Taxonomic Profiling "Coverage" 결과 값이 의미하는게 무엇인가요? 공유 링크드인 공유 페이스북 공유 트위터 공유

Taxonomic Profiling "Coverage" 결과 값이 의미하는게 무엇인가요? 링크드인 공유 페이스북 공유 트위터 공유

Coverage column이 의미하는 것은 reference genome에 mapping된 read의 범위를 뜻합니다 (% 값 x).

• 계산식 : Number of reads * (Average length of read/Length of the genome)

계산식을 보면 reference genome 길이에 query 서열의 read 평균 길이를 나눈 값에 mapping된 read수를 곱하는 것을 알 수가 있습니다.
이는 reference genome에 얼만큼의 범위로 read가 mapping 되었는지를 대략적으로 알려주는 값입니다 (mapping reads 갯수가 아닌 mapping reads 범위로써의 접근).

그럼 Coverage % 값은 어디에 있는지 살펴보면, Taxonomic profiling abundance table 오른쪽 패널의 "Data" tab에서 raw 옵션을 relative로 전환시키면 얻을 수 있습니다.

• 계산식 : Number of reads / Reference database matches reads

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