Canonical Pathway를 활성화(activated) 상태로 표시하려면 어떻게 하나요? 공유
Canonical Pathway를 활성화(activated) 상태로 표시하려면 어떻게 하나요? 링크드인 공유 페이스북 공유 트위터 공유

IPA의 Pathway Activity Overlay 기능을 사용하면, 특정 Canonical Pathway가 활성화되었을 때 예상되는 활성 패턴을 Pathway 위에 표시할 수 있습니다. 이 패턴을 내 데이터셋의 실제 패턴과 비교해 보며 결과를 해석하는 데 활용할 수 있습니다.

표시 방법

  1. Core Analysis 결과에서 Canonical Pathways 탭을 열고, 확인하려는 Pathway를 선택합니다.
    → Pathway 위에 내 데이터셋의 발현(또는 인산화) 패턴이 표시됩니다.
  2. 상단 툴바에서 [Overlay]를 클릭한 뒤, 드롭다운 메뉴에서 Molecule Activity Predictor (MAP)를 선택합니다.
  3. 왼쪽 패널 하단의 Canonical pathway activation 항목에서 ”Color by expected activation state”를 체크합니다.
    → Pathway가 활성화되었을 때 예상되는 패턴이 색상으로 표시됩니다. (빨간색: 활성화/증가, 초록색: 억제/감소)

    💡‘A’를 누르면 내 데이터셋 패턴과 예상 활성 패턴을 번갈아 전환할 수 있어, 두 패턴을 손쉽게 비교할 수 있습니다.

참고 사항

  • 예상 활성 패턴은 내 데이터와 무관하게 QIAGEN 큐레이터가 Pathway 내 분자 간 인과관계를 바탕으로 미리 정의해 둔 것입니다.
  • 하나의 활성 상태로 정의하기 어려운 일부 Pathway는 이 옵션을 사용할 수 없습니다.

목록