2018.12.12 10:04 IPA에서 리스트를 만들어서 분석하는 방법을 알려주세요. 공유
2018.12.12 10:04 IPA에서 리스트를 만들어서 분석하는 방법을 알려주세요.

리스트와 값을 업로드 해서 분석하는 방법 외에 IPA 내에서 list를 만들어서 그 list로 분석하는 방법도 있습니다.

이때 사용하는 list는상단의 검색창을 이용해서 molecule을 저장하여 사용하는 방법입니다.

예를들어 pathway 검색창에 'Apoptosis signaling'을 검색해서 뜬 pathway를 오픈합니다.

다음은 Pathway에 보여지는 모든 molecule을 선택한 뒤, 위쪽 상단에 두번째 아이콘인 'Add molecules to My List'라는 버튼을 클릭하여 list로 저장합니다.

다음 함께 보고싶은 gene이나 chemical을 검색하여 network창을 엽니다. 같은 방법으로 리스트를 저장해줍니다. 동일한 파일을 선택하면 오버랩 되는 molecule을 제외하고 새로운 molecule들이 추가됩니다. 이렇게 추가 한 리스트는 선택한 폴더의 아래쪽 'My Lists'폴더 아래에 저장됩니다.

그럼 저장된 molecule list를 열고 오른쪽 위의 삼각형 버튼을 누르면 해당 list를 이용하여 분석할 수 있는 리스트가 뜹니다. Core analysis를 진행하면, 보고자하는 canonical pathway를 구성하는 molecule과 관심있는 유전자 혹은 chemical을 모두 포함하여 새로운 network 혹은 up/downstream regulator 분석을 하실 수 있습니다.

 

 

 

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