IPA의 Canonical Pathway에서 z-score의 기준이 무엇인가요? 공유
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Canonical Pathway에서 색깔을 나타나는 것에 대한 전반적인 내용입니다.

- Canonical Pathway에서 막대에 색깔이 나타나는 것 (comparison에서 각 heatmap마다의 색깔)은 Pathway Activity Analysis라는 분석이 같이 수행된 결과
- significantly-perturbed genes / proteins / chemical 들의 발현 혹은 인산화를 기반으로 예측을 진행

 

z-score는 pathway activity를 기준으로 결정됩니다.

- 주황색은 pathway activity의 전반적인 증가
- 파란색은 pathway activity의 전반적인 감소
- 회색은 pathway와 관련된 유전자가 4개 미만인 경우
- 흰색은 z-score가 0 또는 0에 매우 가깝거나 pathway와 관련하여 분석된 dataset에 4개 이하의 유전자가 있을 때

 

하기 링크를 참조하시면 더 자세한 정보를 확인하실 수 있습니다.

Knowledge: Canonical Pathways for a Dataset (force.com)

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