2019.01.23 15:32 RNA데이터 분석 시 fold change 값은 크지만 raw data 값이 낮을 때 어떤 Cut-off 기준으로 분석할 수 있나요? 공유
2019.01.23 15:32 RNA데이터 분석 시 fold change 값은 크지만 raw data 값이 낮을 때 어떤 Cut-off 기준으로 분석할 수 있나요?

Q : seq data 를 분석할 때 fold change 는 크지만 raw data 값이 너무 낮은 유전자들은 어떤 Cut-off 기준으로 분석할 수 있는지 여쭤봤었는데 그 기준을 알 수 있을까요?

 

A : DEG 분석 시 raw expreession data에서 기본적으로 low expression value cut-off를 정해서 필터링한 후 분석을 진행합니다 (분석마다 다르지만). 보통은 read count >= 5 이상이며 그룹 내에서 일정 샘플 수 이상에서 발현되는 (샘플 수에 따라 다름) 유전자를 분석합니다. 

이렇게 분석하면 fold change가 크지만 raw data에서 read count나 expression value가 낮은 유전자는 많이 줄어듭니다. 앞에 내용과 별개로 문의하신 내용에서는 p-value 또는 FDR 값을 좀 더 strict 하게 주시면 (0.05 -> 0.01 식으로) 분석이 가능할 것 같습니다.

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