Overview

TRNASFAC®은 진핵생물의 전사인자들과 miRNA등에 대한 데이터와 실험적으로 증명되어 있는 binding site와 조절 유전자 등에 대한 정보를 담고 있습니다. 또한 전문가의 리뷰를 통해 얻어진 positional weight matrices를 제공하여 유전자 조절 기작에 대한 총체적이고 다양한 정보를 제공하며 Match™라는 툴을 이용하여 DNA 시퀀스 상에서 전사인자 binding site로 추정할 수 있는 구역을 찾아줍니다.

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Main Features

{i} 다양한 분석도구


* MATCH tool : 시퀀스정보나 유전자, miRNA set으로 예상 transcription factor binding site를 추측하여 분석해주는 도구
* 유전자레벨의 microarray나 RNA-seq 데이터나 ChIP-Seq 데이터 등을 이용하여 분석이 가능한 워크플로우 제공

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{i} 다양한 정보를 제공해주는 신뢰성 높은 report


* protein이나 gene 혹은 molecule에 대한 locus, complex 정보들과 함께 transcription factor정보와 포함하고 있는 promoter, 발현되는 위치 등에 대한 정보를 제공
* Site report에서는 해당 binding site의 factor나 위치들에 대한 정보 그리고 그 정보의 바탕이 되는 실험적인 정보들을 함께 제공
*miRNA report에서 해당 miRNA와 관련있는 질병들과 gene ontology정보 RNA에 대한 정보와 miRNA에 의해 조절되는 mRNA들에 대한 정보를 제공

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{i} 큐레이션 되어 있는 pathway확인


* 큐레이션된 canonical signaling과 대사경로를 제공
* 자신이 원하는 node만 골라 network 수정이 가능

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Data statistics

transfac_statistics_2015_3.pdf


Access options

  • Online

    • 웹 인터페이스로 접근하여 검색 및 데이터베이스 이용
    • Academic / non-profit lab, department and institution-wide level 버전
  • Download

    • Flatfile (factors, matrices, binding sites, genes, ChIP fragments and other supporting information) 제공
    • Command-line Match tool 지원
    • Installed 버전을 이용할 경우 online 버전의 웹 인터페이스 접근은 제공 안됨


관련 문의 : Marketing팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : marketing@insilicogen.com)






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