Trim Reads 툴 사용 시, quality limit이 뜻하는 것은 무엇인가요? 공유 링크드인 공유 페이스북 공유 트위터 공유

Trim Reads 툴 사용 시, quality limit이 뜻하는 것은 무엇인가요? 링크드인 공유 페이스북 공유 트위터 공유

해당 항목은 filtering 값을 지정하는 과정입니다.

Figure1. Q(Phred Score) 계산 방법, picture by BROAD Institute

위의 공식을 봤을 때, quality limit의 값은 E에 해당합니다.

Figure2. Phred Score와 Error 값의 관계, picture by BROAD Institute

quality limit 0.01 = Error 1% = Phred Score 20이며,
quality limit 0.05는 약 Phred Score 13 정도입니다.

해당 비율을 참조하셔서 원하시는 filtering 값으로 분석을 진행하시면 됩니다.

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