees

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{i} Sequence Editing


Sequencher는 DNA 서열을 매우 정확하게 편집할 수 있는 도구를 제공합니다. 사용자는 한 서열과 그것과 일치하는 크로마토그램 데이터를 한 화면에서 동시에 볼 수 있고, 편집 또한 쉽고 빠르게 할 수 있습니다. 그리고, 서열 배경색의 진하고 옅음에 따라서 해당 서열의 Quality를 바로 판단할 수도 있습니다.

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{i} Sequence Trimming


Trim Ends : 자동염기서열분석기에서 생산된 서열들은 서열 말단에 ambiguous한 데이터나 low quality를 가진 데이터를 포함하게 됩니다. Sequencher는 이런 불필요한 서열들을 쉽고 빠르게 제거해 주는 도구를 제공합니다.
Trim Vector : Vector contamination은 DNA libraries sequencing에서 피할 수 없는 결과입니다. 사용자가 shotgun sequencing libraries를 사용하던 EST libraries를 사용하던 sequencing primer는 Vector 내에 존재하게 되고, 결국 sequencing data는 insert 부위의 한쪽이나 양쪽에 vector sequence를 포함하게 됩니다. 그래서 Sequencher는 vector trimming tool을 제공하여 하나에서 수천개의 sequence를 trimming 할 수 있게 해줍니다.
Trim Intron : Vector contamination이 sequencing libraries에서의 자연스러운 결과인 것처럼 intron contamination 역시 PCR로 증폭되어진 exons sequencing에서도 달갑지 않은 결과입니다. Intron 데이터는 연구하는데 필요하지 않기 때문에 제거되어지는 것이 바람직하다. 그래서 Sequencher는 Trim Vector 기능을 제공하여 vector sequence를 인지하고, 제거해 주는 기능을 제공합니다. 그리고 아래와 같은 강력한 assembly 도구들을 제공합니다.

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{i} Sequence Assembly


Sequencher는 Assemble Automatically, Assemble Interactively, Assemble to Reference 등 다양한 assembly옵션을 제공합니다. 또한 Dirty Data, Clean Data, Large Gap Algorithm 등 다양한 assembly 알고리즘을 제공하고 있습니다. 그리고 아래와 같은 다양한 assembly 기능들을 제공합니다.
* reference sequence와 gene variants의 비교
* 바이러스와 박테리아 genome의 assembly
* cDNA libraries로부터 수천개의 서열들을 cluster
* genome 서열과 cDNA 서열의 assembly

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{i} Confidence Values


Sequencher는 사용자가 import한 데이터를 보여줄 때, 서열의 배경색을 달리 함으로써, 그 서열의 quality가 어느 정도인지에 대한 정보를 제공합니다. 또한 Confidence Ranges를 사용자가 직접 수정하여 자신에 데이터에 맞게 변경하여 볼 수도 있습니다.

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{i} Genbank Features


Sequencher는 GenBank 파일을 import하여 화면상에서 볼 수 있고, feature부분을 사용자가 수정할 수도 있으며, 이 데이터를 reference sequence로 사용할 수도 있습니다.

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{i} SNP Detection


Sequencher는 서열 중 ambiguous한 염기를 자동으로 찾아내어, Call Secondary Peak... 기능을 이용하여 IUPAC name으로 바꾸어 주어 SNP를 손쉽게 찾아줍니다.

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{i} Variance Table & Translated Variance Table


Sequencher는 reference sequence와 contig를 비교하여, 서로 다른 염기를 찾아내어 한 눈에 보기 쉽게 하나의 테이블로 보여주는 기능을 가지고 있습니다. 또한 같은 reference sequence로 만들어진 여러 개의 contig를 비교하여 테이블로 보여줄 수도 있고, 하나의 contig를 만든 여러 개의 서열들을 각각 reference sequence와 비교한 테이블을 제공하여 줍니다. Translated Variance Table은 reference sequence와 contig 사이에 서로 다른 아미노산 서열을 테이블로 제공하여 줍니다.

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{i} Restriction Mapping


Sequencher는 사용자의 서열에 제한효소로 절단되는 부위를 표시할 수 있게 해줍니다. 수 많은 제한효소 중에 사용자가 주로 사용하는 제한효소를 설정하고, 그것을 저장하여 다음에 그 정보를 import하여 사용할 수 있습니다. 또한 사용자가 cloning 전략을 세우는데 도움을 줄 수 있는 vector와 Ploylinker 서열을 설정할 수 있습니다.

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{i} Reports


Report기능은 사용자의 데이터를 프린터할 수 있는 포맷으로 만들어 줍니다.
Population Report : Variance table에서 보여지는 데이터를 요약하여 보여주는 report입니다.
Variance Detail Report : Variance table에서 보여지는 데이터의 모든 내용을 제공하는 report입니다.


System Requirement

Macintosh

  • 10.7 and higher
  • 3 GB RAM
    • For BWA, Cufflinks suite, Velvet : 14 GB RAM 이상
    • For GSNAP : 16 GB RAM 이상
    • Large dataset : 16 GB 이상
  • 355 MB 하드디스크 공간
    • DNA-Seq & RNA-Seq : 320 MB 하드디스크 공간 필요

  • RNA-Seq Tools & GSNAP : 64-bit 시스템만 지원

Windows

  • Windows 7 or later
  • 3 GB RAM
    • For BWA, Cufflinks suite, Velvet : 8 GB RAM 이상
    • For GSNAP : 16 GB RAM 이상
    • Large dataset : 16 GB 이상
  • 280 MB 하드디스크 공간
    • DNA-Seq & RNA-Seq : 580 MB 추가 하드디스크 공간 필요

  • RNA-Seq Tools & GSNAP : 64-bit 시스템만 지원


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관련 문의 : Consulting팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : consulting@insilicogen.com )






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